Mahalle halkının Büyük Balkan Göçü’nde yaşamış olduğu acılar ve yaşanan hüzünlü anılara ait yüzlerce obje ile fotoğraflar sergilenmektedir. İçinde ahşap radyolar, sinema makinesi, havan, ispirto ocağı, daktilolar, dikiş makineleri, kahve değirmeni, ekmek teknesi, demir ütü, Kur’an-ı Kerimler, tabancalar, el oyası işlemeler, gelinlik, kaftan, halı, kilim dokumaları bulunmaktadır. Müzede aynı zamanda, mübadil kültürü de özlü sözler ve bilgilendirme levhaları ile açıklanmaktadır. 1912 yılında yaşanan Büyük Göç ve sonrasında 1922 yılına kadar devam eden mübadelelerde, buraya yerleşen Boşnakların göç sırasında yaşadıkları acıları yansıtması, anıların korunarak gelecek nesillere aktarılması açısından müze önem arz etmektedir.

Küçükköy Mahalle merkezinde eskiden okul olarak kullanılan, Küçükköy Camii avlusunda bulunan tarihi binanın dönüşümü ile oluşturulan müze 2013 yılında hizmete girdi. Balkan kültürünün tüm mozaiğini bünyesinde barındıran kent müzesinde; Büyük Balkan Göçü sonrası Küçükköy’e yerleşen özellikle Boşnakların yaşamış olduğu acıları yansıtan, yaşanan hüzünlü anılara ait yüzlerce obje sergilenmektedir. Bu objelerin yanı sıra; yeme-içme kültürü, şükran hayrı, hıdrellez gibi Balkan ve Boşnak kültürüne ait bilgilendirme levhaları ile bu etkinliklere ait tarihi fotoğraflar müzede yer almaktadır. Müzede ayrıca Küçükköy yakın çevresinde bulunan Murat Reis, Badavut, Şeytan Sofrası gibi doğal güzelliklere ait bilgilendirme levhaları ile fotoğraflar da yer almaktadır. Ayvalık Belediyesi Küçükköy Kent Müzesi’nde 11076 numaralı Vakıflar Genel Müdürlüğü Müzeler Yönetmeliği’ne uygun olarak envanter ve tasnif çalışmaları devam etmektedir. Bununla birlikte, günümüze kadar kayıt edilen eser sayısı 173’dür. Envanter ve tasnif çalışmalarının devam etmesi nedeniyle müze geçici olarak hizmet verememektedir.