Çukurova’nın batısında Mersin’in Tarsus ilçesinde bulunmaktadır. Kilikya tarihinde önemli bir yeri bulunan höyüğün çapı, 300 metredir. Yüksekliği 25 metre ve derinliği yaklaşık 12- 14 metredir. Höyüğün yerleşim tabakaları, Geç Neolitik Çağ’dan başlayarak, İslami dönemlere kadar devam etmektedir ve toplamda 33 tabaka belirlenmiştir. Gözlü Kule Höyüğü ile ilgili çalışmalar 1934 yılı itibariyle Hetty Goldman ve ekibi ile başlamıştır. 1938 yılında, Tarsus’un Gözlü Kule Höyüğü’nde, biri ilkbahar ve diğeri sonbaharda olmak üzere iki sefer düzenlenmiştir. Çalışma, Bryn Mawr College ve Institute for Advanced Study tarafından desteklenmiştir. Hetty Goldman başkanlığında 1934-1949 yılları arasında yapılmış olan kazılarda ulaşılan etütlük eserler eski depo olarak Adana Arkeoloji Müzesi’ne bağlı olan ayrı bir alanda korunmaktadır. Goldman’ın nihai raporları stratigrafik sırayla Neolitik’ten Tunç Çağı’na, Demir Çağı’na ve Helenistik’ten Roma dönemlerine kadar olan dönemleri kapsamaktadır. İkinci Dünya Savaşı çalışmaların durmasına neden olmuştur. Bu nedenle çalışmalar 1947-1949 yıllarında Machteld Johanna Mellink ve Theresa Goell’in katılımı ile tamamlanmıştır. Kazının 1950’lerde yayımlanmış olan sonuçları, günümüzde hala Anadolu Arkeolojisi için oldukça önemli bir nitelik taşımaktadır. Bu sürecin ardından höyük, 2001’de yeniden bir proje kapsamında ve bu bağlamda yaşanılan değişimler ve çevre ilişkisi güncel yöntemler ile ele alınmıştır. Boğaziçi Üniversitesi tarafından 2007 yılından itibaren başlatılan kazı çalışmalarına, 2015 ve 2016 yıllarında gerçekleştirilen depo çalışmalarını takiben 2017 yılında devam edilmiştir. Boğaziçi Üniversitesi'nin kazılarında, höyüğün Goldman kazılarında rastlanmış olmasına rağmen yayınlarında eksik kalan Erken İslami katmanı açığa çıkarılan yapı, bulgu ve buluntular ile tanımlanmıştır. Bu tanımlama, Boğaziçi kazılarının Kilikya bölgesi araştırmalarına yaptığı ilk önemli katkısıdır. Erken İslami döneme ait iki duvarın köşe yaptığı ve bu duvar kalıntılarından doğu-batı yönünde olanı, Geç Tunç IIb dönemine ait bir zeminin üzerine yerleştirildiği görülmüştür. Açmanın güneybatısında ise Erken İslami döneme ait bir temel dolgusu ortaya çıkarılmıştır.

Kazıların yoğunlaştığı alan, A ve B olmak üzere iki alanı kapsamaktadır. A bölgesi, höyüğün en yüksek noktasını göstermektedir ve Hitit dönemine tarihlenmiş olan anıtsal bir idari bina kısmi olarak ortaya çıkarılmıştır. Hetty Goldman, Tarsus’ta Hititler’in ticari ilişkileri ele alındığında Hititler için bir güç merkezi olduğunu belirtmiştir. 1935’te Milattan Önce ilk yüzyıllara ve Milattan Sonra'ya ait çok sayıda kandil ve pişmiş toprak bulunan A Bölümü yeniden incelenmiştir. İlk seferde pratik olarak tükendiği ve orijinal koleksiyona sadece birkaç yeni türün eklendiği görülmüştür. Bunların arasında, Arap kadınlarına benzer özellikler ve kostümlerde olduğu gibi yaşlı bir kadının başı da en önemli kazanımlardan biri olarak nitelendirilebilmektedir. B kesiti, orijinal kesimin hem doğu hem de batı tarafında yüzeyden genişletilmiştir. Yüzeyin hemen altında geçen yüzyılın Türk mezarları ve yaklaşık 50 santimetre derinlikte evlerle çevrili geniş bir İslami Cadde yatmaktadır. B Bölümünün dış veya güney tarafında, bazıları dikkatlice köşelere yerleştirilmiş ağır, büyük taşlar bulunmaktadır. Batı genişlemesi 14.00x8.00 metre ölçülerindedir ve doğu kesimdeki ile aynı ana katmanla karşılaşılmış; fakat tepenin doğudan batıya kuvvetli eğimi nedeniyle, farklı bina dönemleri daha iç içe geçmiştir.