Medreseler Selçuklu döneminde bugünkü anlamıyla fakültelere denk olarak eğitim görülen kültür, bilim, sanat konularında elemanların yetiştirildiği yapılar olarak kullanılmıştır. İlk medreseler incelendiğinde camilere veya mescitlere bağlı veya onların yanında ya da içerisinde öğretim için ayrılan özel yerler olduğu anlaşılmaktadır.

Çifte Minareli Medrese’nin herhangi bir kitabesi bulunmadığından ne zaman inşa edildiğiyle ilgili kesin bir bilgi bulunmamaktadır. Fakat medresenin doğu duvarının aynı zamanda kale surunu da oluşturması ve duvar işçiliğinde kullanılan malzeme ve yapım farklılıklarından dolayı XII. yüzyıla ait bir Saltuklu eserinin üzerine inşa edildiği düşünülmektedir. Çifte minareli medrese iki katlı ve dört eyvanlı açık avlulu iki tarafına eklenen payandalar üzerinde inşa edilen iki minaresiyle oldukça dikkat çekmektedir.

Medresenin taç kapısında bulunan derin niş çeşitli genişlikte palmet motifli beş sıra şeritlerle çerçevelenerek üzeri mukarnaslarla örtülmüştür. Medresenin her iki minaresi tuğladan inşa edilen kaideden üst noktaya kadar ki uzunluğu 26 metredir. Minare üçgen ve kare mavi çinilerle süslüdür. Özellikle taç kapıda yer alan bezemeler Selçuklu dönemi taş süslemelerindeki derinliği ve estetikliği yansıtması bakımından büyük önem taşımaktadır. Bezemelerdeki motifler ağırlıklı olarak bitki temalıdır. Taç kapının batı yönüne çift başlı kartal, ağzı açık iki yılan ve hayat ağacı motifleri vardır. Kapının doğu tarafında ise yaprak ve kartal işlemeleri bulunmaktadır.

Medresenin zemin katında 19 oda, birinci katında ise 18 oda mevcuttur. Medresenin güneyinde bulunan kümbet kendi dönemi içerisinde Anadolu’da inşa edilen en büyük kümbet olma özelliği taşımaktadır. IV. Murat’ın emriyle medrese önce tophane daha sonrasında ise kışla olarak kullanılmıştır. Medrese günümüzde ise hem müze hem de resim sergi salonu olarak hizmet vermektedir.

Çifte Minareli Medrese, Erzurum il merkezinde yer alan ve Anadolu Selçuklu mimarisinin önemli eserlerinden biri olarak kabul edilen tarihî bir eğitim yapısıdır. Halk arasında Hatuniye Medresesi adıyla da bilinmektedir. Yapı; anıtsal taç kapısı, çift minareli cephesi ve taş süslemeleriyle Türk-İslam sanatının dikkate değer örnekleri arasında gösterilmektedir. Günümüzde Erzurum’un simge yapılarından biri olarak kabul edilen medrese, kentin önemli kültürel miras unsurları arasında yer almakta ve kültürel turizm kapsamında ziyaret edilmektedir.

Çifte Minareli Medrese’nin inşa tarihi ve banisi hakkında kesin bilgiler bulunmamaktadır. Yapıda inşa kitabesinin yer almaması nedeniyle farklı görüşler ileri sürülmüştür. Genel kabul, yapının Anadolu Selçuklu Devleti’nin son dönemlerine tarihlenen XIII. yüzyılın ikinci yarısında inşa edildiği yönündedir. Medresenin banisinin, Anadolu Selçuklu ve İlhanlı dönemlerinde yaşamış olan Hundi Hatun veya Padişah Hatun olabileceği ileri sürülmektedir. Bu nedenle yapı bazı kaynaklarda Hatuniye Medresesi olarak da anılmaktadır. Çifte Minareli Medrese, Selçuklu döneminde Anadolu’nun önemli siyasi, sosyal, kültürel ve ekonomik merkezlerinden biri olan Erzurum’un tarihsel kimliğini yansıtan yapılardan biridir. Selçuklu ve İlhanlı dönemlerinde yüksek dinî ve ilmî eğitim kurumu olarak kullanılan yapı, Osmanlı döneminde de işlevini sürdürmüştür. Osmanlı-Safevî mücadeleleri sırasında çeşitli zararlar gören yapının üst bölümlerinin önemli bir kısmı zamanla yıkılmıştır.

Çifte Minareli Medrese, açık avlulu ve dört eyvanlı plan şemasının Anadolu’daki önemli örneklerinden biridir. Kesme taştan inşa edilen yapı iki katlıdır. Avlu çevresinde öğrenci odaları ve çeşitli mekânlar bulunmaktadır. Yapının en dikkat çekici bölümü doğu cephesindeki anıtsal taç kapıdır. Taç kapı; derin niş düzenlemesi, geometrik motifleri, bitkisel bezemeleri ve mukarnas süslemeleriyle Selçuklu taş işçiliğinin önemli örnekleri arasında değerlendirilmektedir. Kapının iki yanında yükselen ve yapıya adını veren minareler, sırlı tuğla ve çini süslemelerle bezenmiştir. Minare gövdelerinde yer alan hayat ağacı, çift başlı kartal ve benzeri motifler, Türk sanat tarihinin yaygın sembolik unsurları arasında yer almaktadır. Hayat ağacı motifi, Türk ve İslam sanatında yaşamın sürekliliği ve evren tasavvuru ile ilişkilendirilirken; çift başlı kartal motifi güç ve hâkimiyet sembolü olarak yorumlanmaktadır. Yapının kuzey kısmında bulunan türbenin medresenin banisine ait olduğu düşünülmektedir. Silindirik gövdeli bu kümbet, medrese ile bütünlük oluşturan önemli mimari unsurlardan biridir.

Çifte Minareli Medrese, Anadolu Selçuklu sanatında taş süsleme geleneğinin ulaştığı düzeyi göstermesi bakımından önem taşımaktadır. Taç kapıda yer alan palmet, rûmî, lotus ve geometrik kompozisyonlar dönemin estetik anlayışını yansıtmaktadır. Hayat ağacı motifi yaşamın sürekliliği ve yeniden doğuşla; çift başlı kartal motifi ise güç ve hâkimiyetle ilişkilendirilmektedir. Minarelerde kullanılan firuze renkli çiniler, yapının dış görünümüne estetik bir özellik kazandırmaktadır. Bu uygulama, Anadolu Selçuklu mimarisinde yaygın olarak görülen tuğla ve çini birlikteliğinin örneklerinden biri olarak değerlendirilmektedir.

Çifte Minareli Medrese günümüzde koruma altındaki tarihî eserlerden biridir. Yapı, Erzurum’un en çok ziyaret edilen kültürel miras alanları arasında yer almaktadır. Anadolu Selçuklu mimarisinin önemli örneklerinden biri olarak kabul edilen medrese, Erzurum’un tarihsel kimliğini ve kültürel dokusunu yansıtan başlıca yapılardandır. Medresenin çevresindeki tarihî doku da büyük ölçüde korunmuştur. Özellikle Üç Kümbetler ve çevredeki diğer Selçuklu dönemi eserleriyle birlikte değerlendirildiğinde, yapı Erzurum’un tarihî merkezinin önemli bileşenlerinden birini oluşturmaktadır.