Çanakkale’de, Onsekiz Mart Üniversitesi Terzioğlu Kampüsü’nde Deniz Bilimleri ve Teknolojisi Fakültesi bünyesinde 2004 yılında ziyarete açıldı. Şehir merkezindeki Piri Reis Müzesi’nden farklı olarak, bu müze doğrudan deniz biyolojisine yönelik bir müzedir. İsmini, Gelibolulu denizci Piri Reis’ten alan müzede 2014 yılının sonunda yenilenme çalışması yapıldı ve çağdaş bir sergileme modeli oluşturuldu. 2016 yılı itibariyle Kültür ve Turizm Bakanlığı tarafından özel müze statüsüne dönüştürüldü. Bunun akabinde, müzenin ismi Piri Reis Özel Deniz Müzesi oldu.

Müzenin koleksiyonunda 100’den fazla kemikli ve kıkırdaklı balık,700 civarı omurgasız hayvan örneği, deniz sürüngenlerinden Akdeniz kaplumbağası, deniz memelilerinden iki yunus ve bir adet Akdeniz foku iskeleti ve deniz alglerine ait herbaryum koleksiyonu sergilenmektedir. Müzede ayrıca denizin farklı renk ve dokularını ziyaretçilere sergileyebilmek amacıyla Pasifik ve Atlantik Okyanusu’ndan elde edilmiş bazı egzotik türlerin yer aldığı bir bölüm de bulunmaktadır. Deniz Bilimleri ve Teknolojisi Fakültesi’nde öğretim üyeliği yapmakta olan Prof. Dr. Onur Önal’a ait bir koleksiyon da müzede sergilenmektedir.

Müzede sergileme geniş bir yaş yelpazesine hitap edecek şekilde tasarlandı. Stantların yüksekliği görüşü engellemeyecek şekilde altı yaş ve üzeri için tasarlanmış olup, cam dolaplar sayesinde koleksiyonu değişik açılardan görme imkânı bulunmaktadır. Müze, bireysel geziler için de uygun olup bilgi panoları hem araştırmacılar hem de ziyaretçiler için uygun bir dilde kaleme alındı. Müzede rehberlik hizmeti de mevcuttur. Aynı anda en fazla 20 kişilik grupların kabul edilmesi sebebiyle önceden randevu alınması gerekmektedir. 2019 itibariyle 14 bin çocuğun gezdiği müzede, tüm koleksiyonu incelemek ve bilgi almak yaklaşık bir saat sürmektedir. Müzede çalışma saatleri hafta içi 08.00-17.00 arasındadır. Müze hafta sonu ziyaretçilere kapalıdır.