Orta Toros Karst Kuşağı’nın güneyindeki alçalım veya denizel boğulma alanında bulunuyor. Mağara, İçel’in batısında Aydıncık ilçesinin 7,5 kilometre doğu ve güneydoğusunda dalga aşındırması ile oluşan dik bir kayalığın üzerindedir. Gilindire (Aynalıgöl) Mağarası, Akdeniz’in seviyesinin alçalıp yükselmesi ya da tektonik olarak alçalım alanı olan bir bölgede çeşitli kireçtaşlarından ve (Kambriyen yaşlı kireçtaşı ve Dolomitik kireçtaşı) çeşitli yönlere sahip faylara bağlı olarak meydana geldi. Oluşum ve gelişim bakımından çok dönemli ve kökenli bir mağara olan Gilindire Mağarası’nın en önemli özelliği, Akdeniz’in jeolojik evriminde ki seviye değişimlerini karakterize eden şekillere sahip en büyük mağarası olmasıdır. Gilindere Mağarası yaşanan son iklim değişikliğine tanıklık eden tek kayıt noktasıdır. Deniz seviyesinin altında kalan oluşumların, küresel iklim değişikliği (Buzul Çağı) öncesinde oluştuğu, bünyelerinde Buzul Çağı’na ilişkin bütün hidrolojik ve atmosferik verileri barındırdığı anlaşılıyor.

Gilindere Mağarası’nın toplam uzunluğu 555 kilometre, kalınlığı 115 metredir. Sahip olduğu bu kalınlığın 45 metresi ise denizin alt kısmında yer alıyor. Mağara birbirine bağlı fakat farklı zamanlarda oluşan üç bölüme sahiptir. Bu bölümler aktif şekilde bulunan göllü salon, fosil özellik gösteren giriş ve damla taş salonu olarak biliniyor. Oluşum dönemlerine göre en eski oluşum damla taş salonudur. Yaşanan son Buzul Çağı’nda deniz seviyesinin –90 metre alçalmasına bağlı olarak belirgin bir fay üzerinde oluşan göllü salon, mağaranın oluşan en genç ve aktif bölümüdür.

Coğrafi yapısına göre kısmen yatay, kısmen dikey oluşan mağaralardan biridir. Bu özelliği ile Türkiye’nin ender doğal turistik kaynaklarındandır. Gilindire (Aynalıgöl) Mağarası insanı hayran bırakan traverten, sarkıt, dikit, sütun oluşumlarının yanında bayrak, perde, akma damlataşları bakımından zengindir. Mağarada yer alan sarkıt-dikit gibi oluşumlar, tarih boyunca su altında kaldığından atmosferik değişimlerden etkilenmeden günümüze ulaşmıştır.

Gilindire (Aynalıgöl) Mağarası, kesin olmamakla beraber bundan 20-25 sene önce bir çoban tarafından şans eseri keşfedildi. Söylentiye göre; Mersin Aydıncık’ın denize dik kayalık yamaçlarında keçilerinin peşinde dolanan bir çoban, Akdeniz’in bunaltıcı güneşinden saklanacak bir oyuk ararken, bir kirpiye rastlar. Kirpi, çalılıklardan geçip kayalıkların arasında gözden kaybolur. Kirpinin nereye gittiğini takip eden çoban, bir insanın ancak geçebileceği kaya deliğine rastlar, ardından delikten geçerek mağara ağzına adım atar ve Aydıncık’ta çok önemli doğal mirasını keşfeder.

Gilindere (Aynalıgöl) Mağarası yaklaşık olarak 20 yıl önce turizme kazandırılmak için Orman ve Su İşleri Bakanlığı mağarayı tabiat parkı ilan ederek koruma altına aldı ve ardından 2014 yılında ziyarete açıldı.