Günümüzde İzmir’in Selçuk ilçesinin sınırları içindeki Efes antik kenti, İonya bölgesinde yer alıyordu. Yapılan kazılarda MÖ VIII. yüzyılın ilk yarısına tarihlenebilen krater parçaları, Orientalizan ve Erken Arkaik dönem seramik örnekleri ele geçmiştir. Buluntular, Ayasuluk Tepesi’nde ilk Tunç Çağı’ndan itibaren Arkaik Çağ’a kadar kesintisiz olarak yerleşmenin varlığını kanıtlamaktadır. Efes çevresinde MÖ 1900-560 yılları arasında en önemli yerleşim merkezi Ayasuluk Tepesi’ndeki kent/kaledir.

Ayasuluk Tepesi, sağlam kalesi ile Erken Hristiyanlık, Bizans ve Selçuklu dönemlerinde iyi korunmuştur. Erken Hıristiyanlık döneminde inşa edilen ve Selçuklular döneminde restorasyon geçiren sur günümüze ulaşmıştır. Kale duvarında bulunan ana giriş kapısı MS VI. yüzyılda Roma dönemi yapılarından devşirilerek inşa edilmiştir. İç kale, Ayasuluk Tepesi’nin zirvesinde yer almakta olup bir taç görünümüne sahiptir. Kale duvarlarında Bizans, Aydınoğulları ve Osmanlı dönemlerinin izleri görülmektedir. İç kale sur duvarları 15 kuleyle güçlendirilmiş olup sur duvarlarında devşirme malzeme kullanılmıştır.

İncil Yazarı Aziz Yuhanna (St. Jean Theologos), İsa’nın en genç havarisi olup, çarmıhtaki İsa annesini bu en genç havarisine emanet etmiştir. Bunun üzerine Aziz Yuhanna’nın Meryemana ile birlikte MS 37-48 yıllarında Efes’e geldiği ve yaşamının sonuna kadar burada kaldığı bilinmektedir.

Hıristiyan efsanesinden aktarılan bilgiye göre St. Jean bu tepe üzerinde yaşamıştır ve de mezarı burada bulunmaktadır. St. Jean mezarının üstüne anıt dikilmiştir. MS IV. yüzyılda ise bu anıt etrafında ahşap çatılı bir kilise inşa edilmiştir. 100 yıl sonra Justinian (MS 527-565) günümüze kalıntıları ulaşan altı kubbeli bazilikayı inşa ettirmiştir. Yapı haç şeklinde olup girişi atrium adı verilen avludan sağlanmaktadır. Artiumdan doğudaki nartekse ve buradan kilisenin orta nefine geçilmektedir. Orta nef ile transeptin üstlerini altı kubbe örtmekte, yan neflerin üstlerindeki galeriler ise narteksten apsise doğru kesintisiz devam etmektedir. Kilisenin sütun başlıklarında Justinianus ve karısı Theodora’nın monogramları işlenmiştir. Bema önünde bir ambon yolu bulunmaktadır.

1920 yılının kazılarında üç mezar yapısı gün yüzüne çıkarılmıştır. Mezarlarda bulunan kutsal kalıntılar daha önce İstanbul Havariyyun (Agioi Apostoloi, Kutsal Havariler) Kilisesi’ne götürülmüştür.

St. Jean mezarı, Hristiyanlık aleminin en önemli ziyaret merkezlerinden biri haline gelmiştir. Orta odanın doğusunda ve papazların oturdukları yerden ayrılmış olarak yarım elips biçiminde bir synthronon bulunmaktadır. Tabanı mermer ile kaplı olan gezinme yerleri St. Jean Kilisesi’ne has bir özellik göstermektedir. İnsanların manzarayı izleyebilmeleri için atriumda açık portik ve gezinme alanları yapılmıştır.

1960 yılında kilisenin kuzeyinde bulunan Hazine Dairesi’nin bir parçası olan küçük bir yapı gün yüzüne çıkarılmıştır. Bu küçük yapı fresklerinden ötürü şapel olarak düşünülmüş, Orta Bizans döneminde ise şapel olarak faaliyet göstermeye başlmıştır. Apsiste MS XI. yüzyıla ait freskte ortada İsa, sağda St. Jean (yazıtlı) ve solda İzmirli Timoteus’un figürleri bulunmaktadır. Yapıya ait vaftizhane yapının kuzeyinde bulunmakla birlikte MS V. yüzyılda ahşap çatılı bazilika ile birlikte yapılmıştır.

Ayasuluk Tepesi’nde en az beş Bizans dönemine ait sarnıç ortaya çıkarılmıştır. Çevrede yaşayanların su ihtiyacının karşılanması bakımından sarnıçlar önemlidir.

1981-86 yıllarında gerçekleştirilen kazılarda St. Jean Kilisesi Batı Sur Girişi ile İsa Bey Camii kuzey kapısı arasındaki bağlantı gün yüzüne çıkarılmıştır. 1982 yılında gerçekleştirilen kazı sonucunda taş döşeli bir yol bulunmuştur. Daha sonraki kazılarda bu yolun Osmanlı dönemine ait olduğu ancak Bizans dönemine ait bazı yapılar üzerine inşa edildiği tespit edilmiştir.

Kilise içi kazılarına G.A. Sotriou 1921-22 yıllarında başlamıştır. İç bölüm kazılarını Avusturya Arkeoloji Enstitüsü 1927-30 yılları arasında tamamlamıştır. Kalede gerçekleştirilen ilk kazı çalışmaları 1960 yılında Efes Müzesi tarafından yapılmıştır. 1973 yılındaki kazılar ve restorasyon çalışmaları George B.Quatman’ın parasal katkıları ile Ekrem Akurgal başkanlığındaki bir heyet tarafından St. Jean Kilisesi’nin çeşitli yerlerinde gerçekleştirilmiştir. Kazılar, merkezi kubbeli bir yapı olan baptisteriumun bulunmasını sağlamıştır. 1980 yılında şapelin üstü ahşap bir çatı ile kapatılmıştır. İkinci dönem müze çalışmaları 1990-2003 yılları arasında sürdürülmüştür. Kültür ve Turizm Bakanlığı'nın izni ile 2007 yılından itibaren Pamukkale Üniversitesi Arkeoloji Bölümü öğretim üyesi Yrd. Doç. Dr. Mustafa Büyükkolancı ve ekibi kazı çalışmalarını devam ettirmiştir. 2020 yılında Cumhurbaşkanlığı kararnamesi ile Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi öğretim üyesi Dr. Öğr. Üyesi Sinan Mimaroğlu kazı ekibi başkanlığına, başkan yardımcılığına ise İstanbul Gelişim Üniversitesi Restorasyon ve Konservasyon Bölümünden Arş. Gör. Fırat Baranaydın getirilmiştir.

Kazılara; Kültür ve Turizm Bakanlığı Kazılar Daire Başkanlığı, Selçuk Belediyesi, Selçuk Ticaret Odası, Efes2000 Vakfı gibi kurumlar destek sağlamışlardır.

Efes antik kentinden sonra bölgede en fazla ziyaretçi potansiyeline sahip olan kiliseye, yılda bir milyona yakın ziyaretçi gelmektedir. Kazı çalışmalarında ele geçen buluntular Efes Arkeoloji Müzesi’nde sergilenmektedir.

St. Jean Kilisesi, Bizans Mimarisi’ndeki anıtsallığı ve Anadolu’daki Latin haç planı örneğini temsil etmesi bakımından önemli bir yere sahiptir.