Denizli’nin Acıpayam ilçesinin yaklaşık beş kilometre batısında yer alıyor. Bu bölgeye ulaşım Acıpayam ilçesi içerisinden batıya doğru stabilize orman yolu ile sağlanıyor. Mağaranın Antik Dönem’deki ismi bilinmemekle birlikte, etrafındaki yerleşim alanının Antik dönemdeki adı Agate Kome’dir. Günümüzde ise Alacain (Alicin) olarak adlandırılıyor. Mağaranın da bulunduğu Alacain yerleşkesi coğrafi olarak Acıpayam ilçesinin batısında yükselen tepeler arasında, Acıpayam Ovası’na hâkim bir tepe üzerinde yer alıyor. Yerleşimin güneybatısında Acıpayam’a bağlı Alacain Mahallesi’ne ait dört tane çoban evi ve bu evlerin kuzey tarafında ise nekropol bulunuyor. Nekropolün doğu tarafında ise savunma amaçlı kale ve mağaralar (barınaklar) yer alıyor. Gerek nekropolde gerekse kale ve mağaralarda yapılan incelemeler sonucunda bu bölgedeki yerleşik hayatın, Geç Roma ve Bizans (Hristiyanlık) dönemine kadar uzandığını söyleniyor.

Alacain Mağarası başta olmak üzere, 20 metre yüksekliğindeki dik kayaların yamacında yer alan doğal mağaralar, Bizans döneminde kaya sığınağı olarak kullanılmış. Bu mağaraların derinliği çok uzun değildir. Ancak ortada yer alan mağaranın iki katlı olduğu ve bir bölümünün (üst katının) kilise olarak kullanıldığı anlaşılıyor. Kilisede dört bölüm halinde İsa ile ilgili freskler yer alıyor. Tavan fresklerinde, İsa’nın kanatlı melekler tarafından gökyüzüne götürülüşü anlatılıyor. Bu freskler günümüzde oldukça tahrip olmuş durumdadır. Nekropolde ise iki tip mezar bulunuyor. Bunlardan ilki, düz platform haline getirilen kayalar üzerindeki lahit tipi mezarlardır. Bu mezarlar Geç Roma tipi lahit mezar karakterini yansıtıyor. Diğeri ise kayalara oyulan sanduka tipi mezarlardır. Savunma amaçlı kalenin duvarları ise devşirme taşlardandır. Alacain Mağarası’nın da içinde bulunduğu yerleşim bölgesi Türklerin hâkimiyetine geçtikten sonra tamamen boşaltılıp, burada yaşayan halk başka bölgelere göç etti. Günümüzde Alacain Örenyeri, İzmir İki Numaralı Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kurulu tarafından birinci derece Arkeolojik Sit Alanı olarak kabul edildi.