Tarihsel geri plana bakıldığında, 1983 yılında çıkarılan 2863 sayılı Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kanunu, doğal ve kültürel mirasın korunmasına yönelik temel yasal çerçeveyi oluşturmuştur. Bu bağlamda, Başbakanlığa bağlı Özel Çevre Koruma Kurumu Başkanlığı, 1989 yılında 383 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile kurulmuştur. Uluslararası öneme sahip hassas bölgeler, Özel Çevre Koruma Bölgesi ilan edilerek bu kurumun yönetimine verilmiştir.

2011 yılına gelindiğinde, bakanlıkların yapılarında gerçekleşen değişikliklerden tabiat korumasına yönelik kurumlar da etkilenmiştir. 644 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile 2011 yılında taşınmaz tabiat varlıkları, doğal sit alanları ve bunlara ilişkin koruma alanlarına dair tüm görev ve yetkiler Kültür Bakanlığı’ndan alınmış, yeni oluşturulan Çevre ve Şehircilik Bakanlığı’na devredilmiştir. Bu yapılanma sonucunda Tabiat Varlıklarını Koruma Genel Müdürlüğü kurulmuş; 1989’dan beri Başbakanlık çatısı altındaki Özel Çevre Koruma Kurumu da Çevre ve Şehircilik Bakanlığı bünyesinde birleştirilmiştir.

Bugünkü yapısına ise 2018 yılında Cumhurbaşkanlığı Hükûmet Sistemi ile kavuşmuştur. 1 sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi uyarınca, Tabiat Varlıklarını Koruma Genel Müdürlüğü, bakanlığın ana hizmet birimlerinden biri olarak tanımlanmıştır. 2021 yılında yapılan son değişiklikle bakanlığın adı Çevre, Şehircilik ve İklim Değişikliği Bakanlığı olarak güncellenmiş; müdürlük de faaliyetlerini bu çatı altında sürdürmeye başlamıştır.

Tabiat Varlıklarını Koruma Genel Müdürlüğü’nün temel işlevlerine bakıldığında, Türkiye’deki biyolojik çeşitliliğin ve ekosistemlerin korunması temelinde şekillendiği görülmektedir. Görevleri şu şekilde özetlenebilir: korunan alanların ilanı ve tescili, planlama ve yapılaşmaya ilişkin ilkelerin belirlenmesi, kamulaştırma ve kaynak geliştirme, eğitim, bilinçlendirme ve araştırma.

Faaliyet ve görevlerine daha ayrıntılı bakıldığında, müdürlük; tabiat ve millî park, tabiat anıtı, tabiatı koruma alanı ve doğal sit alanı gibi statülerin ilanını organize etmektedir. Alanların koruma alanı olarak tescili için bilimsel araştırmalarla çalışmalar yürütür, komisyon kararları alır ve bunları bakan onayına sunar. Yine müdürlük, anıt ağaçları, özel peyzaj unsurlarını ve mağaraları tespit ederek tescil edilmesini sağlamaktadır.

Korunan bölgelerin imar planlarını ve çevre düzenlerini yapar, yaptırır ve gerekli durumlarda değiştirir. Koruma altındaki alanlarda hangi kısımların, bölgelerin hangi tür yapılaşmaya veya kullanıma uygun olacağını belirler. Ekoturizm ve altyapı çalışmaları için gerekli izin işlemlerini yürütür. Öte yandan yönetim ve izleme faaliyetleriyle koruma durumunu fiilen takip eder.

Son olarak müdürlüğün eğitim ve araştırma faaliyetlerinden bahsedilebilir. Doğal mirasın korunmasının yanı sıra toplumsal farkındalığı artırma misyonunu da üstlenmiştir. Korunan alanlara yönelik bilinçlendirme, eğitim faaliyetleri ve araştırma projeleri düzenlenmektedir.

Organizasyon şemasına bakıldığında, Genel Müdür ve üç Genel Müdür Yardımcısının yanı sıra; Yatırım ve Projeler Daire Başkanı, İmar ve Planlama Daire Başkanı, Marmara Denizi ve Adalar Özel Çevre Koruma Daire Başkanı, Doğal Sit Alanları ve Tabiat Varlıkları Daire Başkanı, Koruma, İzleme ve Özel Çevre Koruma Bölge Daire Başkanı, Yönetim Hizmetleri Daire Başkanı, Harita ve Kamulaştırma Daire Başkanı ile Alan Yönetimi Daire Başkanı olmak üzere sekiz başkanlık birimi bulunmaktadır.