Mustafa Kemal Atatürk ve Heyet-i Temsiliye tarafından 2 Eylül-18 Aralık 1919 tarihleri arasında "Milli Mücadele Karargâhı" olarak kullanılan bina Cumhuriyet tarihimizde çok önemli ve müstesna bir yer tutmaktadır. Binanın 12 Rebiül-evvel 1310 H (5 Ekim 1892) tarihinde Sivas Valisi Mazlum Paşazade Mehmet Memduh Bey tarafından Mülki İdadi Binası olarak yaptırıldığını belirten dört satırlık kitabe, halen Kongre Müzesi'nde bulunmaktadır.  XIX. yüzyılın Geç Osmanlı Dönemi sivil mimarlık örneklerinden biri olan yapı, üç katlı ve iç avluludur. Dış cephelerinde taş, iç mekânlarda ise ahşap ana malzemedir. Mustafa Kemal Atatürk ve arkadaşlarına üç buçuk ay süre ile resmi karargâh olarak tahsis edilen binadır. Sivas Kongresi içtimalarının burada yapılmış olması, Anadolu'daki Millî Mücadele hareketinin teşkilatlandırılarak millet iradesinin her türlü baskının, kişi ve zümre idaresinin üstünde olduğunun bütün dünyada ispatlanması ve Cumhuriyet yönetiminin temellerinin burada atılmış olması ile tarihi bir hüviyet kazanmıştır. Yapıldığı tarihten itibaren okul binası işlevini sürdüren yapı; İdadi, Sultani, Sivas Lisesi, Kongre Lisesi adları ile anılmıştır. 1981 yılına kadar lise olarak hizmet vermiştir. 1984 yılında Kültür ve Turizm Bakanlığı'na devredilen Kongre Binası; Bakanlığın Eski Eserler ve Müzeler Genel Müdürlüğü'nce aynı yıl başlatılan müze amaçlı restorasyon ve teşhir ve tanzim çalışmaları sonucunda; bodrum kat depoların, laboratuvar ve fotoğrafhanenin yer aldığı mekânlar olarak; zemin kat Etnografya Müzesi, üst kat ise Atatürk ve Kongre Müzesi olarak düzenlenmiştir. Mustafa Kemal Atatürk ve Heyet-i Temsiliye'nin bir müddet karargâh olarak kullandıkları binanın müsamere salonunda, 4-12 Eylül 1919 tarihleri arasında Sivas Kongresi'nin içtimaları yapılmıştır. Tarihi Kongre Salonu ve Atatürk'e ait çalışma ve dinlenme odası, kongrenin yapıldığı günlerdeki hali ile muhafaza edilmektedir. Üst katta ayrıca; kongre öncesindeki olayların, Mustafa Kemal Atatürk'ün kongre hazırlığı ile ilgili tamimlerinin ve bildirilerinin sergilendiği salon; o zamanki muhaberenin temelini oluşturan telgraf odası; Sivas Kongresi ile ilgili tutanakların yer aldığı salon; merkezi Sivas'ta kurulmuş olan Anadolu Kadınları Müdafa-i Vatan Cemiyeti'ne ait bildiriler ve haberleri içeren belgeler ile İrade-i Milliye Gazetesi'nin basıldığı matbaa makinası ve bu gazeteye ait nüshaların sergilendiği salonlar bulunmaktadır. Sivas Kongresi sırasında ve sonrasında Sivas'ta alınan tüm kararlara ait belgelerin örnekleri müzede sergilenmektedir.

Bina, Sivas Valisi Mehmet Memduh Bey tarafından 1892’de Sivas İdadisi olarak yaptırıldı ve geç Osmanlı dönemi sivil mimarisinin özelliklerini taşıyan en güzel örneklerindendir. Ayrıca iç avlulu ve üç katlı olarak dizayn edilen binanın iç mekânlarında ahşap malzeme, dış cephelerinde ise taş kullanılmıştır. Osmanlı döneminde önceleri idadi, sonra da uzun süre sultani olarak hizmet verdiği bilinmektedir. Binanın Cumhuriyet tarihimiz açısından da önemli ve müstesna bir yeri vardır. Mustafa Kemal Atatürk ve Heyet-i Temsiliye tarafından 02. 09.-18 Aralık 1919 tarihleri arasında Milli Mücadele Karargâhı olarak kullanıldı. Mustafa Kemal ve arkadaşlarına tam 108 gün boyunca resmi karargâh olarak tahsis edilmiş olan bina; Sivas Kongresi toplantılarının burada yapılmış olması, Anadolu’daki Milli Mücadele’nin teşkilatlandırılarak millet iradesinin her türlü baskı, kişi ve zümre idaresinin üstünde olduğunun dünya çapında kanıtlanması, Cumhuriyet yönetiminin temellerinin burada atılmış olmasıyla da tarihsel bir kimlik kazandı. Yapıldığı tarihten bu yana okul binası olma fonksiyonunu sürdüren yapı; İdadi, Sultani, Sivas Lisesi ve Kongre Lisesi adlarıyla tanınıp anıldı. 1981’e kadar lise olarak hizmet veren binanın, Cumhurbaşkanı Kenan Evren’in talimatlarıyla müzeye dönüştürülmesi planlandı. 1984’te Kültür ve Turizm Bakanlığı’na devredilen Kongre Binası; Kültür ve Turizm Bakanlığı’nın Eski Eserler ve Müzeler Genel Müdürlüğü tarafından aynı sene başlatılan müze amaçlı tanzim, restorasyon ve teşhir çalışmaları sonunda; bodrum kat depoların, fotoğrafhane ve laboratuvarın bulunduğu mekânlar olarak; zemin kat Etnografya Müzesi; üst kat da Atatürk ve Kongre Müzesi olarak tanzim edildi. Mustafa Kemal ve Heyet-i Temsiliye’nin bir süre karargâh olarak kullandıkları binanın müsamere salonunda, 04-12 Eylül 1919 tarihleri arasında Sivas Kongresi’nin toplantıları gerçekleştirildi.

Tarihi Kongre Salonu ve Mustafa Kemal’e ait çalışma-dinlenme odası, kongrenin gerçekleştirildiği günlerdeki haliyle korunmaktadır. Üst katta ayrıca; kongre öncesindeki olayların, Mustafa Kemal’in kongre hazırlığıyla ilgili genelge ve bildirilerinin sergilendiği salon; o döneme ait muhabere işlemlerinin temelini oluşturan telgraf odası; Sivas Kongresiyle ilgili tutanakların bulunduğu salon; merkezi Sivas’ta kurulmuş olan Anadolu Kadınları Müdafa-i Vatan Cemiyeti’ne ait haber ve bildirileri kapsayan belgelerle İrade-i Milliye Gazetesi’nin basıldığı matbaa makinası ve bu gazeteye ait nüshaların sergilendiği salonlar yer almaktadır. Sivas Kongresi esnasında ve sonraki süreçte Sivas’ta alınan bütün kararlara ait resmi belgeler; Cumhurbaşkanlığı Köşkü-Atatürk Özel Arşivi, Atatürk Araştırma Merkezi Başkanlığı, Genelkurmay Başkanlığı Askeri Tarih Komisyonu ve Ateşe Özel arşivlerindeki belgelerin örnekleri, müzenin restorasyonundan önceki dönemde sergilendi. Restorasyon öncesinde müzede daha başka pek çok bölümler ve tarihi eşyalar sergilenmiş olup binanın zemin katı bütünüyle etnografik özellikteki eserlere ayrılmış durumdadır. Artık günümüzde modern müzecilik anlayışı ile 2013 yılında restorasyonu gerçekleşen Sivas Kongre Binası’nda tarihi etnografik eserlerin gösterimi kaldırılarak milli ruhundan uzaklaştığını da söylemek gerekir. Modern müzecilik anlayışının getirdiği sinevizyon eşliğinde belgesel anlatımı, kronolojik tablolar, kongre fotoğrafları ve tarihçesini anlatan yazı tabloları kongrenin milli ruhunu yansıtan tarihi etnografik eşyaların yerini almıştır.