Yapım tarihi kesin olmamakla birlikte Selçuklu sultanlarından Muğizüddin Mahmud’un emriyle 523 (Hicri), 1129 (Miladi) tarihinde yeniden inşa edildiği belirlenmiştir. 658 (Hicri), 1260 (Miladi) tarihinde Siirt, Cizre’ye bağlıyken Cizre hükümdarı Selçuk atabeylerinden El Mücahit İshak tarafından bu camiye birkaç namazgâh eklenmesiyle hamam, dükkan, tarla gibi akar gelir vakfedilmiştir. Caminin planı değiştirilerek genişletilmiş, orijinal biçimi bozulmuştur. İlk inşa edilen cami planı, ön tarafında gömülmüş halde birer mihrap izi bulunan iki tuğla paye üzerinde oturan tromplu bir kubbeye sahipti. Daha sonra bu plan şekline eyvan eklenmiş, Büyük Selçuklu geleneğinden farklı olarak eyvanın iki yanında dikey uzanan iki nefle transeptli bir plan şeması uygulanmıştır. İlk inşa edilen kubbenin doğusuna biraz daha küçük ebatta ve daha alçak, batısına ise daha küçük ve alçak olmak üzere birer küçük kubbe eklenmiştir. Tuğla payeler ve mihrap nişlerinde çiçekli sülüs ayet frizi ve firuze renkli çinilerin izleri görülmektedir.

Siirt’in simgesi olarak görülen minare kare kaideye oturmaktadır. Yukarı doğru incelen kalın silindirik minare, çini süsleme ve kûfi yazıt görülmektedir. Minarenin kaidesine yerleştirilmiş bir kitabede ve bunun altında yer alan satırların ebced hesabında minarenin inşa tarihi olan 523 sayısı ortaya çıkmaktadır. Mozaik çini süslemeli tuğla minarenin orta kemerindeki kûfi yazı, tahrip olduğundan okunamamıştır. Minarenin aleminde, Amelehu elhaci İsmaş essaftır el fıskini yazısı ve 523 sayısı okunabilmiştir. Alemin altında ise Hemçu pervanei şemi pürkârest mara ki eğer piş revam balu perem misuzet. Farsça yazıtın Türkçesi Mum pervanesi gibi bana çok kârlıdır ki, eğer ileri gidersem kanatlarımla tüylerim yanacaktır. şeklindedir. Caminin minberi, 1219 yılında Şeyhunnaccar tarafından ince bir işçilikle ceviz ağacından yapılmıştır. Minber, 1933 yılında Ankara Etnografya Müzesi’ne taşındı. Caminin saat kulesi, 10-15 metre yüksekliğinde olup, kulenin üst bölümünde büyük bir saat bulunmaktadır. Camide Selçuklu sultanlarından Şeyh İshak’ın mezarının bulunduğu bilinmektedir. Çok sayıda cami ve külliye yaptırmış olan bu zât, yörede 40 şehitlerden olarak tanınmakta ve keramet gösterdiğine inanılmaktadır. 2007 yılında caminin minaresinin restorasyon çalışmaları sırasında orta bölümde Hz. Muhammed ve çevresinde dört halifenin adları orijinaline yakın olarak ortaya çıkarılmıştır.