Amasya’nın Merkez ilçesinde Bahçeleriçi Mahallesi, Büyük Ağa Caddesi üzerinde yer almaktadır. Danişmentliler ve Selçuklular döneminde de öne çıkan bir yer olan, Pirler Mevkii olarak da anılan Saraydüzü, uzun yıllar boyunca Osmanlı şehzadelerinin ikamet ettiği bir saray yapısına da ev sahipliği yapmıştır. XVIII. ve XIX. yüzyıllarda yaşanan depremlerde hasar görüp yıkılan binanın yerine inşa edilen Rüştiye Mektebi ise XIX. yüzyılın son çeyreğinde yangın geçirdi. 1892-1897 yılları arasında inşa edilen İdadi Mektebi eski Rüştiye Mektebi’nin yerine konumlandırıldı. İdadi Mektebi’nin inşa edildiği tarih aralığında bölgede meydana gelen Ermeni olayları hasebiyle güvenlik önlemlerini arttırmak üzere kimi kaynaklarda karakol olarak da geçen Saraydüzü Kışlası inşa edilmesine karar verilip yapımı 05. 04. 1901 tarihinde tamamlandı. Millî Mücadele döneminde 12. 06. 1919 tarihinde Mustafa Kemal Atatürk’ün Amasya’ya gelerek 21-22 Haziran 1919 tarihinde Amasya Genelgesi’ni hazırlayıp yayımladığı bina olan Saraydüzü Kışlası 1944 yılında yaşanan bir toprak kayması sırasında hasar gördü ve yapı yıktırılarak yerine orduevi yaptırıldı. 1986 yılında bahsi geçen orduevi de heyelan tehlikesine karşı yıktırıldı, 1997 yılında yapının aslına uygun yeniden inşasına karar verildi. Tarihi önemi göz önünde bulundurularak 2006-2007 yılları arasında Saraydüzü Mevkii’nde bulunan ve aynı isimle bilinen kışla buradaki heyelan riski nedeniyle Yeşilırmak kıyısında aslına uygun olarak yeniden inşa edildi ve Kültür ve Turizm Bakanlığı’nın katkılarıyla Saraydüzü Kışla Binası Millî Mücadele Müzesi ve Kongre Merkezi olarak açıldı. Bugün binası, Millî Mücadele ve Cumhuriyet dönemlerine ait pek çok doküman ve eserlerin sergilendiği bir müze olarak kullanılmaktadır.

Elde edilen eski görseller vasıtasıyla Saraydüzü Kışla Binası’nın dikdörtgen planlı, iki katlı olarak inşa edildiği ve cephe özellikleri ile eksene simetrik düzene sahip olduğu bilinmektedir. Geniş saçakları ve soğan kubbesiyle Geç Osmanlı dönemi mimari ruhunu yansıtan binanın tekrar yaşatılması adına inşa edilen günümüzdeki müze binası ise aslına uygun bir görünüm sergilemektedir.

Müze’nin zemin katındaki Millî Mücadele Salonu’nda Mustafa Kemal Atatürk’ün Amasya’ya gelişi ve karşılanması 12, Amasya Tamiminin Mustafa Kemal Paşa, Hüseyin Rauf ve Ali Fuat Bey tarafından kaleme alınışı üç adet balmumu heykel ile canlandırılmaktadır. Milli Egemenlik, Amasya Tamimi ve Hüseyin Rauf Salonlarının duvarlarındaki bilgi panolarında ise Amasya Tamimi dönemi ve sonrasına ait çeşitli belgeler, Milli Mücadele yıllarına ait silah ve kılıçlar sergilenmektedir.

Müze’nin bünyesinde bulunan bir amfi tipi salon, toplantı odaları ve sergi salonları günümüzde kültür merkezi hizmeti vermektedir. Amfi tipi salon, tiyatro ve şiir dinletisi gibi sanatsal aktiviteler ile Cumhuriyet Resepsiyonu ve benzeri programların gerçekleştirildiği birimdir.