Kültür Bakanlığı ve Turizm Bakanlığı’nın birleşmesi sonucu kuruldu (2003). Misyonu, “Bölgede kültür ve turizm bilincini geliştirmek, folklorik değerleri araştırmak, mevcut değerleri korumak ve gelecek kuşaklara aktarmak bilinciyle bölgede turizmin tanıtılması ve geliştirilmesi için ilgili kurum ve kuruluşlarla işbirliği yapmaktır.” İl Müdürlüğü bünyesinde, sekiz danışma bürosu, beş müze müdürlüğü, 12 halk kütüphanesi ve iki kültür merkezi vardır.

Muğla, coğrafi, kültürel ve tarihi açıdan farklı değerlere sahip olduğundan müdürlüğün kültürel değerleri arasında 195 örenyeri, beş müze, Muğla mutfağı (örneğin, Çökertme kebabı), Muğla türküleri (örneğin; Şu Köyceğiz Yolları), Muğla yöresel dansları (örneğin; Kerimoğlu Zeybeği), geleneksel çocuk oyunları ve maniler yer almaktadır. Ayrıca, müdürlük Muğla ve ilçelerinde gerekli altyapı çalışmaları neticesinde safari turları, yamaç paraşütü, rüzgar sörfü, rafting, kuş gözlemciliği, dalış, seyir parkuru, motokros, atlı safari, yürüyüş, kano, sörf, bisiklet, mağara turizmi, mavi yolculuk olmak üzere birçok turizm faaliyeti için parkur belirledi. Ayrıca, müdürlüğün bünyesinde Muğla bacası, Dibekdere çalgı kültürü, sığla yağı ve sığla ağacı kabuğu gibi birçok somut olmayan kültürel miras listesinde yer alan değerler bulunmaktadır.

Müdürlük 2018 yılında kabul edilen Kanuni Sultan Süleyman’ın Rodos Seferi’ni kapsayan Kanuni Yolu projesini hayata geçirdi. Ayrıca, müdürlük sınırları içinde bulunan Letoon antik kenti 1988 yılında UNESCO Dünya Miras Listesi’ne girdi. UNESCO Dünya Miras Geçici Listesi’ne eklenen Muğla’daki tarihi değerlerimiz ise Köyceğiz Kaunos antik kenti, Milas Hekatommos Anıt Mezarı ve Kutsal Alanı, Milas Beçin Kalesi, Bodrum Kalesi, Yatağan Stratonikeia antik kenti, Pınara ve Tlos antik kentidir.