İzmir’de bulunan hanlar arasında en görkemlisi ve en büyüğüdür. Konum olarak Kemeraltı’nda bulunan Han’ın bir yanı Bakır Bedesteni’ne, arka duvarı ise Hisar Camii avlusuna bitişiktir. Hacı Beşir Ağa tarafından 1744 yılında hem Doğudan İzmir’e gelen kervanların taşıdığı malların depolaması ve satışı için hem de tüccarlar ile kervandakilerin konaklamaları amacıyla yaptırılmıştır.

Osmanlı mimarisinin günümüze gelen nadir eserlerinden biri olan Han, dikdörtgen geniş avlusuyla kare formda yapılmış bir eserdir. Yaklaşık 530 metrekare olan avlunun çeperlerinde odalar sıralanmaktadır. Avluda bulunması gereken mescit ve şadırvan ise günümüze kadar ulaşamamıştır. Uzun mesafe hanı olduğu için iki katlı olarak inşa edilen Han’ın üst katı konaklamalar için kullanılırken alt katı ise develer, yükler ve alışveriş yapan tüccarların bir araya geldikleri alanlar olarak kullanılmıştır.

Limanın yakınına, deniz kenarında inşa edilen Han, denizin zamanla doldurulması sebebiyle sahilden 200 metre kadar içerde kalmıştır. Ticari açıdan İzmir’in en merkezi yeri yerine burada yapılması, İzmir’in ekonomik hayatındaki öneminin bir işaretidir. Han cephesinde 1745 yılındaki heyelan nedeniyle önemli ölçüde çökme ve yıkılmalar olmuş, hemen onarılmıştır. 1778 yılındaki depremden büyük hasar alan Han 1779 yılında ciddi bir onarımdan geçirildi. Takip eden yıllarda da pek çok deprem ve yangın felaketleri atlatmıştır.

1989 yılında restorasyon çalışmaları için kullanım dışı bırakılan Kızlarağası Hanı günümüzde restore edilmiş olarak hizmet vermektedir. Hem mimarisi hem de anıtsal bir özelliğe sahip olması bakımından tek örnek olan Han, Osmanlı hanları arasında özgünlüğü ile öne çıkmaktadır.