Kırklareli Höyük, 1980 yılında bölgede Mehmet Özdoğan başkanlığında yapılan yüzey araştırmalarında tespit edildi ve kayıtlara ilk olarak Salhana olarak geçti. Höyük, Kırklareli kent merkezinin üç kilometre kadar güneyinde bulunmaktadır. Yüzey araştırması sırasında höyüğün birkaç yerleşmeden oluştuğu görüldü, yüzey malzemesi değerlendirildiğinde Aşağı Pınar ve 300 metre batısında tespit edilen bir diğer yerleşim olan Kanlıgeçit ile birlikte Trakya’daki diğer yerleşimlerden daha önemli olduğu anlaşıldı. Höyükte ayrıca tabakalanmış bu dolguları bozan İlk Demir Çağı’na ait bir kutsal alan ve adak çukurlarıyla, yine aynı döneme tarihlenen çok sayıda çöp çukuru ve tümüyle tahrip olduğundan yalnızca iz olarak saptanan MÖ V. yüzyıla ait bir tümülüsün izlerine de rastlanmıştır. Yerleşim alanını Anadolu’daki höyüklerden ayıran en önemli özelliği diğer höyüklerde görülen dikey tabakalanmaya karşın Kırklareli Höyük’te yatay tabakalanmanın görülüyor olmasıdır. Balkanlara özgü sayılabilecek yatay tabakalanmada yerleşim alanı olarak seçilen noktada kullanım bittikten sonra alan terk edilerek yeni yerleşim alanı eski yerleşimin birkaç yüz metre yakınında kurulmaktadır. Böylece üst üste birikerek höyük oluşumu gerçekleşmemekte farklı dönemlere ait yerleşim yerleri birbiri üstüne değil birbiri yanına kurulmuş olmaktadır.

1993 yılında Kırklareli kent merkezindeki hızlı yapılaşmanın tehdit ettiği höyükte kazı çalışmaları başlatılmıştır. Kazı çalışmaları İstanbul Üniversitesi Prehistorya Anabilim Dalından Mehmet Özdoğan ve Alman Arkeoloji Enstitüsünden Hermann Parzinger'in yönetiminde başlatılmıştır. Başlangıçta Türk ve Alman arkeologlarca sürdürülen kazılara daha sonraki yıllarda Bulgar, İspanyol ve Slovak arkeologlar da katılmıştır. Kırklareli Höyük’te hem Aşağı Pınar hem de Kanlıgeçit’te çalışmalar yapılmıştır. Aşağı Pınar kazıları 1993-2019 yılları arasında Prof. Dr. Mehmet Özdoğan başkanlığında yapıldıktan sonra kazılara son verilmiştir. Aşağı Pınar, 5.000 metrekarelik kazı alanı genişliği ile günümüzde Güneydoğu Avrupa’da, günümüzden 6.200 – 7.200 öncesine ilişkin en geniş kazı alanı olmuştur. Öte yandan Aşağı Pınar, Doğu Trakya’daki en büyük prehistorik yerleşmedir.

Kırklareli kent merkezinin hemen güneyinde bulunan yerleşim, Istranca Dağları’ndan Ergene Havzası’na doğru alçalan ve dağ ortamından ova ortamına geçiş niteliği taşıyan bir coğrafyada bulunmaktadır. Tatlı su kaynaklarına yakın olan höyük, farklı hammadde ve besin kaynaklarına ulaşmanın mümkün olduğu bir doğal çevre ortamında yer almaktadır. Höyüğün yassı ve yayvan bir görünüme sahip olması içinde bulunduğu topografyadan ayırt edilmesini güçleştirmektedir.

Aşağı Pınar besin üretimine dayalı köy yaşantısının Balkanlar’da izlendiği ilk dönemleri ardından yaşanan gelişim süreciyle birlikte kesintisiz olarak yansıtmaktadır. Yukarıdan aşağıya 1-8 olarak sıralanan sekiz tabaka ile 5-6 geçiş evresi olarak adlandırılan bir ara tabakayı içeren bu süreç genel olarak iki dönem içerisinde değerlendirilebilecek özellikler göstermektedir. İlk evre ilk Neolitik dönemi yansıtan bir yaşam biçimi karakteristiğini göstermektedir. Sekizinci ve yedinci tabakalardan oluşan ilk evre beşinci – altıncı tabakalardaki geçiş evresinin ardından görülen beş - ikinci tabakalar ile temsil edilen ikinci evre Balkanlar’da Karanovo III-IV, Veselinovo ya da Vinča olarak bilinen sürece karşılık gelmekte ve Orta/Son Neolitik olarak tanımlanmaktadır. Mimari genel olarak dal örgülü dikdörtgen planlı yapılardan oluşmaktadır. Dal örgü yapılar ilk evrede bitişik nizamlı olarak ikinci evrede ise bir birinden bağımsız yapılar olarak inşa edilmiştir.

Aşağı Pınar’ın 300 metre kadar batısında yer alan Kanlıgeçit ise mimari dokusu ve buluntularıyla Balkanlar’da başka örneği bilinmeyen bir İlk Tunç Çağı yerleşimidir. Aşağı Pınar’daki yerleşimin sonlanmasının ardından, bölgede bir süreliğine yerleşim kurulmadığı Kırklareli çevresinde sürekli bir iskânın olmadığı, olasılıkla göçebe toplulukların kısa süreler için konakladığı bir dönemin ardından, MÖ dördüncü bin yılın sonlarına tarihlenen Kanlıgeçit ile bölgeye yeniden yerleşildiği anlaşılmaktadır. Kanlıgeçit, kullanılan ahşap mimarisiyle tipik bir Balkan Köyü olarak başlamış ve MÖ üçüncü bin yılın ortalarına kadar Bulgaristan Ezero kültürüyle benzerlik göstermiştir. İlk Tunç Çağı II döneminin sonlarında, Anadolu kent modeline göre yeniden biçimlendirilmiş olan Kanlıgeçit yerleşimi MÖ 2050 yıllarında şiddetli bir yangınla sonlanmıştır. 1994-2009 yılları arasında gerçekleşen arkeolojik kazılarda yerleşimin akropol ya da iç kale olarak tanımlanan merkezinin hemen hemen tümü açığa çıkarılmıştır. Arkeolojik araştırma ve yayın çalışmalarının tamamlanmasının ardından yerleşim, bir koruma ve sergileme projesi kapsamında düzenlenmiştir.

Kırklareli Höyüğü’nü oluşturan Aşağı Pınar ve Kanlıgeçit kazıların yanı sıra önemli kültürel miras çalışmalarına da sahne olmuştur. Açık hava müze projeleri ile köy canlandırması, zaman tüneli, eğitim alanı, deneysel arkeoloji alanı gibi alanlar oluşturulmuş ve yerel halka özellikle de çocuklara yönelik çalışmalar yürütülmüştür. Söz konusu alanlar günümüzde de ziyarete açıktır. Kazılar sonucunda elde edilen eserler günümüzde Kırklareli Müzesi’nde sergilenmektedir.