Mersin’in Mut ilçesinde Kurtsuyu Vadisi’nin güney ucunu meydana getiren bir çakılkaya sırtı üzerinde, bu nehrin Göksu Nehri ile birleştiği noktada bulunmaktadır. Kilise Tepe, ana yolların birleştiği kavşak noktasında bölgeyi koruyan askeri ve idare merkezi olmalıdır. Höyük, Mut’tan gelen eski yola tepeden bakmakta olup, yol akışını batıya doğru Zeyne, Gülnar ve son olarak da deniz kıyısındaki Aydıncık’a yönlendiren Bizans Köprüsü’nün bulunduğu yerde nehri savunmaktadır. Kilise Tepe’nin eteğinde bulunan bugün dahi akan tatlı su yerleşim sakinlerince de kullanılmış olmalıdır.

Höyük, Silifke Müzesi'nin başkanlığında ve Cambridge Üniversitesi’nden Prof. J. Nicholas Postgate’in bilimsel başkanlığındaki ekip tarafından 1994-1998 yılları arasında kurtarma kazısı statüsünde kazılmıştır. Göksü Nehri üzerinde inşa edilecek barajın inşaatının durdurulması nedeniyle o dönemde su altında kalma riski kalmayan höyükte, 2007 Yılı’nda Nicholas Postgate ile Newcastle Üniversitesinden Mark Jackson’ın ortak başkanlığında ve Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi’nden Tevfik Emre Şerifoğlu’nun başkan yardımcılığında bir araştırma projesi başlatılmıştır. Yeni dönem kazıları 2011 yılında sona ermiştir. 2012 yılında kazılan açmalar duvar temelleri ve diğer arkeolojik kalıntıların erezyondan korunmaları amacıyla üzerleri toprak doldurularak kapatılmıştır.

Höyükteki arkeolojik tabakalar 13 metre derinliğe sahiptir. En üstte bulunan Bizans döneminden kalma kilise aynı zamanda tepeye adını vermektedir. Özellikle II. tabakadaki Stel Binası ile üçüncü tabakadaki Kuzeybatı Binası’nda ele geçen mühürler MÖ üçüncü bin sonunda yönetici kesimin varlığını göstermektedir.

Höyükteki ilk yerleşim MÖ 2700 civarında çakıllı doğal bir sırt üzerine inşa edilmiş olan Erken Tunç Çağı’nda başlamaktadır. Yerleşim Tunç Çağı’nın sonuna kadar kesintisiz devam etmiştir. Erken Tunç Çağı (MÖ 2700-2000) V. Tabaka ile temsil edilmektedir ve f, g, h, i, j ve k safhaları vardır. Vg ve Vj safhaları yangın geçirmiş ve yıkılmıştır. Birçok Anadolu kentinde görülen Erken Tunç Çağı II sonundaki Vg yangını sonrasında Vf safhasında mevcut enkaz kil ile kapanmış ve büyük bir bina ve yanına fırın inşa edilmiştir. Bu bina kısa bir süre sonra terk edilmiş ve Orta Tunç Çağı başına kadar işlik alanı olara kullanılmıştır. Erken Tunç Çağı sondajlarla açıldığı için yapı kalıntılarına ait izler tam bir mimari vermemiştir. Buluntular arasında taş aletler, bakır ve tunçtan üretilen aletler ile benzerleri Tarsus ve diğer çağdaşı yerleşimlerde tespit edilen seramik kaplar ele geçmiştir. Yerleşimde yaşayanların ana geçim kaynağı çiftçilik ve küçükbaş hayvancılık özellikle koyun ve keçi yetiştiriciliğine dayanmaktadır. Dokuma ağırşakları ve tezgah ağırlıklarının çokluğu burada yerel tekstil endüstrisinin varlığını göstermektedir.

MÖ ikinci bine tarihlenen IV. ve III. tabaka (MÖ 2000-1350) ile temsil edilmektedir. IV. Tabaka’nın (MÖ 2000-1500) her iki safhası da (IVa-IVb) yangınla tahrip olmuştur. İlk safhada özenle sıvanmış bir odanın ortasındaki ocak ana mimari olarak bulunmuştur. Duvar yıkıntıları arasında çok sayıda seramik ve pişirilmemiş kilden depolama amaçlı bölmelere ait kalıntılar açığa çıkartılmıştır. Bir avluda toplu halde bulunan dokuma ağırlıkları bu alanda dikey bir dokuma tezgahının olduğunu belgelidir. Bir sonraki IVb safhasında tüm bu alan büyük bir avluya dönüştürülmüş ve çok sayıda pişmiş toprak hilal biçimli dokuma ağırlığı bulunmuştur. Kilise Tepe III. tabaka (IIIa-e) Hitit İmparatorluk Çağı’na tarihlenmektedir. Kilise Tepe, Silifke yakınında önemli bir liman kenti olan Ura Limanı ile Hititler’in başkenti Hattuşaş (Çorum-Boğazkale) arasındaki ana yol güzergahı üzerindeydi. Bu dönemde (IIIc) höyüğün kuzeybatı köşesindeki bir bina içinde dini ritüellerle ilişkilendirilen kol biçimli libasyon kapları ile Hitit kapları açığa çıkartılmıştır. Arkeolojik buluntular MÖ XIV. – XIII. XIII. yüzyıllara tarihlenen bu yapının bir tapınak olabileceğine işaret etmektedir. IIId safhasında ise Kuzeybatı Binası’nda bir odanın (Oda 32) zemininde iki adet bakır gerdanlık (Torques) bulunmuştur. Bu safhadaki Kuzeybatı Binası’nın planı neredeyse eksiksiz tespit edildi. IIId safhasında bina içinde bir odada (Oda 30) bulunan depo küpleri ve depolama amaçlı çukurlar ile diğer odada (Oda 37) ocak ve depo çukurları bu alanın günlük kullanım amaçlı olduğuna işaret etmektedir. Aynı yapıda sık sıvanmış duvarları ve merkezi ocağı olan bir başka odada (Oda 32) aslan ayağı biçimli hiyeroglifli fildişinden bir Hitit damga mühür bulunmuştur. Hititler’in başkenti Hattuşaş’da benzeri olan bu mühür, Kilise Tepe’de bir devlet görevlisinin varlığına işaret etmektedir. Bir diğer odanın (Oda 33) köşesinde ele geçen üçgen biçimli platform özgün olup yapının özel bir yapı olduğunu göstermektedir. Binanın batı kanadı erozyon nedeniyle korunmamıştır.

Kilise Tepe’de II. Mimari tabaka Geç Tunç Çağı’na (MÖ 1350-1150) tarihlenmektedir. MÖ XII. yüzyılda 15x18 metre boyutlarında yeni bir bina inşa edilmiştir. Stel Binası olarak adlandırılan bu yapıda bir ocak ve merkezi bir avlunun kuzeydoğu köşesinde kerpiçten diyagonal bir sunak ve dikili taş bulunmuştur. Muhtemelen MÖ 1150’ye kadar kullanılan bina dört yapı safhasına (IIa-d) sahiptir. IIa safhasında yapının odalarından birinde (Oda 8) açık mavi tonda fritten üretilmiş 170’in üzerinde küçük boyuttaki boncuklar, özgün bir bakır alet ve tepe kısmı zemin seviyesinde kalacak şekilde gömülmüş bir kaplumbağa kabuğu ele geçmiştir. Yapının kuzey tarafında bir oda (Oda 2 E) içinde zeminin altındaki sığ bir çukurda genç bir koyun iskeleti bulunmuştur. IIc safhasında sunağın kullanımı devam etmiş ve sıklıkla ince kil sıvayla sıvanmıştır. Sunağın arkasındaki boşlukta 22 adet koyun aşık kemiği, deniz kabukları ve diğer küçük objelerden bir grup buluntu ele geçmiştir. Buranın güneydoğu köşesinde çok kötü yanmış ve parçalara ayrılmış, üzerinde kırmızı boyalı motiflerin izleri korunmuş bir stel kalıntısı keşfedilmiştir. Binanın diğer odalarında içi yanmış tahıl dolu küpler bulunmuştur (Oda 4, 5 ve 8). Bir odada (Oda 7) olasılıkla ayinlerde kehanet maksadıyla kullanılmış 92 adet aşık kemiği gömülmüş olarak ele geçti. Başka bir çukurda ne için üretildiği bilinmeyen 40 adet kemik aletin yontulduğu anlaşılmaktadır. Bina arkeolojik buluntulara göre bir tapınak olarak kullanılmış olmalıdır. Küçük bir tapınak olarak toplumun bir kesimi için bir depo ve resmi mühürlere göre de bir idari merkez olarak hizmet etmiştir. IIc sonunda bina büyük bir yangınla bitişiğindeki Doğu Binası ile birlikte yıkılmıştır. IId safhasında Stel Binası yeniden inşa edilmiş olsa da yine yangınla yıkıldığı belirlenmiştir. Bu dönemde yapıda Miken üslubunda seramikler bulunmuştur. Bunlar MÖ 1200-1150’ye tarihlenmekte ve Hitit İmparatorluğu’nun çöküş dönemi ile çağdaştır. Tahrip edilen binadaki farklı biçimli ok uçları Kilise Tepe’nin bir düşman tarafından yıkıldığını göstermektedir. Höyüğün merkezinde Stel Binası ile çağdaş Geç Tunç Çağı evlerinin varlığı belirlenmiştir. Bu yapılar da terk edilmiştir. Daha sonraki dönemde birkaç yüzyıl içinde bu bölgede neler yaşandığı bilinmemektedir.

Demir Çağı’nda (MÖ 1150-600) Stel binasının bulunduğu alan düzlenmiştir. Bir yerde sekiz metre çapı olan ahşap kazıklardan oluşan duvarlı bir eve ait iki sıra kazık çukurları keşfedilmiştir. Bu durum Kilise Tepe’de hayat biçiminde bir değişime işaret etmektedir. Ancak bu yeni yerleşim alanında dışarıdan yeni gelenler mi veya eski halkın mı burada yerleştiği netleşmemiştir. Daha sonra MÖ 700 civarında bu alana höyük sakinlerince biri 35 bin litre diğeri höyüğün kenarına yakın bir yerde 50 bin litre üzerinde kapasiteye sahip iki tane sıvalı dikdörtgen çukur tahıl deposu inşa edilmiştir. Bunlar 100’ün üzerindeki kişiye bir yıl boyunca tahıl sağlayabilecek miktardadır. Höyüğün kuzeydoğu kenarındaki savunma duvarı bu döneme ait olmalıdır. Bu dönemde Kilikya bölgesi ile ilgili yazılı kaynaklar 1.000 kilometre uzaklıktaki Mezopotamya’da Asur ve Babil krallarının yazılı belgelerine dayanmaktadır. Kilikya bu dönemde Asur belgelerinde Que veya Hue olarak bilinen ova ile Hilakku denilen Dağlık Kilikya olmak üzere ikiye ayrılmıştır. Asur kralları Sargon ve Senacherib’in MÖ 716 ile 696 arasına tarihli ve Babil kralı Neriglissar’ın MÖ 655 tarihli kayıtları, Kilikya ve çevresinde Gülnar civarında Meydancık Kale ve Uzuncaburç (Olba) veya doğuda Karatepe’yi kontrol altına aldıklarını göstermektedir. Bu bölgedeki halkların bir kısmı Hititçe ile ilişkili olan Luvi dilini konuşmaktadır. Kilise Tepe’de bu döneme ait kanıtlar IIf tabakasında bulunan bir fırında toplu halde ele geçen çanak çömleklerdir. Bu kapların benzerleri MÖ 750-650 aralığında Kıbrıs ve Doğu Akdeniz’de olsa da Kilise Tepe örneklerinin kil analizleri yerel olarak üretildiklerini kanıtlamaktadır.

Kilise Tepe İskender’in fetihlerinden sonra Hellenistik dönemde yeniden iskân edilmiştir. Bu döneme ait yapılar çok iyi korunmamıştır. Ancak MÖ IV. III. yüzyıla ait seramikler elde edildi. Yunan kalkanlarının kaplamalarına ait bakır parçalar yerleşimin bu dönemde askeri önemini koruduğuna işaret etmektedir.

Yerleşim Roma dönemi’nde Mut’a taşınmış ve terk edilmiş olmalıdır. Ancak Bizans dönemine (MS 450-1200) tekrar iskân edilen Kilise Tepe önemli yerel şehirlerden Seleuceia (Silifke) ve Claudiopolis (Mut) arasında bulunmaktadır. Yerleşim sahile kadar inen ana yolun geçtiği Calycadnus (Göksu Nehri) Nehri’ne yakın konumdadır. Yerleşimden Mahras Dağı'nın üzerindeki kilise ile karşı tarafındaki Alahan’da bulunan dini yapı kompleksi görülmektedir. Kilise Tepe’ye ismini veren kilise MS V. yüzyılda inşa edilmiştir. Yirmi dokuz metre uzunluğunda ve 16 metre genişliğindeki kilisenin sadece temelleri bulundu. Kilisenin mozaik ve mermerlerle süslendiği kalıntılardan anlaşılmaktadır. Erken Bizans döneminde kilise ile birlikte bir kırsal yerleşimin varlığı belirlenmiştir. Buradaki evler taş temelli ve kerpiç duvarlıdır. Evlerin zeminleri sıkıştırılmış topraktan yapılmış ve düz çatıları taştan payandalar ile desteklenmiştir. Oda içlerinde taştan platformlar günlük yaşamda çeşitli aktiviteler için kullanılmış olmalıdır. Seramik yerel kilden üretilmiş ancak az da olsa Akdeniz’in ötesinden ithal ürünler de vardır. Seramikler üzerinde üzüm, asma, balık, kuş, ağaç ve haç motifleri tasvir edilmiştir. Erken Bizans dönemi sonuna doğru yerleşim terk edilmiştir. Evlerdeki kalıntılar insanların birçok eşyayı almadan buradan ayrıldığını kanıtlar niteliktedir. Kilise Tepe’de daha sonraki yıllarda daha küçük inşa edilen kilise binasının olasılıkla XIII. yüzyıla kadar kullanımı devam etmiştir. Bu döneme ait kilise çevresi hakkında bilgiler sınırlıdır. Ancak kilisenin kuzeyinde buğday depolarının varlığı belirlenmiştir.

1994-98 kazılarına ait rapor Excavations at Kilise Tepe 1994-98: From the Bronze Age to Byzantine in Western Cilicia adlı kitapta basıldı. Son dönem kazıları ise Excavations at Kilise Tepe 2007-2012 adıyla yayımlanacaktır. Kazıda elde edilen buluntuların bir kısmı Silifke Müzesi’nde sergilenmektedir.