İzmir Arkeoloji Müzesi, ilk olarak 1924 yılında Basmane semtinde bulunan ve o dönemde terkedilmiş durumdaki Ayavukla (Gözlü) Kilisesi’nde kuruldu ve üç senelik bir eser toplama ve derleme çalışmasıyla birlikte 1927 yılında ziyarete açıldı. Ancak bu ilk müzenin fiziksel yetersizliği alternatif arayışına neden oldu ve 1951 yılında Kültür Park içerisinde yer alan ve müzeye dönüştürülen Milli Eğitim Pavyonuna taşındı. İzmir ve çevresindeki antik kentlerden çok sayıda eser gelmesinden dolayı mevcut müze binası yetersiz hale gelmeye başladı ve daha büyük bir binaya ihtiyaç duyuldu. Bu sebeple, Konak’ta bulunan Bahribaba Parkı içinde toplam 5000 metrekarelik yeni bir müze binası hazırlandı ve 1984 yılında hizmete girdi. Müzede farklı dönemlere ait toplam 5000 civarında eser sergilenmektedir.

Batı Anadolu tarihine ışık tutan ve günümüzde de çok önemli buluntulara ev sahipliği yapan Smyrna (Bayraklı), Efes, Bergama, Klazomenai, Teos, Çandarlı, Lasos, Foça gibi antik kentlerden elde edilen buluntular müzenin bahçesinde ve içerisinde sergilenmektedir. Toplam üç kat olan müze binasının zemin katında tüm eserlerin korunup saklandığı eser depoları, kütüphane, restorasyon laboratuvarı bulunmaktadır. Müze binasının birinci katında idari bölümler, ikinci ve üçüncü katlarında ise sergi salonları yer almaktadır. Giriş salonunun ortasındaki korkuluklu kısımda kuşbakışı olarak zemin kat mozaikleri görülmektedir. Bu mozaikler Kadifekale’den getirilmiş olup dere taşı ve cam parçacıklarından yapılmış hayvan ve bitki motiflerinden oluşmaktadır. Taş eserler salonunun girişinde Anadolu’nun tarihi geçmişini anlatan kronolojik bir harita yer almaktadır. Müzede Helenistik (MÖ 330-30) ve Roma (MÖ 30-M.S.395) dönemlerine ait önemli taş eserler ve salonlarda bulunan dört adet vitrin içerisinde de daha küçük ebatlardaki mermerden yapılmış buluntular sergilenmektedir. Üst katta yer alan ve Türkiye’nin en ünlü arkeologları arasında yer alan Ord. Prof. Dr. Ekrem Akurgal’a (1911-2002) ithaf edilmiş olan salonda ise Prehistorik çağlardan Bizans dönemine kadar dönemi kapsayan önemli buluntular sergilenmektedir.

Barındırdığı Antik Yunan ve Roma dönemlerine ait eserleri ile Türkiye’nin ve hatta dünyanın sayılı zengin kolleksiyonlarından birine sahip, Batı Anadolu’nun en büyük müzesidir. Müzenin binası İzmir’in Konak ilçesinde bulunan ve XIX. yüzyılda büyük bölümü Musevi Maşatlığı’na dâhil olan Bahribaba Parkı içerisinde, İzmir Etnografya Müzesi’nin (XIX. yüzyılda Aziz Roch Hastanesi ya da Piçhane) tam karşısında yer alır. Mevcut müze binası 1984 yılında ziyarete açılmış olsa da, İzmir’in Cumhuriyet tarihindeki ilk arkeoloji müzesi 1924 yılında Kapılar ya da Basmane semtinde bulunan, 1886 yılında inşa edilen ve Yunan işgali sonrası terkedilen Aziz Voukla Ortodoks Kilisesi’nde (Gözlü Kilise) Asar-ı Atika Müzesi (Eski Eserler Müzesi) adıyla kuruldu ve üç sene süren eser toplama ve derleme çalışmalarından sonra 1927 yılında halka açıldı. 1926-1935 yılları arasında İzmir valisi olan Kazım Dirik’in (1881-1941) öncülüğünde, Selâhattin Kantar’ın (1878-1949) ve ilk Türk müzecilerinden, dönemin İstanbul Arkeoloji Müzesi müdürü Aziz Ogan’ın (1888-1956), hem müzenin, hem de müze içerisindeki resim galerisinin ve kütüphanenin kurulması aşamalarında katkıları çok büyük oldu. Müzenin müdürlüğünü Ogan’dan sonra Selâhattin Kantar üstlendi. 1931 yılında devrin Cumhurbaşkanı Mustafa Kemal Atatürk müzeyi gezdi, hatıra defterine “İzmir Asar-ı Antikâ Müzesi’ni gezdim. Büyük himmet ve dikkatle istifadeli hâle getirilmiş. Memnun oldum.” notlarını düştü. Müzenin ismi 1943 yılında Kantar’ın müdürlüğü döneminde İzmir Arkeoloji Müzesi olarak değiştirildi. Selâhattin Kantar 1932-1941 yılları arasında İzmir-Efes Müzeleri müdürü sıfatıyla, Hakkı Gültekin ve Alman arkeolog Rudolf Naumann (1910-1996) ile birlikte Smyrna Agorası’nın önemli bir bölümünün ortaya çıkarılmasını sağlayan kazıları gerçekleştirdi. Kazı çalışmalarının sonuçları Kantar, Naumann ve Avusturyalı arkeolog Franz Miltner (1901-1959) ile birlikte, ilk olarak 1934’te yayınladı. Bu çalışmalar, Kantar’ın ölümünden sonra 1950 yılında tekrar yayınlandı. Agora’daki arkeolojik çalışmalar XX. yüzyılın ilk yarısında İzmir Arkeoloji Müzesi’nin dünyanın her yerindeki arkeolojik kurumlar tarafından tanınmasını sağladı.

İzmir Arkeoloji Müzesi 1951 yılında Kültürpark’ta bulunan ve sonradan müze haline dönüştürülen Milli Eğitim Pavyonuna taşındı. Ancak bu süreçte Aziz Voukla Kilisesi’ndeki müze binası da 1980’li yıllara değin faaliyetlerine devam etti. İzmir ve çevresindeki örenyerlerinden çok sayıda eserin müzeye getirilmesinden dolayı yeni bir binaya ihtiyaç duyulması üzerine Konak’ta Bahribaba Parkı içinde bulunan yeni müze binası 1970’lerin sonunda inşa edilmeye başlandı ve 11 Şubat 1984 tarihinde ise hizmete girdi. İzmir Arkeoloji Müzesi’nin koleksiyonunu oluşturan başlıca eserler; Eski Smyrna (Bayraklı), Smyrna (Agora), Klaros, Notion, Kolophon, Kyme, Phokaia, Gryneion, Pitane, Klazomenai ve Teos gibi 1940’lı yıllardan beri arkeolojik kazıları yapılan merkezlerde ele geçti. Ayrıca 1936 yılında Bergama Müzesi, 1964 yılında Efes Müzesi, 1964 yılında Bodrum Sualtı Arkeoloji Müzesi, 1971 yılında Tire Müzesi, 1973 yılında Milet Müzesi, 1977 yılında Aphrodisias Müzesi, 1983 yılında Ödemiş Müzesi ve 1984 yılında Çeşme Müzesi kurulasıya değin Pergamon, Ephesos, Miletos, Didyma, Halikarnassos, Mylasa, Labraunda, Iasos, Aphrodisias ve Erythrai gibi örenyerleri ile Küçük Menderes Havzası’ndaki buluntu merkezlerinden toplanan eserler İzmir Arkeoloji Müzesi’nde toplandı. Dolayısıyla İzmir Arkeoloji Müzesi, Muğla’dan Balıkesir’e, Manisa’dan Ayfonkarahisar’a değin Ege Bölgesi’nin birçok ilinden toplanılmış, bölgesel bir arkeolojik koleksiyona sahip, oldukça zengin bir müzedir. Müze, 1940’lı yıllardan bu yana çok sayıda kurtarma kazısı yapmış olup, Türkiye’nin belki de arkeolojik arazi çalışmaları açısından en yoğun müzelerinden biridir.

İzmir Arkeoloji Müzesi binası üç kattan ve ayrıca bir bahçe bölümünden oluşuyor. Müze binası içerisinde ve müzenin bahçesinde bulunan eserlerin sayısı yüz binlerin üzerindedir. Müzenin zemin katında idari bürolar, eser depoları, restorasyon laboratuvarı, kütüphane ve arşiv bölümü ile bir de mozaikli alan bulunuyor. Bu alandaki Geç Antik Çağ’a ait taban mozaiği Pagos’ta (Kadifekale) ortaya çıkarıldı ve müzeye taşındı. Dere taşı ve cam parçacıkları ile oluşturulmuş mozaikte doğa ile ilintili bazı betimlemeler bulunuyor. Orta kat ise müzenin ikinci katı olmasına karşın, aynı zamanda müzenin giriş katı olma özelliği taşıyor. Ziyaretçiler müzeye bu katta bulunan giriş kapısı sayesinde giriyor. Bu katta bilet gişesi, konferans salonu ve üç koridordan oluşan geniş bir taş eserler salonu bulunuyor. Bu salonda sergilenen eserler kronolojik olarak tasniflenmiş olup, Hellenistik, Roma ve Erken Bizans dönemlerine ait çoğu mermerden yontulmuş örnekler sıralanıyor. Eserler arasında Roma dönemine ait Halikarnassos buluntusu rahip heykeli, Roma dönemine ait Ephesos buluntusu devasa imparatorlar rahibi heykeli ve yine Ephesos buluntusu Androklos heykeli gibi önemli eserleri barındırıyor. Koleksiyondaki Bornova ve Alsancak’ta ele geçirilmiş olan bazı büstler dikkati çekiyor. Orta kattaki giriş bölümünün merkezinde, korkuluklu alana sahip bölümden zemin katta bulunan Geç Antik Çağ mozaikli alanı gözleme imkânı bulunuyor. Müzenin üst katında ise üç koridordan oluşan Ord. Prof. Ekrem Akurgal Seramik Eserleri Salonu ile Hazine Odası bulunuyor. Seramik eserleri salonunda eserler bir alt katta olduğu gibi kronolojik olarak tasniflenmiş olup, oldukça çeşitlidir. Bu bölümde Neolitik Çağ’dan Bizans döneminin sonuna kadar, Ulucahöyük, Baklatepe, Limantepe, Panaztepe, Kocabaştepe (Tahtalı Barajı kurtarma kazısı), Eski Smyrna, Pitane, Teos ve Gryneion gibi merkezlerden ele geçmiş özellikle İkinci Bin ve Arkaik ile Klasik Çağlar’a ait seramik eserler bulunuyor. Eserler içerisinde, Bayraklı’da Ekrem Akurgal (1911-2002) kazıları sırasında ele geçmiş olan, Attikalı seramik sanatçısı Sophilos’a ait ve MÖ 590-570 yılları arasına tarihlenen lebes gamikos, MÖ VI. yüzyıla ait Klazomenai örenyerine özgü pişmiş toprak lahitler ve Kyme açıklarında deniz içinde bulunan ve MÖ 50-30 yılları arasına tarihlenen bronz Koşan Atlet Heykeli bu salonun önemli eserleri arasında yerini alıyor. Ord. Prof. Ekrem Akurgal Seramik Eserleri Salonu dünyanın en zengin oryantalizan ve Attika siyah ve kırmızı figür vazoları koleksiyonlarından birine sahiptir. Salonun eser koleksiyonuna Arkaik, Klasik, Helenistik ve Roma Dönemleri’ne ait koroplastik örnekleri de dâhildir. Hazine Odası’nda ise altın, gümüş ve fildişi gibi değerli madenlerden üretilmiş takılar ve objelerin yanı sıra, oldukça zengin birer nümizmatik, arkeogemoloji ve cam eserler koleksiyonu sergileniyor. Bu bölümde Kyme gibi büyük antik kentlerin nekropol alanlarında ele geçen altın ve gümüş takılar ile Bodrum’dan getirilmiş ingotlar dikkati çekiyor.

İzmir Arkeoloji Müzesi’nin bahçe bölümünde ise ağırlıklı olarak yazıtlar, heykeller, lahitler, mezar stelleri ve mimari ögeler gibi Hellenistik, Roma ve Bizans dönemlerine ait taş eserler yer alıyor. Müzenin bu kısmında bulunan epigrafi koleksiyonu Antik Yunanca, Latince, Rumca, Ermenice, İbranice ve Osmanlıca gibi çok farklı dil ya da alfabelerde yazılmış, çok farklı türden yazıtlar içermekte olup, Türkiye’nin Antik Yunanca ile ilgili en geniş kapsamlı yazıt koleksiyonlarından biridir. İzmir Arkeoloji Müzesi’nin teşhir kapasitesinin dolması sebebiyle 2004 yılında Kültürpark’ta İzmir Tarih ve Sanat Müzesi adıyla ikinci bir müze binası hizmete girdi. Taş Eserler Bölümü, Seramik Eserler Bölümü ve Kıymetli Eserler Bölümü olmak üzere üç ana binadan oluşan bu müze, yönetim olarak İzmir Müze Müdürlüğü’ne bağlıdır ve bu müdürlüğün bir bağlı birimi niteliği taşır.