Ayvacık ilçesinin güneyinde yer alan Behramkale Köyü, antik Assos harabelerinin eteklerindedir. Hüdavendigâr Camii ise antik şehrin akropolünün kuzey yöndeki burçlarından birinin önünde yer almaktadır. Yapının kitabesi yoktur. E. H. Ayverdi, bölgede daha önce kazı yapan Fransız arkeologların caminin kitabesini götürdüklerini, Louvre Müzesi’ne yaptığı başvuruya rağmen kitabeye ilişkin bir bilgiye ulaşamadığını ifade etmektedir. Yapının, Çanakkale Evkaf Müdürlüğü’ndeki imam tayini ile ilgili 1857 ve 1914 tarihli iki kaydına ve bölgedeki benzer örneklere bakılırsa Murat Hüdavendigâr yapısı olduğu anlaşılmaktadır. Cami, Assos antik kentini gezen bazı Avrupalı seyyahların da dikkatini çekmiştir. Bunlardan C. Texier, Assos harabelerini resmettiği gravüründe camiye de yer vermiştir. L.Bonato ise daha detaylı bir gravürünü resmetmiştir. Bunlar arasında yapının en detaylı bilgiyi veren H. Bacon caminin planı, kesiti ve mihrabının çizimini vermiştir.

Yapımından bugüne kadar birçok müdahaleye maruz kaldığı anlaşılan binanın, Osmanlı döneminde geçirdiği tamir ve onarımlara ilişkin bir bilgi yoktur. Ayverdi, 1956 yılında binayı gördüğünde son cemaat yerinin ve kubbesinin yıkık olduğunu belirtmektedir. 1881 yılında binayı resmeden Texier’in gravüründe bu tahribatın görülmemesi, söz konusu yıkımın anılan bu iki tarih arasında gerçekleştiğini düşündürmektedir. Vakıflar Genel Müdürlüğü’nün binada gerçekleştirdiği ilk onarım 1978–79 yıllarında olmuştur. Kısmî müdahaleler şeklinde gerçekleştirilen onarımların ikincisi 1990–1991 yıllarında, son onarım ise 2004–2007 yılları arasında gerçekleştirilmiş ve bu onarımlar genellikle kubbedeki tahribatın giderilmesine yöneliktir.

Doğu-batı doğrultusunda uzanan bina, sekizgen bir kasnağa oturan kubbeli bir harim ve üç gözlü son cemaat yerinden oluşmaktadır. Bölgeye özgü kırmızı bazalt taşından inşa edilen yapıda, yer yer antik harabeden alınan devşirme malzeme de kullanılmıştır. Pencereler genellikle dar mazgal biçimlidir. Yan kenarları kapalı olan son cemaat yeri üç kemer gözünden ibaret olup ortadaki sivri beşik tonoz, yanlardakiler ise kırlangıç biçimli kubbelerle örtülüdür. Kapının söve ve lentoları beyaz mermerden devşirme malzemedendir. İçbükey profilli devşirme lentonun üzerinde Grek harflerle bir yazıt bulunmaktadır. Harimin iç duvarlarında bir kısmı günümüze ulaşabilen grafitti ve kalem işi gemi tasvirleri vardır. Buradaki gemi tasvirlerinin XIII. yüzyıl tiplerine benzerliği dikkate alınırsa bu tarihlerde yapıya eklendiği akla gelmektedir.

Hüdavendigâr Camii, bölgedeki Erken Osmanlı camilerinin tek kubbeli son cemaat mahalli plan tipini yansıtmaktadır. Bugün aslî durumlarını kısmen koruyabilseler de Ezine Kemallı Camii ve Lapseki Umurbey Camii ile birlikte Tuzla Camii ve Behramkale’deki Hüdavendigâr Camii Erken Osmanlı cami tipini açıkça ortaya koymaktadır. Behramkale Hüdavendigâr Camii, -tıpkı Tuzla’daki Hüdavendigâr yapı topluluğu gibi- yakınındaki köprü ile birlikte, bölgenin fetih sonrası Türk iskânına ait mimarlık faaliyetlerindendir. Nitekim Tuzla’nın dışında Ezine Kemallı ve Lapseki Umur Bey Camii’nde de bu erken dönem mimarlık ürünlerinin izlerine rastlanmaktadır. Bu camilerin çevresindeki köprü veya hamam gibi gelir sağlayan ve aynı vakıf çatısı altında birleştirilen yapı toplulukları şeklinde inşa edildiği tespit edilmiştir. Bu mimarlık faaliyetlerinin bölgeye yeni yerleşen Türkmenlerin dini ihtiyaçlarını karşılamanın dışında, yeni yerleşimin merkezini teşkil eden en önemli sosyal buluşma yeri şeklinde bir fonksiyon taşıdığı da anlaşılmaktadır.