Ayvalık ilçesinin Alibey Adası mevkiinde, Taksiyarhis Kilisesi’nin yenilenmesiyle oluşturuldu. Kilise, Alibey Adası Rum Ortodoks (Moschonese) cemaati tarafından 1873 yılında, eski temelleri üzerine Anakent (Metropol) Kilisesi olarak inşa edilmiş olup, Taksiyarhis’e, yani Cebrail ve Mikhail’e atfedilmiştir. Mübadele’den sonra bir süre cami olarak kullanılan yapı, 1944 depreminde zarar gördü. 02. 05. 2011 tarihli Vakıflar Meclisi kararı ile müze haline getirilmek üzere, Rahmi M. Koç Müzecilik ve Kültür Vakfı’na tahsis edildi ve 31. 05. 2014 tarihinde Ayvalık Rahmi M. Koç Müzesi olarak ziyarete açıldı. Müze, İstanbul ve Ankara’daki Rahmi M. Koç müzelerine paralel olarak hazırlanmış geniş bir koleksiyondan oluşmaktadır. Sergilemede, teneke oyuncaklardan buharlı modellere, bebek arabalarından zaman ölçüm aletlerine olmak üzere geniş bir yelpazeye yer verilmektedir.

Yapılan yenileme çalışması kapsamında, yapının beden duvarları karbon fiber malzeme ile sağlamlaştırılıp, içeride bulunan alçı süslemeler ve sütun başlıkları, orijinal kalıpları çıkarılarak yenilendi. Mermer taklidi süslemeler içeren sütunlar ve tüm dini freskler elden geçirildi. Müze, kıyı Ege ve adalar mimarisinin özelliklerini yansıtan, taş malzemeli kapı ve pencere açıklıkları, yöreye özgü yapı elemanı olan ve sarımsak taşı ocaklarından çıkarılan sarımsaklı taşı malzemesiyle yenilenerek, pencere içlerindeki renkli camlar aslına uygun hale getirildi.

Taksiyarhis Kilisesi, kaynağını Orta Bizans döneminden alan Kapalı Yunan Haçı Planlıdır. Bazilika tipindeki dikdörtgen planlı yapı, Neo Klasik mimari üsluptadır. Cephesini süsleyen üçgen alınlık, sarımsak taşından yapılmış arşitavı taşıyan iyon başlıklı iki sütun ve iki pilaster ve kemerli pencereler, bu üslubu yansıtır. Yağma tekniği ile örülmüş duvarlarda ve sövelerde, sarımsak taşı kullanılmıştır. Naosu (merkez yapı) kuzey ve güney olmak üzere iki nefe ayıran taşıyıcı sütunlar tuğladan yapılmış, kireç harçlı sıva ve alçı ile kaplanmıştır. Kilisenin batısında narteks (giriş) bölümü yer alır. Doğusunda bulunan iki nef ve bema, Geç Bizans döneminin kilise mimarisini andıran dışarıya taşkın üç apsis ile son bulur. Bemanın apsisi daha büyük, yan apsisler daha küçüktür. Nefler ve bema tonozlarla örtülmüş ve üç yarım kubbeyle bitirilmiştir. Galeri, kadınlar bölümü (Gynaikeion)olarak yapılmıştır. İç mekan, kireç harçlı sıva ve alçı ile kaplanmış, dini figür tasvirleri, bitkisel ve geometrik motiflerle bezenmiştir.