Malatya kent merkezinde Atatürk Anıtı’nın karşısında bulunmaktadır. Daha önceden Halkevi ve halk eğitim binası olarak kullanılan yapı yeniden düzenlenerek Kültür ve Turizm Bakanlığı Kültür Varlıkları ve Müzeler Genel Müdürlüğü’nün oluruyla 1981 yılında müze olarak ziyarete açıldı. Müze binası, esasında XIX. yüzyıla ait dışı kesme taştan örülü, oda bölmeleri ve tavanın kagir olduğu eski bir Osmanlı yapısıdır. Yapının kapı ve pencereleri aslına uygun olması amacıyla ahşap ve ahşap iskeletli cam olarak düzenlendi. Müze giriş kapısının olduğu hizada, yapının üst kısmına Atatürk’ün portre başı yerleştirildi. Müze binasında Kasım 2018 tarihinde restorasyon çalışması yapıldı.

Müzenin esas kuruluş sebebi Atatürk’ün 1931’de Malatya-Adana demiryolunun ve 1937 yılında ise Malatya-Sivas demiryolunun tamamlanması sebebiyle Malatya’yı ziyaret etmesi ve bu ziyaretlerinde mevcut müze binası olan evde konaklamış olmasıdır. Büyük bir salon ile altı oda ve konferans salonu bulunan müzenin teşhirini, Malatya’ya geldiği zamanlarda Atatürk’ün kullandığı eşyalar ve belgelerin yanı sıra fotoğraflar oluşturmaktadır. Müzede, Atatürk’ün kitaplığı, Malatya ziyareti sırasında çekilmiş fotoğrafları ile Kurtuluş Savaşı ve Cumhuriyet dönemi fotoğrafları yer almaktadır. Ayrıca Atatürk’ün Malatya’ya geldiği zaman kullandığı eşyaların sergilendiği bir başka teşhir odası da bulunmaktadır. Müzenin bir diğer önemli teşhirini Atatürk’ün el yazısıyla Türkleri anlattığı iki sayfalık metin oluşturmaktadır. Müzenin etnografya kısmını oluşturan eserler arasında kılıçlar, tüfekler, bastonlar, tespihler, bıçaklar ve köstekli saatler ile Atatürk ve Kurtuluş Savaşı konularında dokunmuş halılar yer almaktadır. Müzede Atatürk’ün Malatya ziyaretinde bulunduğu zamanın gazete haberleri de cam panolarda sergilenmektedir.