Yurt gezilerine çok önem veren Atatürk, İstanbul'dan Bursa'ya gitmek üzere 21 Ağustos 1929 tarihinde Ertuğrul yatıyla Dolmabahçe açıklarından hareket etti. Marmara Denizi’ndeki kısa bir gezintiden sonra Yalova iskelesine yaklaşırken, güverteden manzarayı seyreden Atatürk’ün dikkatini sahildeki ulu çınar çekti. Atatürk’ün emriyle yat durduruldu. Tekneyle karaya çıkan Atatürk ulu çınarın gölgesinde bir süre dinlendikten sonra buraya bir köşk yapılması talimatını verdi. Atatürk’ün talimatı üzerine yapımına başlanan ahşap iki katlı bu ev 22 günde yapılarak 12 Eylül 1929’da tamamlandı. Bu köşkün tanınmasına sebep olan asıl olay, köşkün bulunduğu yerden 4.80 metre doğuya kaydırılmasıdır.

Tam bir yıl sonra 1930 yılının yaz aylarında Atatürk Millet Çiftliği’ndeki köşkünü ziyaret etti. Köşkün yanındaki çınar ağacının dallarını kesmeye çalışan bir bahçıvan ile karşılaştı. Bahçıvanın bilgilendirmesi ile ağacın dallarının binanın çatısına ve duvarına dayandığını öğrenen Atatürk o meşhur emrini verdi: “Dal kesilmeyecek Köşk kaydırılacak! ”

Atatürk’ün emri ile birlikte 8 Ağustos 1930 tarihinde İstanbul Fen İşleri Yollar ve Köprüler Şubesinden gelen mühendis ve mimarlar tarafından yürütülen çalışma ile köşkün etrafı temel seviyesine kadar kazılır ve temelin altına tramvay rayları yerleştirildi. İlk olarak köşkün teras bölümü bir günde kaydırılır, iki gün içinde de ana binanın raylar üzerinde yürütülmesi işlemi tamamlandı ve bina 4.80 metre kadar doğuya kaydırıldı. Böylece ağaç dalı kesilmekten ve köşk de yıkılmaktan kurtulur. Çevre bilinçlenmesi konusunda bir ilk teşkil eden bu olaydan sonra yapının adı “Yürüyen Köşk” olarak kaldı. Mustafa Kemal Atatürk, Türkiye’nin siyasi ve toplumsal tarihine yön verecek önemli kararları dönemin Türk ve yabancı devlet adamlarını burada misafir ederek almıştır. Atatürk köşkü 1930-1937 yılları arasında aralıklarla ziyaret etmiştir.

Gazi Mustafa Kemal Atatürk’ün Cumhuriyet döneminde Yalova’ya özel bir ilgi gösterdiği ve Yalova’yı sıkça ziyaret ettiği bilinmektedir. Bir defasında 21. 08. 1929’da Bursa ziyaretine giderken Ertuğrul Yatı’yla Yalova’ya uğradığı; iskelenin yanında bulunan Millet Çiftliği’ndeki ulu bir çınarın dikkatini çektiği ve çınardan çok etkilendiği, dahası karaya çıkarak çınarın gölgesinde bir süre dinlendiği ve bu olaydan sonra çınarın yakınına bir köşk yapılmasını istediği rivayet edilir. Yalova sahilinde bulunan köşkün yapımına 1929 yılının Ağustos ayında başlandı ve kısa sürede 12. 09. 1929’da tamamlandı.

Yapının Yürüyen Köşk olarak adlandırılmasına neden olan olay ise 1930 yazında yaşanır. Rivayete göre köşkün çatısına ve duvarlarına vuran çınar ağacının dalları kesilmek üzereyken Mustafa Kemal görür ve ağacın dallarının kesilmesini istemez. Dalların kesilmesine gönlü razı olmaz ve bahçıvanı yanına çağırarak binanın raylar üzerinde kaydırılması emrini verir. Köşk’ün kaydırılması görevi İstanbul Belediyesi’nde Fen işleri Müdürü olan Yusuf Ziya Erdem’e verilir. 08. 08. 1930’da köşkün çevresi temele kadar kazılır, daha sonra temelin altına yerleştirilen ray sistemiyle köşk dört metre 80 santimetre kadar sağa kaydırıldı. Böylece çınar ağacı kesilmekten kurtulur.

Yürüyen Köşk, Atatürk Bahçe Kültürleri Merkez Araştırma Enstitüsü içerisinde yer almaktadır. İki katlı olan köşk dörtgen şeklinde bir plana sahiptir. Ahşap bir yapı olarak inşa edilmiştir. Pencereleri kepenkli ve katlanır kapaklıdır. Çatısı ise kiremitlerle örtülü oturtma çatı biçimindedir. Köşkün giriş katının zemin döşemelerinde kara mozaik ve mermer; üst katın zemininde ise ahşap kullanılmıştır. Giriş kapısı doğuda bulunan köşkün giriş katında Mustafa Kemal’in konakladığı zamanlarda çay ve kahve hazırlamak için kullanılan küçük bir bölüm, tuvalet ile duş, küçük bir oda bulunmaktadır. Ayrıca deniz tarafında üç tarafı camla çevrili ve toplantılar için kullanılan bir salon yer almaktadır. Bu salonun devamındaki açık alan ise sütunlarla çevrili olup; zemini mermer kaplıdır. Deniz kenarında bir iskele bulunmaktadır. İskele ahşaptan yapılmıştır ve uzunluğu 30 metredir. Köşke girdikten sonra sağ taraftan ahşap merdivenlerle üst kata çıkılmaktadır. İkinci katta küçük bir sofaya açılan dinlenme odası, bir yatak odası, tuvalet ile banyo ve teras bulunmaktadır. Atatürk istemediği için köşke bir mutfak yapılmadığı bilinmektedir.

Köşkün kaydırılması Mustafa Kemal’in 1930’lu yıllarda doğaya ve çevreye ne derece önem verdiğini temsil etmesi bakımından önemlidir. Bu olay aynı zamanda köşkün ve kentin bilinirliğini arttırmıştır. Ancak Mustafa Kemal vefat ettikten sonra köşkün ünü azalmıştır. 12.07.1980 tarihinde Kültür Bakanlığı Gayrimenkul Eski Eserler Anıtlar Yüksek Kurulu tarafından koruma altına alındı ve Atatürk Köşkü olarak tescil edildi. Uzun süre ilgisiz kalan köşk 2006’da Yalova Belediyesi tarafından restore edilerek müze olarak ziyarete açıldı ve eski ününe kavuştu. Tarihi öneminin yanı sıra köşkte Atatürk’ün kullandığı fincan, gramofon, nevresim, mobilya ve benzeri özel eşyalar da sergilenmektedir.

Yalova merkeze beş dakika mesafede olan tarihi köşke özel araçla Yalova Adliyesi’nin yan tarafından girilerek ulaşılabilir. Yaya olarak ise Araştırma Sahili Plajı yürüyüş yolu kullanılarak gidilebilir.