Yozgat kent merkezinde yer almaktadır. Müze olarak kullanılan yapı (Nizamoğlu Konağı) 1871’de yapıldı ve 1975 yılında Gayri Menkul Eski Eserler Yüksek Kurulu tarafından korunması gerekli eski eserler kapsamına alınarak restore edildi. Restorasyondan sonra 1985 yılında Yozgat Etnografya Müzesi olarak faaliyetini sürdürdü ve 2008 yılına kadar bu özelliğini korudu. Fakat günümüzde, bölgede yürütülen yüzey araştırmaları sonucunda ortaya çıkarılan arkeolojik eserlerin sergilenmesi ile arkeoloji ve etnografya müzesi olarak anılmaktadır.

Müze iki bölümden oluşmaktadır. Zemin katında arkeolojik eserler sergilenmekte iken üst katında ise etnografik eserler sergilenmektedir. Arkeolojik eserler bölümü dört odadan oluşmakta iken etnografik eserler bölümü ise hol, mutfak, İslami eserler salonu, birinci başoda, ikinci başoda, silahlar salonu ve gelin odası olmak üzere toplamda yedi kısımdan oluşmaktadır. Toplamda 1.370 arkeolojik eser, 2.731 etnografik eser ve 2.713 sikke müzede bulunmaktadır.

Arkeolojik eserler kısmının girişteki sağ odalarında Çadırhöyük, Cemallı Höyük, Alişar Höyük ve Mercimektepe Höyük ile Kerkenes Dağı antik kentinde ortaya çıkarılan eserler sergilenmektedir. Bu odaların ilkinde, seramik örneklerinden kaplar (fincan, maşrapa, gaga ağzı testi gibi), taş ağırşaklar ve pişmiş topraktan yapılmış heykelcikler, hediyeleriyle beraber gömülen bir kadına ait kemikler ve Roma döneminden kalma cam buluntular bulunmakta iken ikincisinde Kerkenes Dağı antik kentinde bulunan (Demir Çağı) eserler sergilenmektedir. Sol odalarda ise, lahitler ve Demeter heykeli ile Hititler döneminden kalma Yozgat’taki kazılardan elde edilen küçük kitabeler sergilenmektedir. Lahitler pişmiş topraktan yapılmıştır. Bu kısımda sergilenen en önemli eser, Lahitler odasında sergilenen Demeter heykelidir. Çünkü Anadolu’da ölçü ve yükseklik bakımından yapılmış ilk pişmiş toprak heykeldir.

Müzenin etnografik kısmında ise, Osmanlı’nın geç dönemi ve Cumhuriyetin ilk yıllarını yansıtan kültürel unsurları barındıran etnografik öğeler yer almaktadır. Mutfak kısmında, sırlı kâseler, kahve yapımıyla ilgili araçlar (kahve kutuları, kahve soğutacağı gibi) ve dibek taşı gibi eserler yer almakta olup hemen yanında bulunan İslami eserler odasında şamdan, kandil, buhurdanlık, el yazmaları, şifa tası, derviş tacı, güneş saati, Kâbe örtüsü, Derviş sikkesi ve abdest takımı gibi eserler yer almaktadır.

Birinci başoda olarak geçen kısmın tavanında dini ve güncel olayları anlatan tasvirler bulunmaktadır. Bu tasvirler arasında Hz. Süleyman’ın adaletini anlatan sahne, Hz. İsa’nın siluetini ateş içinde gösteren silueti, şehir manzaraları, bazı hayvanlar (at ve keçi), Napolyon’un savaşları, Yozgat Yangını gibi olayları tasvir eden konular yer almaktadır. Ayrıca bu bölümde yastıklar, eski bir saat, gramofon, halı ve kilim gibi kültürel unsurlar da yer almaktadır. İkinci başodada da benzer şekilde tasvirler yer almakta olup Yozgat Lisesi’nden kalma (XIX. yüzyıl) eski bir org sergilenmektedir. Silahlar odasında, XVIII. ve XIX. yüzyılda kullanılmış subay kuluçkası, kamalar, hançerler, piştov ve ölçeği, kılıçlar, kamçı, çakmaklı tüfek, barutluk ve kumak kalıplar ile çeşitli malzemeler sergilenmektedir. Son olarak gelin odasında ise, yatak, dikiş makinesi, beşik, halı dokuma tezgâhı ve bindallı elbise sergilenmektedir. Salonda ise, fayton, Çapanoğlu sancağı, Tekke sancağı ve Hat levha ile Yozgat’ın bazı yerlerinde bulunan kitabeler yer almaktadır.