Aydın’ın Didim ilçesi Balat Köyü'nün yakınlarında bulunan Milet antik kenti sınırları içerisinde yer alıyor. Müze binası ilk olarak 1973 yılında hizmete açıldı. Ancak zaman içerisinde statik yapısındaki bozulmalardan dolayı, can ve mal güvenliği tehlikeye girdi ve 2000 yılında bakanlık oluru ile ziyarete kapatıldı. Eski müze binasının kapatılmasından sonra, yeni müze için çalışmalar başlatıldı ve 27. 05. 2011 yılında toplam 1.200 metrekarelik kullanım alanına sahip yeni müze binası ziyarete açıldı. Yeni müze binası bahçe teşhir alanı ve kapalı teşhir alanı olmak üzere iki ana bölümden oluşuyor olup, toplamda irili ufaklı 560 adet buluntuya ev sahipliği yapıyor. Bahçe teşhir alanında Milet antik kentinin şehir sembolleri olarak bilinen aslan heykelleri, mezar stelleri, lahitler, yazıtlar, çeşitli mimari elemanlar ile sütun başlıkları sergileniyor. Kapalı teşhir alanı ise müzenin idari binası içerisinde yer alıyor. Bu alan toplamda 600 metrekarelik bir alanı kaplamakta olup Milet antik kenti, Priene antik kenti ve Didim Apollon Tapınağı’ndan elde edilen buluntular sergileniyor. Milet kent seksiyonunda; Minos mutfağı, Minos ve Miken Kültürlerine ait seramik kaplar, Aphrodite Kutsal Alanı buluntuları, Helenistik ve Roma dönemlerine ait Kazartepe mezar buluntuları; Didim kent seksiyonunda, brankhid ve sfenksler, Didim kazısında ele geçen kaplar ve Apollon Tapınağı’na ait buluntular ile Milet antik kentinden başlayıp Apollon Tapınağı’na giden Kutsal Yol buluntuları; Priene kent seksiyonunda, Helenistik dönem küçük buluntuları ve Athena Tapınağı mimari parçaları, Orta salonda, İlyas Bey Külliyesi’ne ait kaplar, pişmiş toprak figürünler, bronz eserler, cam, takı ve sikke seksiyonu yer alıyor. Müze bahçesi ise açık teşhir olup, genelde büyük boyutlu mermer eserler, kitabeler, lahitler ve mimari parçalar sergileniyor.