Kitabesine göre II. Beyazid’in oğlu Şehzade Ahmet’in lalası Mehmet Paşa tarafından 1486 yılında yaptırılmıştır. Mehmet Paşa Camii ilk yapıldığında külliye şeklinde olup günümüze sadece cami ve döneminde fakirlere ve medrese talebelerine sıcak yiyecek dağıtmak amacıyla kurulan hayır müessesesi olarak ifade edilebilecek yan mekânları ulaşmıştır. Yanarak yok olduğu düşünülen şadırvan kenarında bulunması gereken medrese, imaret, türbe ve çeşmesi günümüzde bulunmamaktadır.

Cami ters “T” planlı olup asıl ibadethanesi kar biçimindedir ve sekizgen yüksek tavanlı bir kubbeyle örtülüdür. Caminin kuzey cephesinde yedi adet sekizgen biçimli sütunun altı bölüme ayırdığı bir son cemaat yeri bulunmaktadır. Cami sütunları kımızı renkte işlenen mermer kemerlerle birbirine bağlıdır ve her bölüm bir kubbeyle örtülüdür. Tek şerefeli minaresi sağdan üçüncü kubbe önünde yükselen camiye üzerinde yapım kitabesi bulunan yay kemerli kapıdan girilmektedir. Soldan üçüncü kubbe bölümünde yer alan caminin giriş kapısı ağaç oymacığının en güzel örneklerinden biri olup günümüzde Amasya Müzesi’nde sergilenmektedir. Cami sade bir mimariye sahip olmasına rağmen, minberi mermer işçiliği ile sanatsal olarak ön plana çıkıyor. Caminin mermer minberi dal ve yaprak motifleri ile süslendiğinden dolayı Türk mermer işçiliğinin nadir örneklerinden biridir.

Batı yönünde bulunan yan kapı üzerindeki kitabeye göre Mahmud Beyzade Mehmet Bey tarafından 1863-1864 yıllarında bir onarım yapıldığını gösterirken doğu yönünde ikinci yan kapı üzerinde ise 15. 05. 1821 tarihinde başka bir tamiratın yapıldığı anlaşılmaktadır. Bunun dışında 1939 yılında depremde harap olan cami ve türbe Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından onarımdan geçirilmiştir. Cami Yeşilırmak yakınında Mehmet Paşa Mahallesi’nde Pirinççi Caddesi üzerinde bulunuyor. Şehir merkezinde yer alan Mustafa Bey Hamamı yanında bulunmaktadır. Tur amaçlı gelen araçlar için ayrılan park yerine yakın olmasından dolayı da tur araçları ile gelenlerin Amasya’da yoğun ziyaret ettikleri tarihi eserlerden biridir.