1944 yılında Samsun yakınlarında önceden belirlenen Dündar Tepe’de kazı yaparak farklı arkeolojik kalıntılar saptamaya çalışan arkeologlar tarafından keşfedilmiştir. Doğaçlama bir şekilde keşfedilen İkiztepe Höyüğü’nün bugünkü konumu Samsun’un 55 kilometre Bafra’nın yedi kilometrelik kuzeydoğusunda kazı alanıyla aynı adı taşıyan İkiztepe Köyü’nün sınırları içerisinde bulunmaktadır. İkiztepe Höyüğü’nün tesadüfi bir şekilde keşfedilmesinin ardından yapılan jeolojik araştırmalar bu höyüğün Bafra Ovası oluşmadan önceki zamanlarda Kızılırmak Nehri’nin Karadeniz’e dökülen noktada olduğunu ortaya çıkarmıştır.

1944 yılında keşfedilmesinin ardından höyük ile ilgili ilk sistemli kazılar 1974 yılında Türk Tarihi Kurumu'nun adına merhum Prof. Dr. Bahar Alkım tarafından başlatılmıştır. Bu höyüğe iki tepeden oluşmuşçasına bir isim verilmesine rağmen höyüğün bulunduğu yerleşme alanı iki büyük ikide küçük olmak üzere dört tepeden oluşmaktadır. Yazılı kaynaklarda yer alan bilgilere göre 175x375 ebadında 66 dönümlük bir alana yayılan farklı büyüklükteki bu tepelerin farklı kültür katlarına sahip olduğu belirtilmektedir. Keşfedildiği günden bugüne kadar yapılan yüzey araştırmalarında bulunan kazılar rakamlarla anlatılırsa bu sayılar 57 höyük tipi, 48 tümülüsü, 25 antik çağ ve hemen sonrasına ait kalıntı, altı düz yerleşim yeri, beş kaya mezarı, üç mezarlık, bir kale, bir hamam, bir köprü şeklindedir.

Geç Kalkolitik Çağ’da yerleşim yeri olarak kullanıldığı tespit edilen İkiztepe Höyüğü’nde ilk Tunç Çağı döneminde de yerleşimin kesintisiz olarak devam ettiğini gösteren bulgulara ulaşılmıştır. Bu yerleşimin arkeolojik kazılar sonucunda Orta Anadolu’da Eski Hitit Devleti’nin kuruluşuna kadar sürdüğü ortaya çıkartılmıştır. Bununla birlikte ortaya çıkan bazı buluntular da yerleşimin geç tarihlerde de kullanıldığına işaret etmektedir. Burada yapılan kazıların detaylı bir şekilde incelenmesi bahsedilen dönemlerdeki gündelik yaşayış tarzıyla ilgili birçok ipucunu içerisinde barındırmaktadır. Örneğin, yerleşim alanının erken dönem dini inanışlarına ışık tutan İlk Tunç Çağı'na tarihlenen çoğu kadın figürlü pişmiş toprak idoller höyüğün önemli buluntuları arasında yer almaktadır. Ana Tanrıça geleneğine işaret eden idoller, ağırşaklar, çanak çömlekler, amphoralar, bilezik, küpe ve kolye gibi takılar, baltalar, cam eserler İkiztepe Höyüğü’ne ait diğer önemli kalıntılar arasındadır.

Höyük ile ilgili bir diğer önemli ayrıntı buranın İlk Tunç Çağı'nın üçüncü zamanında (MÖ 2300-2100) mezarlık olarak kullanılması ve eski Anadolu’da bulunan mezarlıkların en büyüğü olarak görülen dönemin bu mezarlığında 623 adet mezarın tespit edilmesidir. Mezarlıklardan çıkarılan toplam 690 iskelet üzerinde yapılan antropolojik araştırmalar bize kalıntıların ölüm yaşları ve cinsiyetleriyle ilgili detaylı bilgi sunmaktadır. Bulunan iskeletlerden sekizinde bilinçli beyin ameliyatları yapıldığına dair izlerin kafataslarında görülmesi de günümüzün en dikkat çekici olayları arasında görülmektedir. Bahsedilen eserler ile birlikte höyükte ele geçen diğer eserlerle günümüzde Bafra Müzesi ve Samsun Müzesi koleksiyonlarında yer almaktadır.