Amasya’da Orta Karadeniz ve Yeşilırmak Havzası adıyla nitelendirilen bölgenin ortasında yer almaktadır. Arkeolojik bulgular sonucu elde edilen bilgiler ışığında tarihi, günümüzden yaklaşık 3500 yıl öncesine kadar uzanmaktadır. Son yıllarda yapılan arkeolojik araştırmalar artmaktadır. Yapılan bu araştırmalar neticesinde Amasya’da ilk yerleşimlerin, Kızlar Sarayı Mevkii ve güneyinde bulunan teraslarda kurulmuş olabileceği ortaya çıkmıştır. Günümüzde bir kısmı Harşena Kalesi ile bir kısmı da Yeşilırmak’ın iki kıyısında bulunan eski yerleşimlerin kentleşme sürecinin ne zaman başladığı henüz tespit edilememiştir.

Amasya silüetinde uygarlıklarına dair izler bırakan Pontuslar (MÖ 333 – MÖ 26) kralları öldükten sonra kayaları oyarak Kral Kaya Mezarları’nı yaptılar. MÖ 26 – MS 395 tarihleri arasında Roma’nın egemenliği altına giren il ve çevresinde Ponstus uygarlığından kalma su kanalları, kaleler, köprüler vb. eserlerden bazıları günümüze kadar ulaşabilmiştir. Harşena Dağı'nın üzerine inşa edilen Harşena Kalesi, konumu bakımından şehrin savunmasında en doğru yerde konumlanmıştır. İnşa dönemi Erken Tunç Çağı’na (MÖ 3200) tarihlenmektedir. Kalenin iç duvarlarında kesme taş, surlarında moloz taş kullanılmıştır. Savunma kademesi sekiz adettir. Konumlandığı dağın güney eteklerinde kalker kayalara oyma şeklinde yapılan Kral Kaya Mezarları bulunmaktadır. Günümüzde Kral Kaya Mezarları ve Kızlar Sarayı örenyeri olarak bilinmektedir. Helenistik ve Roma dönemlerinden günümüze kadar da bu özelliğini devam ettirmiştir.

Harşena Kalesi’nin geçmişteki görkemli tarihini ve tarihi kalıntılarını ortaya çıkarmak için 2009 yılında başlanan Harşena Kalesi ve Amasya Kızlar Sarayı uzun soluklu bilimsel arkeolojik kazılarına İstanbul Üniversitesi Sanat Tarihi Bölümü öğretim üyelerinden Doç. Dr. Emine Naza Dönmez'in başkanlığında devam edilmektedir. Sistematik olarak gerçekleştirilen arkeolojik kazılar neticesinde Selçuklu dönemi, Osmanlı dönemi ve Amasya’nın Öntarihi hakkında bilgi veren yeni ve dikkate değer bulgulara ulaşılmıştır. Harşena Kalesi ve Kızlar Sarayı Mevkii’nde gerçekleştirilen kazılar esnasında ele geçen bazı bulgular, Osmanlı dönemine ait olmayan bir katmanlaşma içinde bulunmasına rağmen, Amasya’nın şehirleşmeden önceki yerleşimine ışık tutmaktadır.

Kazılarda bitkisel ve geometrik motiflerle bezenmiş boya bezekli çanak-çömlek parçaları ile İskit tipi mahmuzlu tunç ok uçları ele geçirilmiştir. Bu buluntular, Kızlar Sarayı Mevkii’nde politik açıdan Akhaimenid (Pers) egemenliğinin, geleneksel açıdan da Phryg kültürü etkisinin hakim olduğu bir yerleşimin varlığını kanıtlamaktadır.

Kızlar Sarayı’nda Müze Müdürü Celal Özdemir, 2008 yılında bir kurtarma kazısı gerçekleştirmiştir. Kızlar Sarayı Mevkii’nin Yeşilırmak’a ulaşan terasları üzerinde bulunan gecekonduların yıkılarak kaldırılması sonucunda o alanda fisto motifi bezekli boyalı bir testi parçası bulmuştur. Bu buluntu Demir Çağı yerleşmesinin nehre doğru uzandığının arkeolojik bir kanıtıdır. Aynı zamanda bahse konu olan terasların erken yerleşmelere ev sahipliği yaptığı kültür dolgularını da barındırdığına işaret etmektedir. MÖ III. yüzyılda Pontus krallığının kurulması ile birlikte inşa sürecinin başladığı ve Strabon’un ifade ettiği üzere krallara ait olduğu anlaşılan Kral Kaya Mezarları adıyla ünlenen anıt mezarlar ve sağlam surlarla çevrelenen Kızlar Sarayı Mevkii ile Yeşilırmak’a kadar uzanan yamaçlarının kademeli olması ve yumuşak topografyası, jeostratejik konumu ve savunma açısından uygun yerde konumlanması bu alanın erken yerleşimde tercih edilme nedenleridir. Ayrıca Amasya Müzesi tarafından Kızlar Sarayı Mevkii’nde gerçekleştirilen kazılarda bulunan bir pişmiş toprak riton (hayvan başı ya da gövdesi biçiminde yapılmış antik kap) parçası dikkat çekicidir.

Harşena Kalesi’nde, Strabon’un da belirttiği üzere, kayalara oyulmak suretiyle yapılan derin su sarnıçları mevcuttur. Teknik açıdan kaya tüneli tekniğinde basamaklı bir şekilde oyulan bu sarnıçlardan Cilanbolu ve Zindan adlarıyla bilinen iki tanesi son yıllarda Amasya Müzesi tarafından gerçekleştirilen çalışmalar ile temizlenmiştir. Cilanbolu Sarnıcı Yukarı Kale’de konumlanmaktadır. Zindan Sarnıcı ise Kızlar Sarayı mevkiinin kuzeybatısında bulunan dik yamaç üzerindedir. Kızlar Sarayı mevkii’nde bulunan beş adet anıt mezar, Hellenistik dönemde Kuzey-Orta Anadolu’da o güne dek hüküm süren önemli bir krallığın başkentini en uygun şekliyle temsil eden bir görünüm arz etmektedir.

Amasya Harşena Kalesi’nde 2009 yılında gerçekleştirilen Arkeolojik kazılarda henüz toprağın altında bulunan bina temellerini belirlenmek amacıyla jeofizik (manyetik) teknik kullanılmıştır. Bu çalışmalar neticesinde, Osmanlı öncesi ve Osmanlı dönemine tarihlendirilebilen iki farklı kültür evresine ait izler taşıyan mimari tabakalar ve küçük buluntular saptanmıştır. Ele geçen mimari veriler arasında, arazinin yapısına uygun bir şekilde gelişen, taraçalandırma tekniğine uygun olarak inşa edilen dört farklı mimari döneme ait tabaka tespit edilmiştir.