Cami, medrese ve türbeden oluşan bir külliyedir. Duvarları kesme taşlardan yapılan yapının sekizgen biçimli türbe kasnağında yer alan mavi sırlı çinilerden dolayı Gök Medrese adını aldığı kabul edilmektedir. Vakfiyesinde Gök Medrese olarak adlandırılan ve zamanında hem medrese hem de cami olarak kullanılan yapı kuzeydoğusunda yer alan türbeyle birlikte kompleks bir yapıdadır. Dışa kapalı, kalın masif kesme taş duvarlarından dolayı Selçuklu mimarisinin bütün özelliklerini taşımaktadır. Türbe dışında bir bütün olarak yer alan yapının planı düzgün bir dikdörtgen şeklindedir.

Gök Medrese Camii, ll. Gıyaseddin Keyhusrev zamanında Amasya Valiliği’ne getirilen ve halen binadan bir sokakla ayrılan kendi yaptırdığı 1278-79 tarihli türbede yatan Seyfeddin Tarumtay olduğu bilinmektedir. Yapılış tarihi tam olarak tespit edilememesine rağmen 1267 yılında yaptırıldığı düşünülmektedir. Selçuklu yapılarında olduğu gibi dış dünyaya kapalılığının esas alındığı yapıda tipik Selçuklu süslemesi görülmektedir. Selçuk ahşap işçiliğinin güzel bir örneği olan cami kapı kanatları Amasya Müzesi’nde sergilenmektedir.

Gök Medrese Türbesi, caminin kuzeydoğu duvarına bitişik olan türbede kimlerin yattığı tam olarak bilinmemektedir. Mimari yapısı ve yer alan süslemeleri ile Selçuklu sanatının güzel örneklerinden biri olan türbe kare bir plan üzerinde sekizgen biçimindedir. Mimari yapısına bakıldığında taştan kare bir kaide üstüne yerleştirilen küp şeklindeki kesme taş türbenin üzerine ikinci bir kat gibi yükselen tuğla ile örülüdür. Türbede görülen en önemli özellik, tuğla üstyapıda (kasnakta) yoğunlaşan sırlı tuğla ve çini süslemelerdir. Gök Medrese Camii ve Türbesi, kendi ismiyle anılan Gök Medrese Mahallesi, Mustafa Kemal Paşa Caddesi üzerinde yer almaktadır. Amasya Müzesine 300 metre yakınlıkta yer alan Gök Medrese kolaylıkla ziyaret edilebilecek konumdadır.