XIII. yüzyıl Kırşehir coğrafyasının önemli kişilerinden birisi de Bahaeddin Caca oğlu Nureddin Cibril ya da nam-ı diğer Cacabey’dir. Ceceli ismiyle bilinen ve İlhanlı soyundan geldiği düşünülen bir aşiret beyinin oğlu olarak dünyaya gelmiştir. 1261 yılında çıkan bir isyanı bastırmasıyla vezir Muineddin Pervâne’nin teveccühünü kazanan Cacabey, Kırşehir emirliğine atandı ve vezirin yakın dostluğu sayesinde dönemin önemli isimleri arasına girmiştir. Cacabey hayır amaçlı pek çok eserin yaptırılmasını sağlamıştır. Bu eserlerden biri de kendi adıyla anılan ve Kırşehir’de bulunan Cacabey Medresesi’dir. Cümle kapısının üstündeki Selçuklu sülüsü ile iki satır halinde yazılan kitabesine göre medrese, 3. Keyhusrev zamanında 1272-73 yılında yaptırılmıştır.

Cacabey Medresesi’nin 1271-72 tarihli vakfiyesine göre yapı, bir külliye niteliğinde olup ana medrese yapısı yanında hankah, menzilhane, mektep ve zaviye yapılarından oluşmaktadır. Bu külliyeden geriye bugün sadece medrese yapısı ve türbe ayakta kalmıştır. Cacabey’in türbesi, giriş kapısının hemen solunda, yapıya bitişik olarak, kümbet şeklinde inşa edilmiştir. Türbeye medresenin içindeki soldaki eyvandan altı basamaklı bir merdivenle çıkılmaktadır. Kabartma bir süsleme ile çerçevelenen bir kapı, ortasında Cacabey’in sandukasının bulunduğu türbenin içine geçit vermektedir.

Medrese; tepesi açık kubbeli, doğu, güney, batı ve ortada bulunan ve bir avlu niteliğinde olan ana eyvanla birlikte dört eyvanlı bir tarza sahiptir. Bu özellik, medreseyi benzerlerinden ayırıyor. Medresenin girişi, taç kapı olarak adlandırılan Selçuklu tarzındadır. Taç kapının en üstünde yer alan kitabeden başka giriş kemeri üstünde bulunan tek satırlık kitabede besmele ve Nahl suresinin 90. ayetinin baş kısmı yer almaktadır. Bunun altındaki diğer kitabede ise Al-i İmran suresinin 18. ve 19. ayetleri yazılıdır. Medresenin taç kapısından beşik tonozlu bir aralığa geçilerek büyük bir kenarın altından ana meydana, hemen sağından ise bitiminde merdivenlerin başladığı geniş bir aralığa geçilmektedir. Yukarıda medresede ders veren hocalar tarafından kullanıldığı tahmin edilen biri büyük biri küçük iki oda bulunmaktadır. Ana eyvanın sağında dördü küçük, biri orta büyüklükte olmak üzere beş; solundaysa ikisi küçük, biri daha büyük üç oda bulunmaktadır. Bu odalarda da öğrencilerin kaldıkları tahmin edilmektedir.

Yapının tam ortasında bugün üstü camekânla örtülü bir kubbe bulunmaktadır. Medresenin astronomi ilmiyle uğraşılan bir yer olduğu iddialarını araştırmak amacıyla 1947 yılında burada kazı yapıldı ve bir kuyu bulunmuştur. Günümüzde mermer bir havuzla çevrelenen bu kuyunun bir rasat kuyusu olabileceği; benzer şekilde, medresenin güneydoğusunda, ana yapıdan bağımsız olan ve bugün minare olarak kullanılan kulenin de bir rasat kulesi olabileceği ileri sürülmektedir. Ancak medresenin vakfiyesinde ve kitabesinde bu iddiayı doğrulayacak herhangi bir işaretin bulunmadığı bilinmektedir. Bu iddiaları doğuran öğeler de Selçuklu mimarisinde ve benzeri şekilde yapılan birçok Ortaçağ anıtında bulunmaktadır.

XIX. yüzyılda harap bir halde olduğu tahmin edilen yapının mühimmat deposu olarak kullanılmakta olduğu biliniyor. XX. yüzyılın başında tamiri yapılan medresenin bir kısmı cami olarak kullanılmıştır. Cumhuriyet döneminde tarihi eser, miras olarak koruma çalışmaları sürdürülen yapı 1960 yılında Ali Saim Ülgen yürütücülüğünde kapsamlı bir restorasyondan geçmiştir. 1991 yılında kültür varlığı olarak tescili yapılan medrese için daha sonraki yıllarda da çeşitli onarım ve restorasyon çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Yapı için 2019 yılında yeniden restorasyon kararı alınmıştır.

Cacabey Medresesi, 2014 yılında Anadolu Selçuklu Medreseleri başlığı altında UNESCO Dünya Miras Geçici Listesi’ne dahil edilmiştir.

Kırşehir il merkezinde yer alan medrese, günümüzde cami olarak kullanılmaktadır. Düz süslemeler arasına yerleştirilen firuze rengi çinileri nedeniyle halk arasında “Cıncıklı Cami” olarak bilinmektedir. Cümle kapısı üzerindeki Selçuklu sülüsüyle yazılmış iki satırlık kitabeye göre, Kılıçarslan’ın oğlu III. Keyhüsrev zamanında H. 671 (1272–1273) yılında Nûreddin Cebrâil (Cibrîl) bin Caca tarafından yaptırılmıştır.

Anadolu Selçuklu süsleme sanatının en seçkin örneklerinden biri olan, ustanın adeta estetik anlayışını ve birikimini yansıttığı çift renkli taçkapı, yapının öne çıkan unsurları arasında yer almaktadır. Taçkapı üzerindeki bazı bezeme unsurları günümüzde çeşitli yorum ve tartışmalara konu olmuştur. Özellikle girişteki sütuncelerin başlıklarından sarkıtılan kürelerin Ay ve Güneş’i sembolize ettiği; ayrıca alınlığın sağ ve sol alt köşelerinde bulunan dairesel motiflerin ekvator çizgisi ile eksen eğikliğini temsil ettiği yönündeki değerlendirmeler, bu tartışmaların merkezinde yer almaktadır. Medresede ilk bakışta dikkat çeken unsurlar, dış cephede ve köşelerde yer alan sütuncelerdir. Toplam üç adet olan bu mimari elemanların roketin ateşleme ve fırlatma safhalarını simgelediği yönünde yorumlar yapılmaktadır. Ayrıca medresede bulunan koni ve kürelerin üst üste bindirilmesiyle oluşturulmuş ve ana eyvanın köşelerinde konumlanan iç sütuncelerin ise Güneş sistemindeki gezegenleri sembolize ettiğine inanılmaktadır. Medrese, kesme taştan inşa edilmiş cephelere sahip, enlemesine gelişen hafif dikdörtgen planlı bir yapıdır. Ana cephede yer alan taçkapının çevresi, şeritler hâlinde düzenlenmiş iki farklı renkteki taş kaplamalarla vurgulanmıştır. Yapı, Orta Asya’dan itibaren Türk mimarisinde yaygın biçimde kullanılan, avlu etrafında düzenlenmiş dört eyvanlı şemaya sahiptir. Eyvanların üzeri beşik tonozlarla örtülmüştür. İç mekânda, avlunun ortasında, gökbilim incelemelerinin yapıldığı rasat kuyusu ile hemen üzerinde aydınlık feneri yer aldığı belirtilmekle birlikte, Eyice Cacabey Medresesi’nin Anadolu’da pek çok benzerleri olan, orta avlusu kubbe ile örtülü “kapalı medrese” tipinde bir yapı olduğunu; bu kapalı mekânın esasında bir avlu olduğunu, üstündeki kubbenin ortasına bir aydınlık feneri ve bunun altına da şadırvanın yapılmasının usulden olduğunu ifade etmektedir.

Şimşek’in Sayılı ve Ruben’in raporlarına dayanarak aktardığı bilgilere göre, kuyunun bir rasat kuyusu olabileceği ihtimalini güçlendiren en önemli unsurlardan biri, kuyudan çıkan suyun başka alanlara yönlendirilmesini sağlayan ve bir tür kanalizasyon düzeni olarak tanımlanan su avgunlarının varlığıdır. Diğer taraftan iç ve dış mekânda yer alan sütuncelerin astronomiyle ilişkili bazı işaretler barındırdığı yönünde değerlendirmeler bulunmaktadır. Şimşek; yapının işlevi, kuyunun hangi amaçla kullanıldığı ve burada gerçekten astronomi çalışmaları yapılıp yapılmadığı konularında en sağlıklı değerlendirmelerin alan uzmanları tarafından yapılabileceğini vurgulamakta; eldeki kanıtların sınırlı ve yetersiz olmasının kesin bir sonuca ulaşmayı güçleştirdiğini belirtmektedir. Bu belirsizlik durumunun ise Cacabey Medresesi’nin bir gökbilimleri medresesi olduğu yönündeki inancın halk belleğinde varlığını sürdürmesine zemin hazırladığını ifade etmektedir.

Cacabey Medresesi, 1950’li ve 1960’lı yıllarda Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından çeşitli restorasyonlardan geçirilmiştir. Ayrıca Kayseri Vakıflar Bölge Müdürlüğü tarafından 2006 yılında da kapsamlı bir onarım çalışması gerçekleştirilmiştir. Son olarak 2019 yılında başlatılan restorasyon süreci 2023 yılında tamamlanmış ve yapı yeniden düzenlenerek koruma altına alınmıştır. 2014 yılında UNESCO Geçici Dünya Miras Listesi’ne dâhil edilen ve Cacabey’in türbesini de bünyesinde barındıran medrese, günümüzde Kırşehir’in öne çıkan kültürel miras ve ziyaret mekânları arasında yer almaktadır.