Bayrak taşıyıcı havayolu işletmesine ulusal taşıyıcı da denmektedir. Belirli bir devlete kayıtlı olan ve/veya uluslararası operasyonlar için devlet tarafından onaylanan imtiyazlı haklara sahip bir havayolu işletmesidir. Bayrak taşıyıcı havayolu işletmesi bazen tamamen devlete ait olup devlet tarafından işletilirken bazen devlete ait olup özel işletme olarak da işletilmektedir.

Bayrak taşıyıcısı fikri, 1944’te Chicago Konvansiyonu toplantısında ortaya çıktı. Sözleşmede bayrak sahibi havayolu işletmesi “Ülkenin sahip olduğu ve vatandaşları tarafından etkili bir şekilde kontrol edilen işletme” olarak tanımlandı. O tarihlerde ABD ve diğer bir kaç küçük devlet haricindeki tüm ülkelerde havayolu şirketleri, bulundukları devletlere aitti. Bu yüzden, havacılık antlaşmalarında ismi belirtilen şirketler doğal olarak devletlere aitti ve bayrak taşıcıyı olarak adlandırılmıştır. İkinci Dünya Savaşı’ndan sonra devletler oluşturduğu havacılık politikası sonucunda havayolu işletmeleri kurdular. Havayollarının yaratılması ve sürdürülmesi yüksek sermaye gerektirdiğinden dolayı hükümetler öncülük etmek zorunda kaldı.

Bayrak taşıyıcı havayolu işletmesi ülkeler arası yapılan ikili havayolu taşımacılığı antlaşmalarında, altyapı harcamalarında, yolcu biletlerinde veya yakıtta daha düşük vergilendirme gibi imtiyazlardan faydalanmaktadır. Örneğin ikili havayolu taşımacılığı antlaşmalarında Sivil Havacılık Genel Müdürlüğü yetkili olmasına rağmen uluslararası havayolu pazarlarına ilişkin ekonomik düzenlemelerin şekillenmesinde Türkiye’nin bayrak taşıyıcısı konumundaki Türk Hava Yolları’nın (THY) büyük rol oynadığı görülmektedir. Özellikle yerel veya uluslararası pazarlarda havacılık haklarının paylaştırılmasında THY’ye öncelik tanınmaktadır.

Bayrak taşıyıcı havayolu işletmelerine Fransa’da Air France (AF), İtalya’da Alitalia (AZ), İngiltere’de British Airways, Almanya’da Lufthansa örnek verilebilir. Bayrak taşıyıcı havayolu işletmesi denince havayolu işletmesinin filosunda bulunan uçakların üzerinde veya kuyruğunda ait olduğu devletin bayrağının olması gerektiği anlaşılmamalıdır. Bayrak taşıyıcı kavramı; ait olduğu ülkeye temsilcilik eden, öncü imaj sergileyen havayolu işletmesi anlamında olup, sembolik bir kavramdır. Buna örnek olarak Lufthansa havayolu şirketi verilebilir. Bu şirket Almanya’nın bayrak taşıyıcısı konumunda olsa da filosunda Almanya bayrağıyla ilişkilendirilebilecek bir sembol veya logo bulunmamaktadır.

Dünya ekonomisinin henüz küreselleşmediği yıllarda küresel bir karaktere sahip olan havayolu sektörünü uzun yıllar boyunca devletlerin bayrak taşıyıcıları temsil etti. Ancak zamanla değişen şartlar ve ABD’de başlayan serbestleşme hareketinin Avrupa Birliği’ni de etkisi altına almasıyla, bayrak taşıyıcı kavramı etkisini günden güne yitirmektedir. Ayrıca ABD ve AB’nin başlattığı açık semalar atılımı etkisi ile devlet kontrolündeki havayolu şirketlerinin sayısı azalırken, bayrak taşıyıcı kavramının eski önemini kaybetme ihtimali vardır.