Arkeolojik ve etnografik eserlerin sergilendiği Aydın Müzesi,1959 yılında kuruldu. Müzenin fiziksel koşulları ihtiyaçlara cevap veremez duruma gelince Aydın kent merkezinde Ilıcabaşı Mahallesi’nde Aydın Arkeoloji Müzesi yapımına başlandı. 2012 yılında hizmete açıldı. Aydın Müzesi’nin sorumluluk alanı, Antik Çağ Karia bölgesinin kuzeyinden başlamakta, Ionia bölgesinin güneyine kadar uzanmaktadır. Tepecik Höyük, Alabanda, Arkaik Panionion, Tralleis, Magnesia, Nysa, Kadıkalesi (Anaia), Amyzon, Akharaka, Alinda, Harpasa, Piginda, Pygale, Orthosia, Mastaura gibi antik kentlerdeki buluntulara müzede yer verilmektedir.

Tepecik höyük bölümünde Prehistorik döneme ait Aydın’ın Çine ilçesi Karakollar Köyü’ndeki Tepecik Höyük Kazı buluntuları; Arkaik Panionion bölümünde Aydın ili Kuşadası ilçesi Davutlar Mahallesi, Samson Dağı tepesindeki Melia antik kentindeki Arkaik Panionion Tapınağı buluntuları; Kadıkalesi (Anaia) bölümünde Aydın’ın Kuşadası ilçesinde yer alan bir Kadıkalesi kazılarında ortaya çıkartılan çeşitli dönemlere ait buluntular bulunmaktadır. Alabanda Salonu’nda, Aydın’ın Çine ilçesindeki Alabanda kazılarında ele geçen eserler sergilenmektedir. Tralleis Salonu’nda, Aydın şehir merkezindeki Tralleis kazılarından elde edilen buluntular yer almaktadır. Magnesia Salonu’nda Aydın’ın Germencik ilçesindeki Menderes Magnesiası kazılarından elde edilen bulutlar sergilenmektedir. Nysa Salonu’nda Aydın’ın Sultanhisar ilçesindeki yürütülen Nysa antik kenti kazıları buluntuları arasında Roma dönemine ait mermer büstler yer almaktadır.

Mozaik Salonu’nda Aydın’ın Yenipazar ilçesindeki, Orthosia antik kentindeki MÖ II. yüzyıla tarihlenen Roma villasının zemin mozaiği görülmektedir. Taş eserler salonunda çok çeşitli tarihsel dönemlere ait heykel, kabartma, büst, baş, sunak, lahit, mezar stelli gibi örnekler vardır. Müzenin sorumluluk alanında bulunan antik kentlerden gelen sikke örnekleri kronoloji gözetilerek düzenlenen sikke bölümündeki vitrinlerde sergilenmektedir. Lidya döneminden Osmanlı devrine uzanan geniş bir tarihsel sürece ait bu sikke örnekleri antik dönemde sikke basım tekniğinin nasıl yapıldığına yönelik canlandırma ile desteklenmektedir. Müzenin gerçekleştirdiği kurtarma kazılarından elde edilen üç adet mezar, kurtarma kazıları bölümünde görülebilir. Müzedeki buluntuların bir bölümünün üç boyutlu görüntüleri ve bilgilendirmeler sağlayan interaktif tanıtım uygulaması, Aydın Arkeoloji Müzesi’ni çağdaş ve modern müzecilik anlayışına katkı sağlayan örneklerden biri haline geldi.