Doğu-batı yönünde uzanan kilise, dikdörtgen planlı olup üç nefli ve apsislidir. Yan duvarları moloz taş ile örülüdür. Kilisenin içi, ikisi bütün sırasıyla üç nefe ayrılıyor, dışında ise sıvalı ahşap direkler yuvarlak kemerli ahşap tonozlu çatının kaburgalarını taşımaktadır. Sütunlar arasındaki kemerler bağdadi tahtalı olup üzerleri alçı sıvalıdır. Sütunlarda aynı tekniktendir. Girişte sıva üstünde barok ve rokoko üsluplu alçıdan yapılan akantüs yaprakları işlemelidir. İç sıvalar üzerinde freskler vardır. Kilisenin çatısı, iç yüzü sıvalı olan beşik çatısı alaturka kiremitle kaplıdır. Kilisenin doğu ve güneyinde moloz taşlarla örülen bahçe duvarları vardır. Batı ve kuzey bahçe duvarları ise tamamen yıkıktır.

Yapının doğu duvarında dışa çıkık vaziyette yarım yuvarlak apsis yer alıyor. Kuzey ve güney duvarlarında apsisin aydınlatılması için altta bir pencere, üstte ikinci kat seviyesinde iki pencere ile en üstte yuvarlak bir pencere mevcuttur. Pencere kenarları beyaz mermer bloklarla çevrelidir. Güney duvarında sivri kemerli bir kapı, batı duvarında üstü yuvarlak kemerli ana giriş kapısı bulunmaktadır. Kilisenin iç kısmındaki alçı süslemelerin döküldüğü görülmektedir.

Hem tarihi bilgiler hem de Yeşil Ada’da o dönemi yaşayan insanlar, Cumhuriyet öncesi Anadolu’da yaşayan Rum asıllı Hristiyan hacı adaylarının Kudüs’e gitmeden önce yol güzergâhları üzerinde bulunan Aya Stefanos Kilisesi’ni ziyaret ettiklerini ve burada ayinler düzenlediklerini belirtmektedir. Kilise restorasyon kapsamına alınmış ve bu kapsamda çatı kaplaması, dış duvarlar ve iç ahşap kısımlar yenilenmiştir.