İstanbul’un Fatih ilçesindeki Sultanahmet Meydanı’nda bulunan Topkapı Sarayı’nın birinci avlusu içerisinde yer alan, tarihi Aya İrini Kilisesi’nden dönüştürülmüş bir müzedir. Aya İrini Kilisesi, Bizans (Doğu Roma) İmparatorluğu’nun ilk kilisesi olma özelliğine sahiptir. Dönemin Bizans İmparatoru Konstantin, 330 yıllarında İstanbul şehrini yeniden yapılandırırken, kendi adına bir forum, saray ve hipodrom yaptırdı. Roma tapınaklarının üzerine Aya İrini Kilisesi’ni ahşap olarak inşa ettirmiştir.

Kiliseye ismini veren Aya İrini’nin (Hagia Eirene) sözlükteki karşılığı aslında Kutsal Barış'tır ve aynı zamanda, aynı dönemde yaşamış olan bir azizenin ismidir. Efsaneye göre, Azize’nin gerçek ismi Penelope’dir. İnançlı bir Hıristiyan olan Penelope, Hıristiyanlık dinini yaymaya çalıştı ve Bizans halkını Hıristiyanlık dini ile tanıştırmak için büyük çaba harcadı. Ancak bunu reddeden Pagan Bizanslılar tarafından, Meryem Ana’yı inkar etmesi ve Paganizme tabi olması için zorlandı, bunu yapmayınca yılanlarla dolu bir kuyuya atıldı, taşlanmış, atlara bağlanıp sürüklendi, tüm bunlara rağmen ölmedi. Bu yaşananların ardından Bizans halkı Hıristiyanlığı kabul etti ve İmparator Konstantin de ona Aya İrini ismini vererek onu Azize ilan etti. Daha sonra, tek tanrılı din için İstanbul’da inşa ettirdiği ilk kiliseye de Aya İrini adını verdi.

Aya İrini Kilisesi, İstanbul’da Aya Sofya’dan sonra Bizans döneminden kalma en büyük ikinci kilisedir. 588 konsülün hepsi bu kilisede toplandı. 532 yılında İmparator Justinyanus’un çok tanrılı inancı kesinlikle yasaklaması üzerine, Zeus’a sığınan halk Nika ayaklanmasına sebep oldu ve Kiliseyi yaktı. İmparator, kiliseyi kagir olarak 532-548 yıllarında yeniden inşa ettirdi, ancak kilise 564 yılında tekrar yandı. İkinci yangından sonra yeniden onarıldı, fakat 738 yılında bu defa da şiddetli bir depremle sarsıldı. Depremde aldığı hasarın ardından VIII. yüzyılda III. Leo ve oğlu Konstantinos Kompranimus tarafından onarıldı. Bu onarım çalışmaları esnasında, Aya İrini içerisindeki bütün apsisler ve tavan yeni fresklerle ve mozaiklerle süslendi ve İkonoklazma döneminde ise tasvirler kapatıldı. VI. yüzyılda Justinyanus döneminde oldukça zengin figüratif bezemelere sahip olan Aya İrini Kilisesi’nin dekorasyonu, III. Leo döneminde tamamen değişti. Apsis yarım kubbesindeki haç tasviri de bu dönemde yapıldı.

Fatih Sultan Mehmet’in 1453 yılında İstanbul’u fethetmesinden sonra Aya İrini Kilisesi için yeni bir dönem başladı. Bazı tarihçilere göre, Fatih Roma ve Bizans tarihini ve Azize İrene’nin de hikayesini çok iyi bildiği için, saygısından Kiliseyi camiye dönüştürmedi. Onun yerine Kilise, silahların bakım ve onarımının yapıldığı bir depo olarak kullanıldı. Fetihten sonra inşasına başlanan Topkapı Sarayı’nın dış duvarları da Aya Sofya ve Aya İrini’nin arasından geçirildi. Aya İrini’de saklanan silahlar eskiyip antika olunca, XIX. yüzyılda Sultan Abdülmecit’in emriyle kilise, Silah Müzesi oldu ve böylelikle Osmanlı Devletinin ilk müzesi olma özelliğini elde etti. Müze olduktan sonra Aya İrini’ye, Müzenin ana kapısında yer alan 1726 tarihli kitabe ve galerilere çıkışı sağlayan çift kanatlı merdiven eklendi. Müze, mecma-i esliha-i atika (eski silahlar koleksiyonu) ve mecma-i asar-ı atika (eski eserler koleksiyonu) olmak üzere iki bölüm halinde ziyarete açıldı. Müzenin çekirdek koleksiyonunu oluşturan ilk eserler, Tophane müşirlerinden Damat Ahmet Fethi Paşa tarafından 1846 yılında bu binada sergilendi. 1869 yılında Müze-i Humayun (İmparatorluk Müzesi) ismini aldı ve zaman içerisinde sergi mekanlarının yetersiz kalması sebebiyle müzede sergilenen eserler 1875 yılında Çinili Köşk’e taşındı. Silah koleksiyonu yeniden düzenlenerek 1908-1940 yılları arasında askeri müze olarak hizmet verip, Harbiye Askeri Müzesi açıldıktan sonra bu işlevini yitirdi ve bazı zamanlarda bakıma alındı. İkinci Dünya Savaşı’nın Türkiye’ye sıçraması endişesiyle müze, 1940 yılında kapatılarak içinde yer alan eserler koruma amaçlı İç Anadolu’nun farklı bölgelerine gönderildi. Eserler, savaş bittikten sonra tekrar İstanbul’a getirildi ve bu defa Maçka Kışlası’na nakledildi. Aya İrini ise 1973-1976 yıllarında yeniden onarım gördü. Bu onarımdan sonra Aya Sofya Müzesi Müdürlüğü’ne bağlı bir birim haline getirilip, 2014 yılında ise Topkapı Sarayı Müzesi Müdürlüğü’ne bağlanarak ziyarete açıldı.1970 yıllarında geçirdiği onarımdan sonra çeşitli sanatsal etkinliklere ev sahipliği yapan Aya İrini, günümüzde Aya İrini Anıt Müzesi ile faaliyetlerini sürdürmektedir.

Aya İrini Anıt Müzesi, klasik Roma ibadethanelerine benzer şekilde bazilika yapısında inşa edildi. Müze, Naos, Narteks ve Atrium şeklinde üç bölümden oluşmaktadır. Atrium ve Eski Roma tapınaklarının ortasındaki çevresi revaklı avluya verilen isimdir. Kilisenin atriumu bugün hala ayakta olan tek örnektir. Ana kubbeyi 35 metre yüksekliğinde dört büyük fil ayağı taşımaktadır. Yapının üst katı devasa bir antik Roma haçı şeklinde planlandı. Aya İrini Anıt Müzesi, Salı günleri hariç, haftanın altı günü ziyarete açıktır. Müzeyi yaz mevsimlerinde 09.00-18.45, kış mevsimlerinde ise 09.00-16.45 saatleri arasında ziyaret etmek mümkündür. Bilet gişeleri, Müzenin kapanış saatinden 45 dakika önce kapanmakta, resmi tatillerde ve dini bayramlarda Müze’nin ziyaret bilgileri değişebilmektedir.