Edirne’nin Merkez ilçesi Yeniimaret Mahallesi’nde yer alan Trakya Üniversitesi Sultan II. Bayezid Külliyesi Sağlık Müzesi’nin Tıp Medresesi bölümünde kuruldu.

Trakya Üniversitesi Senatosu’nun 12.06.2002 tarih ve 95 numaralı toplantısında alınan 02 numaralı kararla müzenin kuruluşu oy birliğiyle alındı. Kültür Bakanlığı’nın 23.10.2002 tarih ve B.16.0.AMG.0.10.00.01708.1.(22)-16843 Sayılı yazısı ile müze resmi hüviyetine kavuşarak 23. 09. 2002 tarihinde hizmete açıldı. Müze’nin kuruluşunda danışmanlık görevini Marmara Üniversitesi Öğretim Üyeleri Prof. Dr. Ayla Ersoy, Prof. Dr. Ali Candaş ve Prof. Dr. Basri Erdem üstlendi. Müzenin kuruluşunda eserlerin tamamı sanatçılar tarafından bağışlandı. Müze’de 2002 tarihinde 87 sanatçı dokuzu yurtdışı, 101 eser 13’ü yurtdışı olmak üzere bir vitray, iki seramik, altı suluboya, altı heykel, 30 baskı resim 56 yağlıboya eser yer aldı. Külliye’nin medrese bölümünde yer alan 15 odada eserler sergilendi. Medrese bölümünde yer alan bir numaralı oda Edirne’de doğup büyüyen ünlü heykeltraş İlhan Koman adına düzenlendi. Sanatçıya ait Apollon Büstü, Tors-Akademi Mezuniyet Çalışması, Tors-Akademi Çalışması, Kadın Corps-Vücut 1, Kadın Corps-Vücut 2, Rölief-Dans Eden Kadın ve Rölief Güzellik Tanrıçası adlı yedi heykeli bu odada sergilendi.

Trakya Üniversitesi Yönetim Kurulu’nun 12.07.2006 tarih ve 11 sayılı kararıyla, bu müzenin daha çağdaş ve geniş bir ortama taşıma kararı almasıyla müze malzemesi toplandı ve sağlık müzesinde bir odada koruma altına alındı. Eserlerin yer aldığı bu bölümünün de dönemine uygun hâle getirilip müzenin Tıp Medresesi Bölümü olarak düzenlenmesi çalışmalarına başlanıldı.

Trakya Üniversitesi II. Bayezid Külliyesi Sağlık Müzesi Tıp Medresesi Bölümü’nün 23. 04. 2008 tarihinde açılmasından sonra Çağdaş Resim ve Heykel Müzesi’ne ait eserler; 20.07.2011 tarihinden itibaren Karaağaç yerleşkesi eski Rektörlük binası (Tarihi Gar Binası) na taşınarak ziyarete açıldı. Trakya Üniversitesi Senatosu’nun 21. 11. 2011 tarih ve 17 sayılı toplantısında alınan 07 numaralı kararı ile Müzenin adı Trakya Üniversitesi İlhan Koman Heykel ve Resim Müzesi olarak değiştirildi.