Trabzon’un Ortahisar ilçesinde Kahramanmaraş Caddesi ile Kunduracılar Caddesi arasında Kemerkaya Mahallesi Hüsnü Aybay Sokak’ta yer alır. Daha önceden Ziraat Bankası Trabzon Şubesi için yapılan, yemekhane ve lojman olarak kullanılan bina tadilat yapıldıktan sonra müze haline dönüştürüldü. Müze 23. 09. 1996 tarihinde Trabzonspor Sadri Şener Sosyal Tesisleri’nin arka tarafında Trabzonspor Müzesi olarak kurulmuş olup daha sonra aynı tesislerde bulunan merkez binanın ikinci katında ziyarete açıldı. 2011 yılında dönemin Trabzonspor Kulüp başkanı Sadri Şener tarafından günümüzdeki mevcut yerine taşındı ve ismi Trabzonspor M. Şamil Ekinci Müzesi olarak değiştirildi. Trabzonspor M. Şamil Ekinci Müzesi’nde Trabzonspor kurulmadan önceki dönemlere ait şehrin Cumhuriyet döneminden itibaren spor hafızasını yansıtan dokümanlar, o dönemlere ait kupalar, madalyalar, bir araya gelerek Trabzonspor’u kuran kulüplerin yazılı belgeleri ve kazandıkları kupalar bulunmaktadır. 1967 yılında kurulan Trabzonspor’a ait olan çok sayıda kupa, madalya, forma, flama, farklı kişiler tarafından kullanılmış eski forma, krampon ve eşyalar sergilenmektedir.

Trabzonspor M. Şamil Ekinci Müzesi, iki kattan oluşmaktadır. Müzenin birinci katında 1967 yılında Trabzonspor’un temellerini oluşturan ve kurulması için bir araya gelen İdmanocağı, İdmanyurdu, Karadenizgücü, Martıspor kulüplerinin kazanmış olduğu kupalar, madalyalar, sporcu lisansları, yönetim kurulu karar defterleri ve fotoğrafları bulunmaktadır. Bu bölümde, Trabzonspor kurulmadan önce var olan kulüplerden İdmanocağı’na Atatürk’ün hediye ettiği büst ve bayrak yer almaktadır. Müzede sergilenen en ilginç kupa giriş katta bulunan ve 1958 yılında Türkiye Amatör Futbol Şampiyonası’nda İdmanocağı’nın kazandığı yarım kupadır. Futbol Federasyonu tarafından 1958 yılında düzenlenen Türkiye Şampiyonası finallerinde Ankara Havagücü takımı ile İdmanocağı takımlarının puanlarının ve averajlarının aynı olması ve her iki takımın da ayrı bir maç yapmayı kabul etmemeleri üzerine federasyon iki takımı da şampiyon ilan etmiş ve kupa tam ortadan ikiye bölünerek takımlara verilmiştir. Bu katta ayrıca ilk defa Trabzonspor tarihinde, bayanlar boks kategorisinde, 2019 yılında 69 kilogramda Avrupa şampiyonu olan Busenaz Sürmeneli’ye ait şampiyonluk kemeri yer almaktadır. Müzenin ikinci katında Trabzonspor’un kurulduğu 02. 08. 1967 tarihinden itibaren kazandığı kupalar, madalyalar, formalar yer almaktadır. Her Türkiye Süper Ligi şampiyonluğu için bir cam kaide içinde altı adet şampiyonluk kupası müzede sergilenmektedir. Fakat yedinci şampiyonluğa ait kaidenin içi boş olarak durmaktadır. Bu kaideye UEFA’nın onaylamış olmasına rağmen henüz teslim edilmemiş olan Yedinci Süper Lig Şampiyonluk Kupası’nın koyulması için temaslar kulüp yönetimi tarafından sürdürülmektedir.

Müzenin duvarlarında 1968-1969 sezonundan itibaren görev yapan yönetimlerin ve A Futbol Takımı futbolcularının posterleri yer almaktadır. Müzede sergilenen önemli unsurlar arasında 1951-2017 yılları arasında Trabzonspor ve kuruluşundan önce diğer takımların maçlarını oynadığı Hüseyin Avni Aker stadyumuna ait öğeler ve futbol sahasından anı olarak kopartılmış olan çim, Cin Ali lakaplı Ali Yavuz’un Trabzonspor’un Birinci Lig’de ilk golünü attığı forma, 20. 10. 1976 yılında dünya futbol devi Liverpool takımına karşı 1-0 galip gelinen maçta Trabzonspor’un golünü atan Dozer Cemil’in o maçta giydiği forma, başka bir dünya futbol devi Barcelona’ya karşı 19. 09. 1990 tarihinde 1-0 galip gelinen maçta golü atan Küçük Hamdi’nin giydiği forma ve golün atıldığı futbol topu, Trabzonspor’un tarihinde çok önemli bir şahsiyet olan Şenol Güneş’in A Milli Futbol Takımı Teknik Direktör’ü olarak 2002 yılında Dünya Kupası’nda üçüncülük elde etmesinin anısına futbolcuların imzalamış oldukları futbol topu, Trabzonspor’un yeni stadı olarak hizmete açılan Akyazı Medicalpark Arena Şenol Güneş Kompleksi’ndeki ilk resmi maç olan Gaziantepspor maçında ilk resmi gol olarak Fabian Castillo tarafından atılan golün topu, kuruluşundan bu yana Trabzonspor rozetleri, maç yapılan rakip takımlara ait flamalar, altı adet Süper Lig Şampiyonluk Kupası, sekiz adet Türkiye Kupası, yedi adet Cumhurbaşkanlığı Kupası, beşinci adet Başbakanlık Kupası, Kıbrıs Barış Kupası, Türkiye Süper Kupası, Türkiye Basketbol İkinci Ligi Şampiyonluk kupası ve toplamda yaklaşık 600 adet kupa bulunmaktadır.

Trabzonspor M. Şamil Ekinci Müzesi, futbol anlamında İstanbul takımlarına başkaldırının simgesi olan Trabzonspor’un, spor anlamında ise cumhuriyet sonrası Trabzon spor tarihinin çok önemli bir arşivi durumundadır. Müzenin 2017 yılında açılışı yapılan Akyazı Medicalpark Arena Şenol Güneş Kompleksi'nin içine taşınması planlanmaktadır.