İstanbul’un Beyoğlu ilçesinde 08. 06. 2005’te Suna ve İnan Kıraç Vakfı tarafından kuruldu. 1893 yılında mimar Achille Manoussos tarafından inşa edilen bina, Mimar M. Sinan Genim tarafından restore edilerek müzeye dönüştürüldü. Müze pazartesi günleri kapalı olmakla birlikte salı ve cumartesi günleri 10.00-19.00, pazar günleri ise 12.00-18.00 saatleri arasında ziyarete açıktır. Müze bodrum, giriş ve beş sergi katı dâhil toplam sekiz kattan oluşmaktadır.

Müzenin kalıcı dört temel koleksiyonu bulanmaktadır: Oryantalist Resim, Anadolu Ağırlık ve Ölçüleri, Kütahya Çini ve Seramikleri ve Fotoğraf Koleksiyonu'dur. Devamlı sergilerin dışında dönem dönem Tate Britain, Victoria ve Albert Müzesi, St. Petersburg Rus Devlet Müzesi, JP Morgan Chase Koleksiyonu, New York School of Visual Arts ve Maeght Vakfı gibi dünyanın pek çok tanınmış müze, koleksiyon ve vakıflarıyla işbirlikleri yapılarak geçici sergiler de açılmaktadır. Yakın geçmişte Rembrandt, Joan Miró, Marc Chagall, Pablo Picasso, Frida Kahlo, Diego Rivera ve Goya gibi sergiler Pera Müzesi vasıtasıyla izleyicisiyle buluştu.

Temel koleksiyonda yer alan Anadolu Ağırlık ve Ölçüleri Koleksiyonu Orta Tunç devrinden itibaren Anadolu’da hüküm sürmüş pek çok kültürün ölçüm aygıtlarını gözler önüne sermektedir. Yunan, Roma, Bizans, Beylikler, Osmanlı ve erken Cumhuriyet dönemlerinden de örnekleri bünyesinde barındıran koleksiyon, müzenin giriş katında yer almaktadır. Koleksiyonda mimariden eczacılığa, astronomiden kuyumculuğa kadar pek çok alana ait ağırlık ve uzunluk ölçüleri bulunmaktadır.

Türkiye’nin en zengin koleksiyonlarından biri olan Oryantalist Resim Koleksiyonu XVII. yüzyıldan XX. yüzyıla kadar pek çok önemli eseri bünyesinde bulundurmaktadır. Koleksiyon, Pera Müzesi’nin ikinci katındaki Sevgi ve Erdoğan Gönül Galerisi’nde düzenli aralıklarla hazırlanan tematik sergiler ile ziyaretçiyle buluşmaktadır. Oryantalist resimler koleksiyonunda yer alan ve 12 Aralık 2004’te koleksiyona dâhil edilen Osman Hamdi Bey’in Kaplumbağa Terbiyecisi adlı eseri, müzenin başeserlerinden biridir. Osman Hamdi Bey’in Dünyasına Yolculuk başlıklı sanal gerçeklik projesi kapsamında ziyaretçilere sanatçının çalışma ortamını sunan Pera Müzesi, resimdeki birçok detayı içindeymiş gibi yaşatabilmektedir. Koleksiyonda yer alan diğer eserler ise Osmanlı dünyasına odaklanmıştır. Padişahların portrelerinden, Osmanlı toplumunun gündelik yaşantısına, İstanbul manzaralarından ziyarete gelen elçilere kadar dönemi yansıtan önemli resimler bu koleksiyonda bulunmaktadır.

Kütahya Çini ve Seramikleri Koleksiyonunda ise İznik’ten sonra önemli bir üretim başkenti olan farklı bezeme ve formlardaki Kütahya üretimi seramikler yer almaktadır. XVIII. yüzyıldan XX. yüzyıla kadar uzanan zaman diliminde üretilen 1.000 kadar eser, müzenin koleksiyonundadır. Müzenin üçüncü katında kâseden şamdana, ibrikten lambaya, limonluktan çeşitli formlarda yer alan tabaklara kadar pek çok işlevsel kabı görmek mümkündür.

Son olarak Suna ve İnan Kıraç Vakfı Fotoğraf Koleksiyonu'nda Pascal Sébah, Kargopoulo, Abdullah Biraderler gibi XIX. yüzyıla damga vurmuş fotoğraf sanatçılarının eserlerini görmek mümkündür. Bu isimlerin dışında Gülmez Biraderler, Ali Sami Aközer, Ali Enis Ozan gibi fotoğraf sanatçılarının ve bazı amatör fotoğraf meraklılarının çektikleri yaklaşık 7.000 fotoğraf, İstanbul’un o dönemdeki sosyolojik, ekonomik ve kültürel durumu hakkında fikir vermektedir. 2005 yılında açılan müze, günümüzde Türkiye’nin öncü ve nitelikli özel müzelerinden biridir.