Aer Lingus, Silkar Yatırım ve Net Holding’in ortak girişimiyle 1990 yılında iki uçaktan oluşan filo ile İstanbul’da kuruldu. İlk ticari uçuşunu 1990 yılında Almanya’nın Berlin kentine yapan Pegasus Hava Yolları, 2005 yılında ESAS Holding tarafından satın alındı, aynı yıl ksım ayında düşük maliyetli havayolu taşıyıcısı olarak altı destinasyon 14 filo ile iç hat seferlerine başlayarak Türkiye’de faaliyet gösteren dördüncü tarifeli havayolu oldu. 2005 yılında çevrimiçi koltuk satışına başladı. Dünya havacılık sektöründe yolcuların taleplerinin düşük maliyetli havayolu şirketlerine yönelmesiyle birlikte, güvenli, zamanında kalkan, rahat ulaşılabilen, uçakla seyahatin lüks değil herkesin hakkı olduğu parolasıyla yola çıkan Pegasus Hava Yolları, Türkiye’nin ilk low cost (düşük maliyetli) modelini hayata geçirdi. Merkezi, İstanbul Sabiha Gökçen Havalimanı olan şirket, 2006 yılında Stuttgart, Lefkoşa ve Viyana seferi ile İstanbul’dan dış hat tarifeli uçuşlara ve İzmir, Bodrum, Dalaman, Kayseri, Gaziantep, Malatya gibi iç hatlar uçuşlara başladı.

Pegasus Hava Yolları teslim aldıkları uçaklara yeni doğan kız çocuklarının isimlerini verme geleneğini başlatarak 2008 Ağustos ayında teslim alınan yeni nesil Boeing 737-800 uçağına Gülce ismini verdi. Avrupa’da 66 noktaya, Türkiye’de 19 noktaya tarifeli seferler düzenleyen Pegasus, 2009 yılında taşıdığı yolcu sayısıyla Türkiye’nin en büyük özel havayolu şirketi oldu. Pegasus Hava Yolları, Official Airline Guide (OAG) tarafından hazırlanan raporda 2013 yılında koltuk kapasitesi açısından tarifeli uçuş gerçekleştiren Avrupa’nın en büyük 25 havayolu arasında Avrupa’nın En Hızlı Büyüyen Havayolu oldu. 2018 yılında dış hatlarda 12 milyon 300 bin, iç hatlarda 17 milyon 700 bin olmak üzere toplam 30 milyon yolcu taşıdı. 2019 itibariyle Pegasus Hava Yollarının bünyesinde toplam 83 adet uçak bulunmaktadır. Pegasus Hava Yolları yurtiçinde 35, yurtdışında 75 olmak üzere toplamda 42 ülkede 110 noktaya tarifeli seferler düzenlemektedir.