İznik şehrinin doğusunda Lefke Kapısı yakınında Eşrefzade Mahallesi’nde bulunmaktadır. Giriş kapısı üzerindeki kitabeye göre, 1. Murad tarafından annesi Nilüfer Hatun için 1388 yılında inşa ettirilmiştir. Yapının mimarı bilinmemektedir.

Eser, koyu küfeki taşından bir sıra kesme taş üç sıra tuğla malzeme kullanılarak almaşık duvar örgü tekniğinde inşa edilmiştir. Plan açısından incelendiğinde, Erken Osmanlı mimarisinde yoğun olarak karşılaşılan zaviyeli tabhaneli camiler olarak adlandırılan gruba dahil edilmektedir. Ortada bir sofa, sofanın güneyi yönünde tek bir kemer ile ayrılmış mescit, sofanın her iki yanında tabhane hücreleri bulunmaktadır. Orta sofanın ayin ve toplantılar için kullanılmış olduğu bilinmektedir. Mescit kısmı sofadan daha yüksek tasarlanmıştır. Bu bölüm zaviyeye gelen misafirlerin ibadet ihtiyacını gidermesi amacıyla tasarlanmıştır. Yan hücrelere giriş sofadan sağlanmaktadır. Yan hücrelerin işlevi ise zayiyeye gelen gezici dervişlerin (misafirlerin) burada konakladığı odalar olarak kullanılmıştır. Bu odalara tabhane adı da verilmektedir. Yapının giriş kısmında ise beş bölümlü bir revak kısım yer almaktadır. Sofanın üst örtüsünde kubbe kullanılmış olup, kubbeye geçiş prizmatik üçgenlerle sağlanmıştır. Sofanın üst örtüsü diğer mekanların üst örtüsüne göre daha büyük tasarlanmıştır. Mescit bölümünde ortaya atılmış bir kemer üzerine oturan iki küçük kubbenin art arda eklendiği görülmektedir. Tabhane hücrelerinde ise dikdörtgen formdaki mekana kemer atılarak oluşturulmuş kare bir alan üzerine kubbe yerleştirilmiştir. Oldukça özenli bir işçiliğe sahip olan cephelerde yer yer tuğlaların değişik şekillerde örülmesiyle meydana gelen rozetler oluşturulmuştur. Cephede az da olsa küçük parçalar şeklinde renkli sır ve sır altı tekniğinde çiniler yerleştirilmiştir. Yapı üzerindeki bu renkli sırlı çiniler tuğla süslemeler dışında cepheye hareketlilik kazandıran diğer unsur olarak görülmektedir.

Yapı, çift sıra halinde düzenlenmiş olan pencereler ile aydınlatılmaktadır. Yapıda, alt pencereler sivri kemer alınlıklı ve dikdörtgen formlu, üst pencereler ise sadece dikdörtgen formlu olarak tasarlanmıştır. Beden duvarların üstünde üç sıra halinde, örtü sisteminde ise iki sıra halinde düzenlenen kirpi saçak dizisi yer almaktadır.

Nilüfer Hatun İmareti, XIX. yüzyılın sonlarına kadar imaret olarak kullanılmıştır. Kurtuluş savaşı Yunan işgali sırasında ciddi oranda tahrip olmuştur. Yapı, Cumhuriyet döneminde değişik ihtiyaçları gidermek maksatıyla için depo olarak kullanıldı. Restorasyon çalışmalarına 1960 yılında başlanılan imaret, aynı yıl müze olarak hizmet vermeye başladı.

Nilüfer Hatun İmareti Müzesi’nde, arkeolojik kazılar sonucunda İznik ve çevresinde bulunan tarih öncesi dönemden Osmanlı dönemine kadar olan çeşitli buluntular ile Ilıpınar, Roma Tiyatrosu, İznik Çini Fırınları kazılarında çıkarılan eserler sergilenmektedir. Müzenin hem içerisinde hem de bahçesinde bu çeşitli dönemlere ait eserler bulunmaktadır. İznik Müzesi avlusunda, Antik Yunan, Roma, Bizans ve Osmanlı dönemlerine ait bulgular sergilenmektedir. Roma, Bizans ve Osmanlı dönemlerine ait sütun başlıkları, kabartmalar, ambonlar, steller, yazıtlar, çörtenler, kabartmalar, erzak küpleri, lahitler ve İslami mezar taşları bulunmaktadır. Müzenin içerisinde ise Tarih öncesi dönem’den, Antik Yunan, Bizans-Roma dönemlerine kadar taş eserler, cam eserler, çeşitli seramik eserler, takılar, ziynet eşyaları ve Osmanlı dönemine ait eserlerin teşhir edildiği görülmektedir. Müze içindeki sofa bölümünde, Ilıpınar Höyüğü kazılarından elde edilen eserlerle birlikte; tarih öncesi dönem, Helenistik, Roma ve Bizans dönemlerine ait takı ve sikkelerinin teşhir edildiği görülmektedir. Müzenin tabhane hücrelerinde XI.-XV. yüzyıl ait seramik eserler ile XV.-XVII. yüzyıla ait İznik çini örnekleri sergilenmektedir. Günümüzde İznik ve çevresinde devam eden arkeolojik kazılar sonucunda ele geçirilen çeşitli eserler İznik Müzesi’nde teşhir ve depolarında muhafaza edilmektedir.