Orhan Pamuk’un aynı adlı romanından esinlenerek kendi koleksiyonu ile oluşturduğu bir müzedir. Yazar, İstanbul’un Çukurcuma semtindeki Firuzağa Mahallesi’nde bulunan Brukner Apartmanı'nı satın alarak müzeye dönüştürdü. Romanını 1990’larda tasarlamaya başlayan Pamuk aynı zamanda müze fikrini de geliştirdi. Müzesinin tasarımı ve yapımı sürecinde İhsan Bilgin, Cem Yücel ve Gregor Sunder Plassmann ile çalıştı. Müzeye dönüştürülecek apartmanın daha çok duvar elde etmek için pencereleri kapatıldı, dış cephesi boyandı ve tadilat gördü, iç mekânda ise çeşitli sergileme alanları düzenlendi. Beş katlı müze binasının dört katında sergileme alanları yer alıyor. Uzun ve özverili bir süreçten sonra müze 28. 04. 2012 tarihinde açıldı. Müzenin sergileme üslubu romandaki hikâyeye göre yapılandırıldı. Dolayısı ile müze, romanda konu edilen kişiler, eşyalar ve olaylar ile ilişkilendirilerek 1950-2000 yılları arası İstanbul yaşantısını ziyaretçisine aktarıyor Bu yönü ile kentin sosyal yaşantısına ve belirli bir tarihsel dönemine ışık tutan ve bunu müzedeki nesneler ile sağlayan bir kurguya sahiptir. Müze koleksiyonu genel olarak romanda adı geçen karakterlerin romanın hikâyesi boyunca ilişki içinde oldukları eşyalar, görüntüler ve seslerden oluşuyor. Müze, roman ile paralel olarak 83 bölümden oluşuyor. Bu bölümler kimi zaman bir kutu şeklinde kimi zaman merak kabinesi sayılabilecek vitrinler şeklinde tasarlandı.

Müzenin giriş katında zeminde romanda açıklanan Aristocu zaman anlayışı spirali işlendi. Aynı katta müzenin en göze çarpan işlerinden biri olan sigara duvarı yer alıyor. 68 numaralı 4.213 İzmarit adlı kutu romanın kahramanı Kemal tarafından biriktirilen, Füsun’un içtiği 4.213 tane sigara izmariti ile günün tarihi ve Füsun’un yaşadığı his not olarak anlatılıyor. Birinci katta ise üç numaralı Şanzelize Butik isimli vitrinle başlayarak duvar boyunca romanın hikâyesi ile ilişkili olarak bölüm bölüm ilerliyor. İkinci ve üçüncü katlarda yine kitabın içeriğine paralel olarak 1975-1984 yılları arasında Kemal’in biriktirdiği küpe, çanta, sarı ayakkabı, meltem gazozu, parfüm, kolonya, likör şişeleri, elbiseler, objeler, sinema biletleri, kibritler, kapı kulpları, biblolar, fotoğraflar, filmler gibi çeşitli eşyaların sergilendiği vitrinler yer alıyor. En üst katta ise Pamuk’un roman elyazmaları ile müze tasarımı için yaptığı kutu ve vitrin çizimleri sergileniyor. Ayrıca ziyaretçilerin müze girişinde edinebileceği Şeylerin Masumiyeti adlı bir müze kataloğu bulunuyor. Katalogda müze koleksiyonunun adım adım dizilimi anlatılıyor. Müzede katları gezerken dönemin İstanbul’u ile ilgili sesler ve Türk sinemasında yer alan İstanbul görüntülerinin bulunduğu bir video kolajı görsel olarak sunuluyor. Masumiyet Müzesi kuruluş tarihi itibari ile çağdaş müzecilik yaklaşımı ile ele alınmış bir müzedir. Özel müze olmasının yanı sıra sergilediği koleksiyonu açısından bir kent müzesi niteliğindedir. Müze barındırdığı sergileme yöntemleri ile interaktif, deneysel, entelasyon teknikleri ve anlatı modelleri açısından çağdaş müzecilik anlayışının izlerini taşımaktadır. Bu yönü ile değerlendirildiğinde müze 2014 yılında Avrupa’da Yılın Müzesi Ödülü’nü kazandı.