Milli Mücadele çalışmalarının başladığı yıllarda Balıkesir Kuva-yi Milliyesi’nin kurulmasında öncülük etmiş 41 Bayrak Adamı’nın aldıkları yazılı kararlar, bu kahramanların özel eşyaları ile fotoğrafları, kongre kararları ve Mustafa Kemal Atatürk’ün Balıkesir’e gelişinde çekilen fotoğraflar müzede sergilenmektedir. Müzede ayrıca Balıkesir ve çevresinden çıkarılan arkeolojik eserler ile yöreye ait etnografik eserler yer almaktadır. Müze, Milli Mücadele çalışmalarına karargâhlık etmiş olması ve Kuva-yi Milliye ateşinin ilk parladığı yer olarak kabul edilmesi nedeniyle önemlidir. 1840 yılında Karesi Sancağı Defterdarı Girid-i Zade Mehmet Paşa’nın konağı olarak inşa edilen bina 15. 05. 1919’da İzmir’in işgalinin ardından 16. 05. 1919‘da Balıkesirlilerin toplanarak silahlı mücadele kararı aldığı ve Kuvâ-yi Milliye ateşinin ilk parladığı yerdir. Bina uzun yıllar İkinci Kolordu Komutanlığı’na hizmet etmiş, Ali Hikmet Paşa tarafından karargâh olarak kullanıldı. Bina aynı zamanda İzmir Şimal Cepheleri Heyeti’nin çalışma merkezi olarak kullanılmıştır. Konağın kompleksi içinde bulunan bina 1913 yılında okuma yurdu olarak kullanıldı, daha sonra Milli Mücadele Tarihimiz Kitaplığı olarak hizmete girdi. Mustafa Kemal Atatürk’ün 06. 02. 1923’de Balıkesir’i ziyareti sırasında bu konakta kalmış olması binanın bir diğer önemli özelliğidir. Bina 1947-1988 yılları arasında Balıkesir Belediye Binası olarak kullanıldı. 1987’de Müze Müdürlüğü’nün Kurulmasıyla restore edilerek eser toplama çalışmalarına başlandı. 06. 09. 1996 yılında Balıkesir Kuva-yi Milliye Müzesi olarak hizmete açıldı. 2008 yılında Müze Teşhir Binası ile Teşhir Tanzimi yeniden elden geçirilerek 26 Aralık 2008 tarihinde bugünkü haliyle tekrar hizmete açıldı.

Kuva-yi Milliye Müzesi’nde 4.979 adet envanterlik, 35 bin adet etütlük eser bulunmaktadır. İki katlı müzede iki seksiyon bulunmaktadır. İlk seksiyon müzenin birinci katında yer almakta ve 120 metrekarelik bir alana sahiptir. Bu seksiyonda, Balıkesir’de Kuva-yi Milliyenin kurulmasına öncülük etmiş 41 önemli şahsiyetin aldığı yazılı kararlar, kongre kararları, bu kahramanların şahsi eşyaları, fotoğrafları ve Mustafa Kemal Atatürk’ün Balıkesir’e gelişinde çekilmiş fotoğrafları sergilenmektedir. Bu seksiyonda ayrıca, Mustafa Kemal Atatürk ve eşi Latife Hanım’a ait balmumu heykeller bulunmamaktadır. İkinci seksiyon müzenin ikinci katında yer almakta ve 120 metrekarelik bir alana sahiptir. Bu seksiyonda, Balıkesir ve çevresinden çıkarılan arkeolojik eserler ile yöreye ait etnografik eserler sergilenmektedir. Müzede sergilenen etnografik eserler arasında: bakırdan ibrik, semaver, çaydanlık gibi gündelik hayatta kullanılan eşyalar; el işi kaftan, gelinlik, elbise gibi yöresel kıyafetler; halı, kilim gibi dokuma ürünleri ve halı dokumada kullanılan eşyalar bulunmaktadır. Ayrıca bilezik, küpe, gerdanlık, kemer tokaları, tepelik gibi gümüş eserler bu seksiyonda yer almaktadır. Arkeolojik eserler arasında ise Balıkesir’de bulunan Daskyleion, Kyzikos, Adramytteion, Antandros gibi önemli antik kentlerde yapılan kazılar sonucu ele geçirilen eserler bulunmaktadır. Bu eserler arasında en ilgi çekici bölüm ele geçirilen sikkelerin kronolojik olarak sergilendiği bölümdür. Sikkeler Arkaik, Klasik, Helenistik, Roma, Bizans dönemileri olarak sıralanmaktadır. Arkaik dönem sikkeleri içerisinde Lidya dönemine ait sikkeler koleksiyonun en önemli parçalarıdır. Lidyalılara ait bu sikke yüzde 70 altın, yüzde 30 gümüş karışımından oluşan elektrondan yapılan ilk sikke örneklerinden biri olması nedeniyle önemlidir. Sikke koleksiyonunda ayrıca ilk Müslüman Türk devletleri, Abbasi, Emevi, Akkoyunlu, Karakoyunlu devletleri ile Karesioğulları, Aydınoğulları, Germiyanoğulları gibi beylikler dönemine ait sikkeler bulunmaktadır. Osmanlı döneminde Karesi Sancağı Defterdarlık binası, Cumhuriyet döneminde Balıkesir belediye binası, günümüzde Kuva-yi Milliye Müzesi olarak kullanılan binada yer alan Kuva-yi Milliye Müzesi; Milli Mücadele dönemine ait önemli eserler, bölgeye ait etnografik ve arkeolojik eserler ile bölgenin en önemli müzelerinden biridir.