1964 yılında Başar Acar ve Turhan Uyaroğlu tarafından inşa edilmiş ve ibadete açılmıştır. Caminin inşaatı birtakım nedenlerden dolayı beş yıl kadar sürdü. Kınalıada Camii’nin farklı mimarisi turistlerin ilgisini çekmektedir. Kınalıada Camii’nin inşa edilme düşüncesi 1950’lilerden sonra ortaya çıkmaktadır. Bu döneme kadar adada cami bulunmamaktadır.

1958 yılında, Karaköy Meydanı’nın düzenleme çalışmaları kapsamında yine Karaköy Meydanı’nda bulunan Merzifonlu Kara Mustafa Paşa Camii yıkılmıştır. Bu cami, İkinci Abdülhamit tarafından, Yıldız Sarayı’nın yaveran dairelerinin de mimarı olan İtalyan mimar Ramindo D’Aronco’ya yaptırılmıştır. Söz konusu bu caminin içine de Venedik’ten getirilen ince işlemeli ve nitelikli avizeler yerleştirilmiştir. Merzifonlu Kara Mustafa Paşa Camii’nin yıkım aşamasında uzun yıllar Kınalıada’da Muhtarlık yapan Nazif İlter ortaya bir düşünce ileri sürmüştür. Buna göre Merzifonlu Kara Mustafa Paşa Camiisi numaralanarak parçalanacak, parçalar Kınalıada’ya taşınacak ve orada yine bu cami monte edilecekti. Bu şekilde hem Müslüman halkın ihtiyacı karşılanacak hem de eser korunacaktı. Bu düşünce kabul gördü ve harekete geçildi. Cami parçalara ayrılıyor. Caminin minberi, mihrabı başka camilere gönderildi. Camiye ait diğer parçalar ise Kınalıada’ya gönderilmek üzere teknelere yüklendi. Ancak Karaköy-Kınalıada arası yol alan tekne, dalgalar sonucu yan yattı. İki üzeri işlemelerle süslü mermer blok hariç caminin bütün parçaları Marmara Denizi’nin dibine gömüldü. Kurtarılan parçalar ise şu an Kınalıada Camii içinde yer almaktadır. Bu üzücü durum karşısında yeni cami fikri ortaya çıkarmıştır. Kınalıada Camii 54 yıldan beri adanın ilk ve tek camisi konumundadır. Caminin mimarisinde modern çizgiler kullanılmıştır.