20.06.2012 tarihinde Gaziantep Arkeoloji Müzesi’nin bir parçası olarak Kilis il merkezinde bulunan Neşet Efendi Konağı’nda hizmete açıldı. 2015 yılında müze binasının çatı katında meydana gelen yangın sonucu geçici bir süre hizmete kapatılan müze, 2017 yılında Gaziantep Arkeoloji Müzesi Müdürlüğü’nden ayrılarak Kilis Müze Müdürlüğü’ne devredildi. Devir işlemlerinin ardından Kilis Müzesi onarım, teşhir ve tanzimi tarafından gerçekleştirilen sabunhane binasında hizmet vermeye başladı. Son dönem Osmanlı mimarisinin karakteristik özelliklerini yansıtan müze binası yaklaşık 1.100 metrekare alan üzerine kuruludur. Toplamda 1.300 metrekarelik iki katlı teşhir alanına sahip olan müze binasının doğuda ve batıda olmak üzere iki ana kapısı bulunuyor. Ziyaretçi girişleri doğu kapısından, personel girişleriyse batı kapısından yapılıyor. Teşhir alanlarının ön kısmında ise küçük bir avlu yer alıyor. Birinci teşhir alanında Ortadoğu’nun en büyük höyüklerinden biri olan Oylum Höyük başta olmak üzere Kilis genelinde yapılan kazı çalışmalarında elde edilen ve ziyadesiyle Neolitik ve Kalkolitik dönemlerin izlerini taşıyan Ubeyd ve Urug kültürlerine ait çok sayıda idol, toprak testi, tören kabı ve yaşam malzemesi sergileniyor. Birinci sergi alanında ayrıca Helenistik-Roma ve Bizans dönemlerine ait sikkeler ile Hitit, Osmanlı ve Bizans dönemlerine ait arkeolojik nesneler teşhir ediliyor. Müzenin ikinci sergi alanı ise Kilis’in yakın dönem etnografik kültürünü yansıtan eserlere ev sahipliği yapıyor. Gelenek ve göreneklerin de çeşitli görsellerle yaşatıldığı bu alanda Kilis’in sahip olduğu somut olmayan kültürel miras unsurlarının tanıtılması ve gelecek nesillere aktarılması amaçlanıyor. Arkeolojik ve etnografik 1.029 eserin sergilendiği Kilis müzesi eser, dönem ve etnografik obje çeşitliliği bakımından önem arz ediyor.