Yapım tarihi net olarak bilinmemekle birlikte Cacabey Medresesi’ne ve Çarşı Camii’ne yakın bir mesafede yer alan cami, Kırşehir’in önemli tarihi ve kültürel miraslarından biridir. Caminin asıl ibadet edilen yeri kare şeklinde olup üst kısmı üç kubbe ile çevrelidir. Bu bölümde tavan, ahşap bir malzeme ile çevrili olup ana giriş kapısında sivri kemerli pencereler bulunmaktadır. Caminin ikinci katı kadınlar için ayrılmıştır. Bu bölüme demir merdivenlerle ulaşılmaktadır. Cami kubbesi yıkıldıktan sonra önce kiremitli olarak daha sonra kubbeli olarak yeniden yapılmıştır. Vakıflar Genel Müdürlüğü raporunda caminin yıkılan kubbesinin Marsilya kiremitleri ile yenilendiği, minaresinin yapıya sonradan ilave edildiği belirtilmektedir.

Adını Kapucu Mehmet Paşa’dan aldığı düşünülen caminin inşasında kesme taşlardan yararlanılmış, kalem işi bezemelere, bitkisel süslemelere ve geometrik motiflere yer verilmiştir. Yapıda ayrıca duvarlarında kargir ve tuğla malzemesi kullanılmış, duvarların alt yanları ise tahta ile kaplanmıştır. Mihrap bölümü İslam sanat anlayışında birliği temsil eden petekli ve üç boyutlu geometrik süslemelerden oluşan mukarnaslı bir yapıdadır. Cami, yapı üslubu olarak Osmanlı mimarisine uygun ve genel olarak sade bir özellik taşımaktadır.

Selçuklu Sultanı Keyhüsrev döneminde Mengücekler soyundan gelen ve Kırşehir’de yaşayan Muzaffereddin Muhamammed’e inşa ettirilen Muzafereddin Muhammed b. Behramşah Camii’nin tahrip olması sonucu kalan taşların 1780’li yıllarda Osmanlı döneminde Kapucu Camii’nin yapımında kullanıldığı ileri sürülmektedir. Caminin kendi üzerinde yazılı olan levhaya göre yapının Kapucu Mehmet Paşa tarafından inşa ettirildiği görülmektedir. 1960 yılında caminin restorasyonu yapılmıştır. 1987-1988 yılları arasında cami minaresinin yeniden onarıldığı, 1972 ve 1992’de cami yapısının baştan restore edildiği belirtilmektedir. Eski dönemden kalma yapısı sadece minaresidir. Turizm kapsamında bir inanç ve kültürel değer olarak kabul edilen Kapucu Camii, Kırşehir kent merkezinde yer alan diğer tarihi cami ve medreselere yakınlığı ile de ziyaretçilerin ilgisini çekebilen bir konuma sahiptir.