Kadıkalesi’ni Ramsay, Anaea veya Anaia olarak tanımlayarak buranın Bizans döneminde bir liman olduğunu belirtmektedir. Kadıkalesi’nin kuzeyinde Efes, güneyinde Milet antik kentleri bulunmaktadır. Bir Ortaçağ kalesi olan Kadıkalesi (Anaia) yerleşimi Samos (Sisam) Boğazı’nı denetleyecek bir noktada kuruludur. Yerleşim, Ege Denizi’ne doğru doğu-batı doğrultusunda uzanan prehistorik bir höyük üzerinde yükselmektedir.

Anaia’nın ismi Bizans döneminde piskoposluk merkezi olarak geçmektedir. Kadıkalesi, çeşitli meclislerde Khalkedon (451), Hierokles (530) ve II. Nikeia Synod’u (787) kayıtları ile altı kilise kayıtlarında Efes’in ardından ikinci sırada bulunmakta ve de Efes metropolitine bağlı bir piskoposluktur. Bizans çağında tüm tarihi boyunca bir piskoposluk merkezi olan yerleşim, Laskarisler zamanında (1204–1261) başpiskoposluğa yükselerek gümrük ve ticaret merkezi oldu. 1261’de Nymphaion antlaşmasıyla Bizans’ın Cenevizli tüccarlara tanıdığı imtiyazlı kentler arasında Anaia da bulunmaktadır.

Kadıkalesi(Anaia) ile ilgili ilk bilgiler Kiepert (XIX. yüzyıl) ve Philippson’un (XX. yüzyıl) haritalarında görülmüştür. Kale ile ilgili bilimsel ilk çalışmayı 1961 yılında W.Müller-Wiener yapmıştır. Fotoğraflara, plan ve restitüsyon çizimlerine yayınında yer vermiştir. Araştırmaya göre kale bir tepecik üzere bir asimetrik çokgen biçiminde inşa edilmiş, kalenin değişik büyüklükte ve biçimde olan kuleleri bulunmaktadır. Kadıkalesi (Anaia) Bizans döneminde hem kenti hem limanı koruyan konumdadır. Kalenin kesin tarihi bilinmemekle birlikte, Prof. Dr. Zeynep Mercangöz Laskarisler döneminin bir özelliği olan çerçeveli duvar tekniği ile kalenin inşa edildiğini belirterek yapıyı Laskarisler dönemine (1204-1261) tarihlemektedir. Kadıkalesi (Anaia), XIII. yüzyılın sonlarına doğru korsanların sığınma yeri olmuştur. Yerleşim 1298’de Türklerin eline geçmiş, Bizanslıların 1304’te geri almasının ardından, XIV. yüzyılın başlarında tekrar Türk egemenliğine girmiştir.

Kadıkalesi kazıları 2001 yılında Prof. Dr. Zeynep Mercangöz’ün bilimsel başkanlığında Aydın Müzesi ile ortak kurtarma kazısı olarak başlamıştır. İkinci yıldan itibaren Bakanlar Kurulu Kararı ile arkeolojik kazılar arasına girmiştir. 2001 yılında iki alanda kalenin doğusundaki giriş kapısı ve kalenin içine doğru ilerleyen birinci sektörde çalışılmıştır. Birinci sektördeki bitki temizliğinden sonra bir dış kapı ve giriş avlusu ortaya çıkarılmıştır. Höyüğün yayılım alanının araştırılması için 2008-2009 kazı sezonlarında yapılan çalışmalar sonucunda Bizans yapılaşmalarının devam ettiği görülmüştür. 2005 yılında plan karelere oturan bir kilise kompleksi güney batıdan ortaya çıkmaya başlamıştır. Burada bir şapel ve ona bitişik mezar ek yapısı gün yüzüne çıkmıştır. İlerleyen kazı sezonlarında buranın kilisenin güney yan nefine ait olduğu anlaşılmıştır. Kadıkalesi’nde gerçekleştirilen çalışmalarda işlikler, sarnıç ve şapeller de ortaya çıkarılmıştır. Kadıkalesi’nde tüm sezonların en fazla arkeolojik verisi kilisenin güneybatısına sonradan eklenmiş sarnıçtan sağlanmıştır. Kare planlı sarnıç yapısı, ortadaki iyon-impost başlıklı bir sütundan yanlara atılmış kemerlerle dört gözlü olarak biçimlendirilmiş ve bu haliyle Prof. Dr. Zeynep Mercangöz’e göre İstanbul’daki Yerebatan vb. sarnıçların küçük bir modelidir. Sarnıçtan ele geçen zengin çeşitlilikteki malzeme arasında 210 kadar maden buluntusu, 1000’den fazla parçadan oluşan cam objeler ve kemikler de bulunmaktadır. Bunların arasında Akdeniz çanağından ithal Bizans ve İslam seramikleri XI. yüzyıldan XIII. yüzyıla kadarki ticari küreselliği göstermesi açısından önemlidir. 2010 yılında kilisenin batısındaki narteks temizliği sonucunda Protogeometrik dönemden Klasik, Arkaik ve Hellenistik döneme kadar birçok çeşitli kaplar Bizans malzemeleri ile birlikte bulunmuştur. Ele geçen buluntuların çoğunluğunu Bizans dönemine ait (XII. ve XIII. yüzyıllar) seramikler oluşturmaktadır. Bugüne kadar gerçekleştirilen kazılar sonucunda; Son Kalkolitik Çağ, İlk Tunç Çağı, Orta Tunç Çağı, Son Tunç Çağı, Antik Yunan ve Roma, İslam ve Bizans tabakalaşması görülmüştür.

2001 yılından beri süregelen Kadıkalesi kazı çalışmaları Kültür ve Turizm Bakanlığı ve Kuşadası Belediyesi’nin de katkılarıyla Ege Üniversitesi Sanat Tarihi Bölümü Bizans Sanatı Anabilim Dalı Başkanı öğretim üyesi Prof. Dr. Zeynep Mercangöz’ün bilimsel başkanlığında devam etmektedir. Kazılarda ele geçen buluntular Aydın Arkeoloji Müzesi’nde sergilenmekte olup, müzeyi yılda yaklaşık 25 bin kişi ziyaret etmektedir.