Mustafa Kemal Paşa’nın 19. 05. 1919’da Samsun’a çıkışının ardından karargâhını Havza’ya taşıyacağı haberinin alınması ile birlikte dönemin Havza Kaymakamı Fahri Bey, Mesudiye Oteli’ni bir aylığına kiralayarak Mustafa Kemal Paşa ve beraberindeki heyeti için tahsis etti. Mustafa Kemal Paşa ve heyeti, 25. 05. 1919 tarihinde Mesudiye Oteli’ne yerleşti. Otelin birinci katındaki iki oda, Mustafa Kemal Paşa’nın çalışma odası ve yatak odası olarak düzenlendi, beraberindeki heyetinin bir bölümü otelin üst katındaki odalara yerleştirildi. Mesudiye Oteli’nin Milli Mücadele açısından önemli bir yeri bulunmaktadır. Mustafa Kemal Paşa 9. Ordu Müfettişliği Karargâhını bu otelde kurdu, misafirlerini burada ağırladı. Milli Mücadele’de direnişe ilişkin ilk konular burada tartışıldı, Havza Müdafa-i Hukuk Cemiyeti’nin kurulması burada kararlaştırıldı. Milli Mücadele bilincinin oluşturulması için düzenlenecek mitingler bu otelde planlandı. Mustafa Kemal Paşa, Karadeniz Bölgesi’ndeki çeteci Rumlara karşı mücadele veren ve daha sonraki dönemde Kurtuluş Savaşı’nda önemli başarılar elde edecek; ilk Cumhurbaşkanlığı Muhafız Alayı’nı kuracak olan Giresunlu Milis Yarbay Osman Ağa’yı (Topal Osman Ağa) burada ağırladı ve direnişe ilişkin talimatlarını verdi.

Mesudiye Oteli, 1922 yılında belediye tarafından satın alındı ve hizmet binası olarak kullanılmaya başlandı. Mustafa Kemal Paşa’nın çalışma odası Gazi Odası olarak korundu. Eski Eserler ve Anıtlar Yüksek Kurulunun 12.07.1980 tarih ve A-2371 sayılı kararıyla taşınmaz kültür varlığı olarak tescil edilen bina, 1993 yılında İl Özel İdaresine devredildi. 2002 yılında ise restore edilerek Atatürk Evi Müzesi haline getirildi. Havza’da Medrese Mahallesi’nin sınırlarındaki Atatürk Caddesi üzerinde bulunan kâgir bina, iki katlı olup birinci katta dört, ikinci katta beş olmak üzere dokuz odalıdır. Binanın tabanı ve tavanı ahşap olup kırma çatı ile örtülüdür. Havza Atatürk Evi Müzesi’nde Kurtuluş Savaşı’nın başlangıcında önemli yeri olan Havza (İlk Kıvılcım) odası ile Amasya, Erzurum, Sivas ve Ankara şehirlerinin adlarının verildiği odalar dikkati çekmektedir. Bu odalarda, şehirlerin tarihi ile ilgili bilgilerin yanında Mustafa Kemal Paşa’nın yaptığı yazışmalar sergilenmektedir. Müzede Havza Genelgesi’nin gönderildiği telgraf maniplesi, Türkiye Cumhuriyeti’nin ilk Cumhurbaşkanlığı forsu, Havza’da direnişi örgütleyen önemli şahısların ve subayların fotoğrafları ile Rum çetelerinin saldırılarını ve katliamlarını belgeleyen bazı fotoğraflar sergilenmektedir. Aynı zamanda İlk Kıvılcım Odası’nda, Havza Genelgesi ile Mustafa Kemal Paşa’nın Havza ile ilgili bilgi almak amacıyla hazırlayarak kaymakam Fahri Bey’e yönelttiği 12 sorudan oluşan ve el yazısı ile yazılmış liste yer almaktadır. Milli mücadele yıllarına özgü eşyalar, milli mücadele yıllarını anlatan kitaplar ve milli mücadelede kullanılan bazı silahlar müzenin dikkat çeken eserleri arasındandır. Toplamda 79 etnografik eserin bulunduğu Havza Atatürk Evi Müzesi, Kurtuluş Savaşı’nın ilk kıvılcımını simgelemesi açısından diğer Atatürk evlerine göre önemli bir yere sahiptir.