Kayseri’de Çifte Medrese adıyla da bilinen bina, birbirine bitişik açık avlulu iki kapıdan oluşmaktadır. Anadolu Selçukluları döneminde Gevher Nesibe Hatun’un vasiyeti üzerine yaptırılmıştır. Gevher Nesibe Hatun 1204 yılında verem hastalığına yakalanarak Kayseri’de vefat etmiştir. İçerisinde medrese, şifahane, bimarhane (akıl hastaları bölümü), mescit ve hamam bulunan yapı, 2.800 metrekarelik bir külliye olarak Osmanlı Devleti’nin son dönemlerine 1890 yılına kadar hizmet vermiştir. Taç kapısının üzerindeki iki satırlık Arapça kitabesinde; Kılıçarslan’ın oğlu, dinin ve dünyanın koruyucusu büyük Sultan Keyhüsrev zamanında 'zamanı daim olsun' Kılıçarslan’ın kızı, din ve dünyanın ismeti Melike Gevher Nesibe’nin 'Allah sizin için onu razı kılsın' vasiyeti üzerine 1206 yılında inşa edildi. yazmaktadır.

Gevher Nesibe Darüşşifası, Türkiye’deki ilk Tıp Fakültesi olmasından dolayı Türk tıp tarihinin en önemli müesseselerden biridir. Hem hastane hem tıp okulu özelliği ile de Selçuklularda çok amaçlı ilk külliye yerleşkesidir. Akıl hastalıklarının müzikle tedavisinin ilk örneklerinden olan bu şifahanede, akıl hastaları aydınlık hücrelerde ağırlanırmış, özel dehlizlerden su, kuş ve müzik sesleri yollanırdı ve hastalıkları tedavi edilirdi. Bir koridorla birbirine bağlanan darüşşifa ve medrese, eğitim ve uygulamada birbirini tamamlamak üzere inşa edilmiştir. Yaptıran Selçuklu sultanına ithafen Giyasiyye ismi verilen medresede tıp eğitimi veriliyorken Şifaiye denilen hastanede öğrenciler tıp eğitiminin uygulamasını görüyorlardı. Bitişik iki ayrı yapı olarak kurgulanan hastane ile tıp medresesi açık avlulu, avluları dört yönden revaklı, dört eyvanlı ve tek katlı plan tipindedir. Ayrı avlulara, revaklara, eyvanlara ve diğer birimlere sahip darüşşifa ve medrese, içten avlularının kuzeyindeki bir koridor ile birbirlerine bağlıdır. Darüşşifanın batısında bugünkü hastanelerde olduğu gibi bir koridor çevresinde sıralanıyordu, kareye yakın dikdörtgen planlı eş büyüklükte dokuz hasta odası bulunuyordu. Kayseri Gevher Nesibe Darüşşifası ve Tıp Medresesi örneğinde iki yapının bitişik tasarlanması, teorik ve uygulamalı tıp eğitimine olanak sağladı, bu tıp medresesi hastane birlikteliği günümüzün tıp fakültelerine örnek olmuştur.

Mimarı bilinmeyen bu darüşşifa, Kayseri ve çevresindeki diğer Selçuklu eserlerinde olduğu gibi yapı temelinden, dam ve kubbesinin külah ucuna kadar taş malzemeden inşa edilmiştir. Darüşşifa taç kapı, medrese kısmı (Giyasiye), hastane kısmı (Şifaiye) ve kümbet kısmı olmak üzere dört bölümden oluşumaktadır. Medresenin doğusunda Gevher Nesibe Hatun’un kümbeti bulunmaktadır. Kümbet, iki katlı, sekizgen planlı, piramidal külah ile örtülüdür. Sekizgen piramidal külahın hem iç hem de dış örtüde kullanıldığı ilk örnek olması bakımından önemlidir. Kümbetin külahının hemen altında taş üzeri kabartma yazı ile Besmele ve Bakara Suresinin 255. ayeti olan Ayet’el Kürsi yazmaktadır. Ayetin sonuna özellikle eklendiği düşünülen dinde zorlama yoktur ifadesi, bu darüşşifada herhangi bir din, mezhep, kadın-erkek, zengin-fakir, Müslim-Gayrimüslim ayrımı yapılmaksızın eşit muamele edildiğini göstermektedir.

Uzun yıllar hizmet verdikten sonra depremler ve sahipsizlik nedeniyle yıpranan darüşşifada, günümüze kadar çeşitli onarım ve restorasyon çalışmaları yapılmıştır. İlk onarım 1669 yılında başlatıldı, esaslı tadilat 1899 yılında yapılmıştır. Darüşşifanın Taç Kapısı 1942 yılında onarılmıştır. 1960 yılında Selçuklu mimarisine uygun şekilde onarımları yapılmıştır. Bu onarımlar esnasında yapının yüzde 65 oranında varlığını yitirdiği tespit edilmiştir. 1969 yılında Hacettepe Üniversitesi’nin bir kolu olarak hizmete açılmıştır. 1980 yılında tadilata alınarak 1982 yılında Kayseri Gevher Nesibe Tıp Tarihi Müzesi haline getirilmiştir. 1991 tarihinde bazı ilavelerde bulunulmuş ve 2010 yılında Kayseri Büyükşehir Belediyesi ve Vakıflar Kayseri Bölge Müdürlüğü arasında imzalanan protokol ile Selçuklu Uygarlığı Müzesi'ne dönüştürülmek üzere 10 yıllığına kiralanmıştır. Kayseri Büyükşehir Belediyesince dört yıl süren çalışmalar sonunda 21. 02. 2014 tarihinde hizmete açılmıştır.

Selçuklu Müzesi’nde, etkivizyon, hologram, etkileşimli masa, mimari eserler inceleme sistemi, sanal kıyafet, sihirli duvar, ilaç yapımı, animasyonlar, geçmişten günümüze eser inceleme sistemleri, etkileşimli harita ve zaman çizelgesi gibi birçok dijital uygulama mevcuttur. Müzede bir adet açık kafeterya, bir adet müze mağazası ve çocuk eğitim faaliyetlerinin yapıldığı bir adet atölye ve eğitim sınıfı da vardır.