İzmir Ege Üniversitesi Tabiat Tarihi Uygulama ve Araştırma Merkezi'nin bünyesindeki müze, İzmir’de, Ege Üniversitesi Kampüsü içinde yer almaktadır. Ege Üniversitesi Fen Fakültesi’ne bağlı bir tabiat tarihi müzesi kurulması düşüncesi 1963 yılında Doç. Dr. Recep Egemen tarafından ortaya çıktı ve Prof. Dr. Muhtar Başoğlu, Prof. Dr. Yusuf Vardar ve Prof. Dr. Fikret Ozonsoy’un katkılarıyla 1967 yılında hayata geçirildi. Müze, 1973 yılında şu an bulunduğu binada ziyarete açıldı. Tabiat Tarihi Uygulama ve Araştırma Merkezi Müzesi’nde, Türkiye’nin birçok yöresinden jeolojik, paleontolojik ve biyolojik çalışmalar sonucu elde edilmiş fosiller, kayalar, mineraller ve günümüzde yaşayan canlılara ait objeler sistematik ve evrimsel bir düzen içinde sergilenmektedir.

2.500 metrekarelik alanı kaplayan iki katlı müze binasında yaklaşık 4.500 örnekten oluşan koleksiyon bulunmaktadır. Müzede yer alan koleksiyon; giriş, paleontoloji, kuşlar, kayaç ve mineraller, genel zooloji, evrim ve karşılaştırmalı anatomi (osteoloji) galerileri olmak üzere toplamda altı bölümde sergilenmektedir. Çeşitli minerallerin, Hint ve Pasifik okyanuslarında yaşayan omurgasız hayvanlara ait örneklerin, jeolojik devirlere ait omurgasız fosillerin ve yaklaşık yedi milyon yıl önce yaşamış memelilere ait fosillerin sergilendiği Giriş Galerisinde; orijinal boyutuyla (12 metre uzunluk ve beş metre yükseklik) sergilenen 67 milyon yıl önce Amerika’da yaşamış Tyrannosaurus rex (Kral Dinozor) iskeleti bulunmaktadır.

Paleontoloji galerisinde, Türkiye’nin birçok bölgesinden paleontolojik yüzey araştırmaları sonucu bulunmuş Neojen yaşlı (24-2 milyon yıl öncesi) memeli fosilleri (filler, gergadanlar, atlar ve zürafalar), Kambriyen’den (542 milyon yıl öncesi) Pleistosen’e (iki milyon yıl öncesi) kadar tüm devirlere ait omurgasız ve 350 milyon yıl öncesine ait bitki fosilleri sergilenmektedir. Kuşlar galerisinde, Ege Bölgesi’nde gözlenen kuş türleri (puhu kuşu, atmaca, flamingo, pelikan, baykuş, kerkenez) ve kuş yumurtaları sergilenmektedir.

Kayaç ve mineraller galerisinde, magmatik, tortul ve metamorfik kayalara ait örnekler, önemli minerallere ait örnekler, endüstriyel hammaddeler, metalik madenler, çeşitli kayalar ve mineraller sergilenmektedir. Bu galeride yer alan volkanizmayı açıklayıcı volkan maketi, ses ve duman efektiyle galerinin en ilginç örneğini sunmaktadır. Evrim ve karşılaştırmalı Anatomi (osteoloji) galerisinde günümüzde yaşayan canlılara ait iskeletler sergilenmektedir. Uşakta bulunmuş Roma dönemine ait bir inşa iskeleti, 1972 yılında karaya vurmuş 12 metre uzunluğunda kaşalot balina iskeleti de galerinin ilgi çeken koleksiyonu arasındadır. Genel zooloji galerisi, günümüzde yaşayan çeşitli omurgasız ve omurgalı hayvanlardan deniz balıkları, tatlı su balıkları, böcekler, kelebekler, sürüngenler ve memelilere ait zengin bir koleksiyon sunmaktadır.

Müze sergilenen zengin koleksiyonunun yanında, eğitim etkinlikleri ile dikkat çekmektedir. Müzede gerçekleştirilen konferanslar ve eğitimler ile birlikte, tabiat tarihi ve doğa olayları konusunda başta ilköğretim ve ortaöğretim öğrencileri olmak üzere toplumun bilinçlendirilmesi amaçlanmaktadır. Bununla birlikte müze, Ege Üniversitesi Fen Fakültesi’ne bağlı yüksek lisans eğitiminin uygulandığı, derslerin yapıldığı ve yerli ve yabancı araştırmacılarla karşılıklı işbirliği yapan bir araştırma merkezidir. Müze Türkiye’de kurulmuş ikinci büyük tabiat tarihi müzesi olması ve dünyada birçok üniversite müzesinin üye olduğu UMAC’a (Univercity Museum & Collections) Türkiye’den üye olan ikinci müzedir.