İzmir’de, Ege Üniversitesi Kampüsü içinde Su Ürünleri Fakültesi bünyesinde yer almaktadır. Müze materyalleri, Su Ürünleri Fakültesi Dekanlık binasının altındaki bir müze odasında muhafaza edilmektedir. Mevcut durumda bilimsel çalışmalara hizmet eden müze, uygun fiziki koşulların sağlanması ile ziyaretçilere açılacaktır. Müzede, Türkiye ve Kuzey Kıbrıs’ın iç sularında ve sahillerinde gerçekleştirilen bilimsel seferlerde toplanan türlere ait bireyler ve dünyanın çeşitli bölgelerinden müzeye bağışlanan gruplara ait türler bulunmaktadır.

Biyolojik çeşitliliğin kayıt altına alındığı ve muhafaza edildiği müze, Türkiye’de bu amaçla kurulan ilk müzedir. Müzenin amacı, Türkiye sularında yaşayan türlere ait bireyleri uluslararası standartlara uygun olarak saklamak, bilimsel çalışmalara katkı sağlamak ve biyolojik zenginliği öğrencilere ve halka tanıtmaktır.

Müze materyallerinin oluşturulması, 1965 yılında Prof. Dr. Remzi Geldiay’ın (1919-1989) öncülüğünde Deniz Biyolojisi Araştırma ve Uygulama Laboratuvarı’nın kurulmasıyla başladı. Müze resmi olarak 19. 03. 2007 tarihli fakülte kurul kararıyla kuruldu. Müze, Ocak 2010’dan itibaren Smithsonian Enstitüsü tarafından yürütülen Registry of Biological Repositories’e kayıt ettirildi.

Müzede, 1930 yılından itibaren Türkiye’nin farklı bölgelerinden elde edilmiş çeşitli türlere ait bireyler bulunmaktadır. Müze koleksiyonunda; 150 iç su balık türü, 120 deniz balığı türü, 300 fitoplankton türü, 100 sünger türü, 1000 Annelida türü, 900 Mollusca türü, 1130 Arthropoda türü ve 300 diğer omurgasız tür olmak üzere 4 bin türe ait bireylerin yanında; dünyada ilk kez tanımlanmış 40 türe ait bireyler de bulunmaktadır.