Eski çağlarda denizciler gündüzleri sahil ve güneş çizgisini geceleri ise ay ve yıldızları takip ederek yönlerini bulmuşlardır. Manyetik pusula, Çin Han Hanedanlığı (MÖ 206 - MS 220) döneminde keşfedilmiş ve denizciler pusulayı seyrüsefer (navigasyon) için kullanmışlardır. Manyetik pusulanın icadı ile denizciler yönlerini daha rahat bulabilmektedirler. Her ne kadar pusula icat edilmiş olsa da denizciler gece yolculuğundan kaçınmışlardır. Denizlerde ticaretin artması ile düzenli aralıklarla yerleştirilmiş limanlardan oluşan ortak ağa ihtiyaç duyulmuştur. Denizcileri tehlikeli sığlıklara ve kayalıklara karşı uyaran deniz fenerleri, liman ve kıyıların kolay görülebilen en üst noktalarına güçlü ışık kaynağı olarak yerleştirilmiş yüksek yapılardır.

Latince “Pharus”, Fransızca “Phare”, İspanyolca ve İtalyanca “Faro”, İngilizce “Lighthouse”, Almanca “Leuchtturm”, Yunanca “Faros/Fenar”, Arapça “Manare” olarak kullanılan fener sözcüğü, firavunlara ve Dünyanın Yedi Harikası’ndan biri olan İskenderiye Feneri’ne atıfla Eski Mısır dilinde büyük, yüksek anlamına gelen “Pharao” sözcüğünden gelmektedir. Mısırlılar ve Romalılar Medeniyetlerinin ihtişamı ile Antik Çağda Akdeniz çevresinde deniz feneri ağı kurmuşlardır. Bu şekilde deniz seyahatlerinin daha güvenli yapılmasına olanak sağlamışlardır.

Tarihi kayıtlara göre en eski fener MÖ VII. yüzyılda Hellespontos’un (Çanakkale) girişinde, bugünkü adı Kumkale olan Sigeon burnunda inşa edilmiştir. Başlangıçta fenerlerin tepesinde açıkta olan ızgara içinde yakılan odun ve kömürlerin yanı sıra; balina yağı ve zeytinyağı gibi yağların yakılması ile ışık kaynağı sağlanmıştır. Yakılan odun, kömür ve yağların çıkardığı duman ve is sorunu, XVIII. yüzyıl sonunda dumansız yağ lambalarının icat edilmesi ile çözüme ulaşmıştır. XIX. yüzyılda, fenerlerde yüksek ve sürekli ışık üretimi sağlayan hava gazı, petrol gazı, propan ve asetilen gibi kimyasal maddeler yaygın biçimde kullanılmıştır. Günümüzde ise son teknoloji olarak fenerlerin aydınlatmasında elektrik veya güneş enerjisi kullanılmaktadır. Optik bilimindeki gelişmeler sonucunda XVIII. yüzyılda fenerlerde ışığın yoğunluğu ve dolayısıyla görünme mesafesi daha çok artmıştır. 1763 yılında İngiltere’de yansıtıcı bir yüzeyden ışığın yansımasıyla çalışan ilk fener olan Leasowe Feneri inşa edilmiştir. Işığın cam ortama girdikten sonra, ortamı terk etmeden yansımasıyla çalışan fener sistem ilk kez 1843 yılında Fransa’daki Île Vierge’de kullanılmıştır. 

Fenerlerin yapı malzemeleri incelendiğinde ahşap ve taş malzemenin birlikte kullanıldığı görülmektedir. İngiltere’de 1759 yılında Plymouth açıklarında yapılan Eddystone Feneri, taş örgü biçiminde yapılan ilk modern deniz feneridir. Osmanlı Dönemi’nde yapılan ilk fener ise, 1562 yılında İstanbul’da Kanuni Sultan Süleyman tarafından yaptırılan Fenerbahçe Feneri’dir. XIX. Yüzyıl başlarında Türk karasularının yabancı ticaret gemilerine açılmasıyla fenerlere ihtiyaç gittikçe artmış ve pek çok kıyıda yeni fenerler inşa edilmiştir. Osmanlı kıyılarında faaliyet gösteren az sayıdaki fener, Bahriye Nezareti tarafından yönetilirken, daha sonra Jean Marius Michel (Mişel Paşa) isimli Fransız Mühendis’in önerisiyle Fenerler İdaresi kurulmuştur. Osmanlı sahillerinde birçok fener inşa eden Michel'e Sultan II. Abdülhamid tarafından “Paşa” unvanı verilmiştir. 1856-1914 yılları arasında Osmanlı Devleti kıyılarında toplam iki yüz beş fener yapılmıştır. Türkiye’de deniz fenerleri 1997 yılında Kıyı Emniyeti Genel Müdürlüğü’ne bağlanmıştır ve halen kıyılarımızda 490 deniz feneri bulunmaktadır.