Tazminat döneminde padişahların tiyatro ve opera gösterilerini izlemek için geldikleri Naum Tiyatrosu, 1870 yılında Beyoğlu’nda meydana gelen büyük yangında büyük hasar aldı ve yıkıldı. Yanan tiyatronun yerini satın alan Hristaki Zografos Efendi, bu bölge için İtalyan bir mimar olan Cleanthy Zanno ile anlaştı ve tiyatronun bulunduğu alana içinde çarşı ve binanın yer aldığı o dönemin yenilikçi çizgilerini taşıyan bir proje çizdirdi. Bazı kaynaklarda ise binanın Capello Michele’e inşa ettirildiği söyleniyor. Yirmi dört dükkân ve 18 lüks dairenin yer aldığı projede, o dönem için popüler olan Paris tarzı esas alındı ve 1876 yılında proje tamamlandı. Dükkânların yer aldığı pasaja alanın sahibinden dolayı Hristaki Pasajı, dairelerin bulunduğu binaya ise Cité de Pera adı verildi.

Pasajın ilk dönemlerinde çiçekçi, terzi, kürkçü, ciltevi, tütüncü, pastane gibi çoğunlukla Rumlar ve Ermeniler tarafından işletilen çeşitli işletmeler pasajda yer aldı. 1908 yılında binanın sahipliği Sadrazam Sait Paşa’ya geçti. Pasajın adı da Sait Paşa Geçidi olarak anılmaya başlandı. 1917 yılında Rusya’daki ihtilal sonrası, İstanbul Rusya’dan göç aldı. İstanbul’un İngiliz ve Fransızlar tarafından işgali sırasında ise sokaklarda çiçek satarak geçimlerini sağlamaya çalışan Rus kadınlar, işgalci askerlerin sataşmalarından kaçabilmek için pasaja sığındı ve burada çiçek satmaya başladılar. 1940’lı yıllarda ise pasajdaki küçük dükkânlara yerleşen çiçekçilerin sayısı arttı, çiçek mezatları bu alanda yapılmaya başlandı ve Beyoğlu’ndaki çiçekçiler de pasajda toplanmaya başladı. Böylece pasajın adı güncel kullanımındaki Çiçek Pasajı'na dönüştü.

Yine 1940’lı yıllarda, pasajdaki meyhanelerin sayıları da artış göstermeye başladı ve pasaj; başta sanatçılar, edebiyatçılar, tiyatrocular olmak üzere pek çok ünlünün uğrak yeri haline geldi. Gazeteci Mehmet Kemal, o dönemi şu sözlerle ifade ediyor: “Pasaj, o zamanlar gerçekten çiçek pasajıydı. Meyhaneden çok çiçek satan dükkânlar vardı. Çiçek satan dükkân bolluğundan olacak ki adını Çiçek Pasajı koymuşlardı. Mis gibi kokardı. Ne yana dönseniz, ne yana baksanız hep çiçekti. Kadınlar, kızlar da rahatça pasajda dolaşırlar çiçek alırlardı. Laf, söz atan olmazdı. Girişte tezgâhlı, küçük mezeciler vardı. Türlü balık turneler, isli balıklar, lakerdalar, özlenen mezeler satarlardı. Öyle bir döneme ulaşılmıştı ki hangi Ankaralı İstanbul’a gelmiş hemşerisini görmek istese Balık Pazarı’na ya da Çiçek Pasajı’na uğraması yeterdi. Randevusuz rastlaşırlardı.”

Pasajdaki ilk meyhaneyi Yorgo Efendi açtı. Ancak meyhane sayısındaki artışın etkisiyle çiçekçiler ve bina sakinleri yavaş yavaş başka yerlere gitti. Hatta zamanla pasajda neredeyse hiç çiçekçi kalmadı, ancak çiçekçilerin ismini verdiği pasaj halen Çiçek Pasajı olarak anılmaya devam ediyor. Bununla birlikte, pasajı ziyaret eden kitle de zaman içinde değişiklik göstermeye başladı. Bu değişim, özellikle eski müdavimler tarafından Çiçek Pasajı’nın eski halinin kalmadığı yönündeki eleştirileri başlattı. Çiçek Pasajı, yalnız soyut açıdan değil, somut açıdan da iyiye gitmedi ve pasaj 10. 05. 1978 tarihinde bakımsızlıktan çöktü. Pasajın çökmesi gündüz vakti olduğundan büyük bir faciadan dönüldü ancak 12 kişi hayatını bu olayda kaybetti.

1988 yılında belediyenin ve Çiçek Pasajı’nı Güzelleştirme ve Yaşatma Derneği’nin çabaları ile aslına uygunluğuna özen gösterilerek pasaj onarıldı ve yeniden hizmet vermeye başladı. Ancak Nerede o eski Çiçek Pasajı? yakınmaları da bu onarımdan sonra artmaya devam etti. Çünkü yeni düzende, birbiriyle aynı görünümde masalar ve mermer yerine kullanılan formikalar kullanıldı. 1990’lar başındaki eleştiriler arasında pasajın müşteri tipinin değiştiği ve daha çok turistlere yönelik olmaya başladığı da yer aldı Hedef kitlesi ve atmosferi değişse de, çekim merkezi olmayı sürdürdü ve halen Beyoğlu denildiğinde ilk akla gelen çekim merkezlerinden biri olarak faaliyet göstermektedir.