Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Mühendislik Fakültesi'nin bünyesinde 2010 yılında kuruldu. Müze başta jeofizik mühendisliği öğrencileri olmak üzere doğaya meraklı ziyaretçilere kayaç, mineral, değerli taş ve fosil örneklerinin tanıtıldığı bir merkezdir. Müzede ayrıca jeofizik mühendisliği bölümünde kullanılan araç ve gereçlerin tanıtımı yapılmaktadır.

Müzede gösterilen örnekler 2009 yılından itibaren doğa severlerin dünyanın dört bir yanından toplayarak müzeye bağışladığı materyallerdir. Yerbilimleri ve Doğa Tarihi Müzesi’nde 800 bin yıllık kayaç ve fosil örnekleri bulunmaktadır. Müzedeki en değerli parçalar arasında Hint ile Pasifik Okyanusu arasında bir milyon yıllık Tridacna Maxima türü olarak bilinen istiridye fosili ile yaklaşık 10 milyon yıllık balina fosili bulunmaktadır. Müzede ayrıca başta bor minerali olmak üzere Türkiye’den örnekler de bulunmaktadır.

Müze fiziksel olarak Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Binası B Blok dördüncü katta bulunan bir atölye, bir seminer salonu ve beş sergi salonundan oluşan yedi bölümden oluşmaktadır. Müzede toplam 34 sergi dolabı bulunmaktadır. Müzede mineraller, kayaçlar, fosiller, biyoloji ve diğer olmak üzere beş koleksiyon bulunmaktadır.

Yer Bilimleri ve Doğa Tarihi Müzesi 14. 04. 2015 yılında Kültür ve Turizm Bakanlığı'nın denetimli özel müze statüsünü kazanarak faaliyetlerine devam etmektedir. Müzede gösterilen örnekler 2018 yılında 1.000’inci örneğe ulaşmıştır. Yerbilimleri ve Doğa Tarihi Müzesi ayrıca Türkçe, İngilizce, Portekizce ve İspanyolca dillerinde ybm.comu.edu.tr web adresinden sanal müze olarak hizmet vermektedir. Yer Bilimleri ve Doğa Tarihi Müzesi, Uluslararası Mineral Müzeler Birliğine üye olan tek e-müzedir.