Sivil ve askeri statüde olan Çanakkale Havalimanı ilk olarak 1995 yılında hizmete açıldı. Havalimanı 2008 yılında yeni terminal binası ve yeni apron inşaatı ile genişletildi, 2010 yılında ise yapımına başlanılan yeni ARFF Binası inşaatı tamamlandı ve söz konusu bina 2011 yılının Temmuz ayında hizmete açıldı. 2012 yılında tarihinde yer teslimi yapılan Çanakkale Havalimanı Pist Uzatılması, Genişletilmesi ile PAT Sahaları Bakım ve Onarımı inşaatı tamamlandı ve bu tesisler de 2014 yılında havalimanı yeniden uçuş trafiğine açıldı. Çanakkale Havalimanı Yeni Terminal Binası ve Mütemmimleri projesi kapsamında yapımı tamamlanan, yeni terminal binası ve üç park pozisyonu kapasiteli yeni apron 2017 tarihinde hizmete açıldı.

2017 yılında hizmete açılan Havalimanının yeni terminal binasında; 12.500 metrekarelik terminal binası, toplamda beş uçak kapasiteli iki apron, 14 kontuar, beş binin üzerinde iç ve dış hat uçuş, İç ve dış hatta taşınan yılda 180 binin üzerinde yolcu kapasitesi bulunmaktadır. Engelsiz Havalimanı unvanına sahip, yeşil havalimanı sertifikalı olan işletmede ayrıca bir adet iç/dış hatlar yolcu bekleme salonu, bir adet iç hatlar giden yolcu arınmış salonu, bir adet dış hatlar giden yolcu arınmış salonu, bir adet iç hatlar gelen yolcu salonu, bir adet dış hatlar gelen yolcu salonu,bir adet VIP yolcu salonu, 13 adet check-in bankosu, bir adet engelli check-in bankosu, dört adet giden yolcu pasaport bankosu, üç adet gelen yolcu pasaport bankosu, bir adet giden yolcu bagaj konveyörü, iki adet gelen yolcu bagaj konveyörü, bir adet büfe,bir adet ATM,bir adet danışma bürosu, bir adet bilet satış ofisi (THY), bir adet araç kiralama şirketi bulunmaktadır.

Havalimanından yalnızca İstanbul ve Ankara yönüne aktarmasız uçuş yapılabilmektedir. İşletmesinin Devlet Hava Meydanları İşletmesi Genel Müdürlüğü’nce (DHMİ) yerine getirilmektedir.